伴隨間諜一起行動的還有一批來自中華帝國的傳統激進分子，他們便是帝國傳統思想的奠基勢力——儒教傳教士。
自中華帝國成立以來，儒教依然霸占著帝國的國教地位，雖然有些思想家如李贄是前朝明后期的一位“異端”激進思想家，他指責儒家經典并非“萬世之至論”，揭露道學某些規矩的虛偽，反對歧視婦女和壓抑商人。可以說他成了中國反封建的思想先驅，他的思想在一定程度反映了資本主義萌芽時代的要求，帶有部分民主性色彩。
不過，即便這樣，依然無法觸動儒教的主導地位。中華帝國成立后，廣泛的民主自由締造了無數思想家的崛起，在中華帝國形成了百家爭鳴、百花齊放的春秋時代的先進思想格局。
帝國政府取締了華人族群中的士農工商的等級劃分，但森嚴的等級制度依然存在，只不過被壓迫者變成了附屬國和殖民地的人群。矛盾轉移了，士農工階層不在欺負國內的商人，將欺負對象轉為除華裔之外的次等族群。這使得很多激進思想家將目標從國內轉移國外，在主流儒教不可動搖的前提下，開始形成對外思想侵略模式。
帝國政府允許國民言論自由，當然是要付出代價的。在帝國建國之初，帝國政府承受了相當大的思想壓力。
這其中就包括很多前朝明的死硬分子，如黃宗羲，他在明亡后，隱居著述，對封建君主專制制度進行激烈的批判，提倡“法治”反對“人治”，反對重農抑商，他的思想震動了當時的學術界，對中華帝國政府有一定的影響。因為當時帝國政府正在推行對農民的休養生息政策，對士工商階層進行適當征稅，讓黃宗羲誤解了帝國政府的苦衷。
再如顧炎武，從前朝明末期開始，他就強調“經世致用”的實際學問。主張把學術研究與解決社會問題結合起來，力圖扭轉明末不切實際的學風。著《天下郡國利病書》，他提倡“實學”的目的在于批判理學，反對君主專制政治，顧炎武的學風對中華帝國建國初期的一部分學者影響很大。
再就是王夫之，他是一位杰出的唯物主義思想家，他認為“氣”是物質實體，“理”是客觀規律。提出“氣者，理之依也”和“天下惟器”的唯物主義觀點。強烈批判朱熹的理學和王陽明的心學，他還提出“靜即含動，動不舍靜”，否定理學家主靜的形而上學思想。在中華帝國建國之初，王夫之希望他的觀點能夠警示中華帝國政府，他用發展觀點來看待歷史，認為歷史發展是有規律的，他提出在政治上要“趨時更新”，提醒中華帝國政府不要走前人老路。
這三人的思想影響了超過半數的學者，給剛剛建國的中華帝國帶來了強烈的思想沖擊，令帝國政府在建國最初的幾年時間里，任何政策和法律法規都十分小心謹慎，如坐針氈。
起初，帝國政府官員們上奏，要求嚴懲這些激進分子。神武大帝鄧浩楠開始也對自己推行國民言論自由而感到懷疑，但最終鄧浩楠的理智告訴他，防民之口甚于防川，只有順勢利導才能將這股巨大的思想武器化為己用。
鄧浩楠挺住了，憑借著自己在國民心目中的強大個人崇拜力量，頂住了來自這些激進思想家們的巨大的壓力。
隨著帝國政府推行休養生息政策取得了顯著效果，皇帝在皇宮外立碑“永不加賦”的誓言博得了帝國國民們的擁護，也改變了黃宗羲對國朝的看法。
接著，鄧浩楠在政治改革上推行內閣輪換制，建立上議院（皇室參議院、貴族眾議院）和下議院（國民議院），將權力大部分下放帝國公民，允許公民參與國家大事。同時，作為監督國家公職人員的都察院、廉政公署、法院等機關的建立，使得帝國政治清明，官員廉潔奉公，這些舉措令原本抨擊君主專制的黃宗羲、顧炎武等激進分子改變了看法，轉而擁護帝國政府。而全新面貌的中華帝國更是令王夫之等生怕帝國走前朝老路的思想家們拍手稱快。
雖然前幾年飽受他們的抨擊，但是先苦后甜。鄧浩楠帶領他的政府，用實際行動改變了這些激進思想家們的態度和看法。
隨著帝國殖民時代的開始，森嚴的等級制度將被壓迫者轉移到了非華裔的外族和殖民地次等人（奴隸）身上，帝國的思想家們也隧著帝國政府的步伐，將尖銳的矛頭轉移對外。
從神武十年開始，以黃宗羲、顧炎武和王夫之為首的激進分子開始論證新的思想理論，他們以儒教為基礎，修改成國內和國外兩種思想。國內為華族平等型，華裔士農工商一律平等，天子犯法與庶民同罪，這一點已經實現。國外為華族至上型，針對次等民族實行嚴格的士農工商等級制度。將儒教學說傳播出去，期望打造大中華共榮圈。
神武十二年，帝國本土儒教學者同這些激進派思想家們聯合起來，成立中華帝國儒教教派，對內推行改良后的儒家思想，對外推行加強版的儒教思想。
九月，由黃宗羲親自率領的第一支儒教隊伍，共計七十五人，開始在呂宋殖民地傳教。他們在馬尼拉將原本的西班牙人天主大教堂改為了儒教大教堂，并成立了孔子學院，借助呂宋殖民總督府的力量，強制、半強制的推行儒教思想。
緊隨其后，中華帝國政府認為在軍事侵略和經濟侵略之后，如果加上思想文化侵略將會穩固殖民地統治。同時，中華帝國的儒教傳教士也會把東方的理念傳播到西方世界，增強中華帝國在歐洲國家當中的影響力。
于是，中華帝國政府成立儒教基金會，由帝國政府專項撥款，用于支持帝國的傳教士們到全世界傳播儒教學術，弘揚中華帝國的威名。
有了國家資金的幫助，帝國的儒教傳教士隊伍迅速膨脹，先擠兌歐洲在華的傳教士，然后再走出國門，開始大規模的向西方思想界入侵。
事實上，中國古代文化對于世界文明的貢獻，不是只有“四大發明”，以“四書”、“五經”為代表的政治文化，對于人類近代文明也有過積極的貢獻。
早在前朝明，歐洲的耶穌會士歷經千辛，溝通中西文化，把明朝當時的主體文化——儒學——程朱理學，用輪船運往歐洲，在那里曾經形成過100年的中國文化熱，儒家思想與意大利文藝復興以來所形成的歐洲新思想相結合，成為歐洲近代歷史發展的主導精神——啟蒙思想的一個重要思想淵源。
法國啟蒙運動的領袖伏爾泰是中國儒學在歐洲最有力的鼓吹者，他和他的“百科全書派”把中國儒學，作為反對神權統治下歐洲君主政治的思想武器。程朱理學——新儒學，成為德國哲學家萊布尼茨，創立古典哲學的依據，并用以反對羅馬教廷的啟示神學。被稱為“歐洲孔子”的魁奈，以儒學為依據，開創了近代歐洲政治經濟學的新紀元，為英國古典政治經濟學的形成與發展，奠定了理論基礎。
100年來，西方列強用“西方中心論”的文化霸權主義，在中國人當中培植起一種殖民地的文化心理，對于自己民族的文化和歷史，看不起也不愿看的“妄自菲薄”。它已經成為中國人心靈上一付沉重的精神枷鎖，在世界文明之林中，一直挺不直自己民族文化的脊梁。
鄧浩楠深知，現在不僅僅是戰爭決定東西方的誰來主導世界，沒有硝煙的思想文化戰爭同樣重要。如果中華帝國在思想戰爭上也勝利了，那么一切將會改變。歐洲人會鄙視他們自己的民族文化，狂熱的崇拜中國文化。
鄧浩楠希望這一切變成事實，他既然來到了這個世界，有機會改變這個世界，改變中國人的命運，那么就要改的徹底些。
神武十三年，鄧浩楠批準了內閣提交的關于在歐洲各國建立孔子學院的計劃。
此時，第一次世界大戰剛剛結束沒多久，歐洲各國都急于恢復本國經濟。而中華帝國的強大是毋庸置疑的，他們需要得到來自中華帝國的經濟援助和低息貸款來振興本國經濟，因此各國政府都歡迎中華帝國的教育者們（傳教士）到他們國家建立孔子學院，進行學術交流。
第一座歐洲孔子學院在法國巴黎市中心塞納河中心圣路易島上，規模龐大，氣勢恢宏。
建于1180年的巴黎大學是法國最早的大學，歐洲的學校建筑是非常高的，像一排排倒立的鉛筆排列在一起。
而孔子學院代表的是東方文化，因此按照中華帝國的傳統四合院雕鏤建筑。但歐洲的大學府比較高，給人以氣勢。為了讓巴黎孔子學院打響名氣，弘揚東方圣學，中華帝國政府斥資三百萬銀元，將孔子學院的四合院建筑加高到了五層，仿佛一座四方城堡一樣。
學院占了圣路易島三分之一的面積，是島上最大的建筑，從塞納河左右兩岸遠遠的就可以看到孔子學院。
圣路易島和旁邊的斯德島是法國巴黎市中心唯一的兩座大型河心島，島上的建筑都十分奢華，全部都是法國皇室和王公貴族們的居住地。法國國王路易十三特別批準孔子學院建立在圣路易島上，可見其對中華帝國的高度重視。
法國媒體也大篇幅頭條報道了此事，宣稱是中法兩國進一步加深戰略同盟關系的標志。
事實上，法國首相黎塞留并不贊成，但是面對來自中華帝國的低息貸款，以及希望得到中華帝國先進的軍事裝備，他不得不順著國王的意思。
孔子學院立時一年才建成，按照規格，此時的孔子學院還不具備綜合大學的水平，因為里面的教師（傳教士）講的都是中國文化知識。但是在法國國王路易十三的追捧下，他把年僅五歲的兒子（路易十四）直接送進了孔子學院學習，以此來討好中華帝國，博得政治籌碼。
國王的兒子進入孔子學院上學，使得法國政府不得不從巴黎大學抽調精干教師送入孔子學院學習，學成后便留在孔子學院，將來教習國王的兒子。而其他貴族們自然跟風了，加上學院就在家門口，于是紛紛將子女送入孔子學院學習。這樣一來，法國政府直接規定，孔子學院成為和巴黎大學同等地位的法國最高學府，一時間轟動了法國，乃至整個歐洲，慕名前來入學的人不計其數，提高了孔子學院的影響力。
然而，好事不長，法國國王路易十三剛剛同中華帝國駐法國大使館簽署了第三批戰后重建借款合同，得到了中華帝國歐洲銀行的三千萬銀元的低息貸款。
nbsp;這位國王相當的高興，突然興起來到孔子學院視察兒子的學習情況。接著父子倆騎馬在學院外的廣場上遛彎，不料一名法國新教徒突然開槍射中了路易十三的坐騎。坐騎受驚，頓時狂奔，一下子沖進了塞納河里。
法國衛隊急忙救起了國王，并擊斃了那名新教徒。路易十三沒被淹死，但是塞納河的臟水沖進了他的肺子里，法國宮廷醫師未能全部清除臟水，導致路易十三肺部發炎，并與七天后駕崩。
法國大喪，年僅五歲的兒子繼位，號路易十四。繼位后的路易十四年幼，大權歸母親安娜和首相黎塞留把持，而他則繼續在孔子學院學習。
年幼的路易十四深得中華帝國政府重視，孔子學院的教師們煞費苦心的教授他知識，用中華文化時刻影響著路易十四的身心。至于等到路易十四長大親政后，會給法蘭西王國帶來什么影響，法國人一點警惕都沒有，或許他們根本就沒有意識到中華帝國在歐洲開設孔子學院的背后目的。
繼法國巴黎孔子學院建立后，一股中國熱迅速在歐洲傳播開來。
此前歐洲各國對中華帝國的了解僅限于當年的馬可波羅日記，以及最近的十年來中華帝國的對外殖民擴張。
事實上，中華文化在歐洲的傳播還得感謝一個外國傳教士，這就是利瑪竇。
利瑪竇于1601年，應明萬歷皇帝之詔住進了北京，直至1610年在北京逝世，他在中國傳教歷經艱辛，前后長達28年。利瑪竇在華期間，用了很大的精力潛心研讀儒家經典，李贄說利瑪竇“凡我國書籍無不讀，清明于四書性理者解其大義，又清明于六經疏義者通其解說，今盡能言我此間之言，作此間之文字，行此間之禮儀。”是一個“中極玲瓏，外極樸實，”的“極標致”之人。
早先，利瑪竇企圖從這些經典中尋找“儒耶對話”的切入點，探討用儒家思想論證基督教教義的可能性。利瑪竇認為：“中國哲學家中最有名的是孔子。這位博學的偉大人物，誕生于基督紀元前551年，享年70余歲。他既以著作和授徒，又以自己的身教來激勵他的人民追求道德。他的自制力和有節制的生活方式，使他的同胞斷言他遠比世界各國過去所有被認為是德高望重的人更為神圣”，“孔子是中國的圣哲之師”，因此，“中國有學問的人非常之尊敬他”。
利瑪竇認為，《四書》、《五經》是為著國家未來的美好和發展而集道德教誡之大成，《四書》“是著眼于個人、家庭、及整個國家的道德行為，而在人類理性的光芒下對正當的道德活動加以指導”，《四書》“是所有想要成為學者的人必須背熟的書”。基于這種認識，他于1598年與人合作，完成了用拉丁文注釋《四書》的工作，以幫助在華的傳教士學習中文和了解中國文化。是他在16世紀的中葉，最早把儒家經典《四書》》譯為西文。他把西方的近代科學技術思想傳到中國，使中國人打開了眼界。同時他又把中國的主流文化——儒家思想傳給了歐洲。
《利瑪竇日記》第一次向歐洲全面介紹了中國的道德和宗教思想，歐洲人也是第一次從此書中知道中國圣人——孔子和中國文化的精粹——儒家經典。利瑪竇是歐洲漢學家當之無愧的始祖，他對于歐洲的漢學研究作出了劃時代的貢獻。
由于有了這些的基礎，中華帝國的儒教傳教士們在歐洲沒有碰墻，而是順理成章的以傳授學術的名義融入了歐洲世界里。
繼巴黎孔子學院建成后，中華帝國的傳教士們又在英國倫敦、荷蘭海牙、意大利博洛尼亞、神圣羅馬帝國海德堡、瑞典哥德堡，挪威摩爾根，以及俄羅斯帝國的圣彼得堡等地開設了孔子學院，向歐洲各個主要強國傳授來自東方的思想。
同樣，中華帝國在殖民地也積極推行儒教，到處建立孔子學院。孔子學院的校址大多數都是從之前的西班牙人教堂奪來的，形成孔子學院霸占驅逐天主教的態勢。
與此同時，中華帝國儒教教派作為主導教派出征國門后，帝國國內的道教教派、佛教教派也安奈不住，紛紛上書朝廷，請求國家基金支持他們出國拉攏教徒。
對此，帝國政府自然是得意樂見，隨后便成立了帝國專項基金會，擴大支持范圍，將佛教、道教等一系列宗教教派劃入帝國的思想侵略軍，投入全世界。
除了支持正統佛教和道教外，帝國國民還有不少信奉其他教派的。有金禪、無為、龍華、悟空、還源、圓頓、弘陽、彌勒、凈空、大成、三陽、混源、聞香、羅道等數十種，有的一教數名。它們各不相屬，教義、儀軌頗多歧異，信奉的神極為繁雜，有天宮的玉皇、地獄的閻王、人間的圣賢，還有最受崇奉的是彌勒佛等等。
最有意思的是，帝國境內還有相當一部分本來沒有宗教信仰的人群，他們開始信奉神武大帝，尊神武大帝鄧浩楠為神，創立神武教，也跑到帝國基金會申請資金。
對此，帝國皇帝的批復是，尊重國民意愿，宗教自由。
基金會上下官員只好無奈的苦笑一番，但在資金供給上，神武教卻是領到了僅次于佛教和道教的發展資金。
當然，還有曾經被鄧浩楠鎮壓下去的白蓮教殘余。這些教徒們已經無法在帝國立足，奪取皇帝江山的計劃早就泡湯了，因此他們把目光瞄向了海外。
這些白蓮教余孽，混入其他宗教當中，或者自己改個名字，從帝國政府那里領取相應的基金，到海外宣揚中國的宗教信仰。
帝國政府將所有申請自己的宗教勢力進行統一管理，前面是帝國的殖民軍隊開路，然后便是這些宗教勢力對殖民地奴隸進行宗教宣揚，做的好的教派，帝國政府將會繼續撥付資金給他們，讓他們幫助帝國進行殖民統治。做的不好的則減少資金，到最后停止發放資金。
一切都是以帝國利益為基準的，所有宗教自己擴大信徒的同時，必須服從帝國政府，否則便無法生存。
有意思的是，帝國的道教思想理念確實能夠跟美洲印第安人的宗教信仰相互吸引。在所有派往美洲的教派當中，中國的道教令印第安人部落所接受。這樣一來，帝國政府對美洲殖民地的統治和擴張不但減少了阻力，反而能夠得到印第安人的幫助，勢力范圍顯著擴大。
不過，隨著帝國的這些傳教士們深入美洲大陸，當抵達墨西哥殖民地大西洋沿岸時，不可避免的跟歐洲國家在大西洋沿岸的教派發生了沖突。雙方思想的不同，導致中華帝國墨西哥殖民地東北部地區同歐洲國家的殖民地移民者不斷進行摩擦，這給中華帝國政府同歐洲國家的關系蒙上了一層陰影。