劉國軒用誘敵之計打敗了劉肇基，得了不少戰利品，這一下手下的衆將對這位年僅十九的小將軍全都服氣了，消息傳到思明州，鄭芝莞大喜，立即傳令重賞劉國軒，並提拔他爲參將，大批酒肉和賞銀送到了前線。
劉國軒將酒肉和賞銀全都分給將士，而且他對那名輜重營那名千總沒有半句責備，反而進行了表彰賞賜，這名千總無地自容，因爲當時他帶頭臨陣逃跑，按律當斬，劉國軒不但沒有殺他反而獎賞他，千總感激涕零。
正在他們犒賞三軍，慶祝勝利的時候。有人來報，明軍兵退15裡，紮下營寨。
劉國軒笑了笑，沒有說話。接下來一連幾天，明軍沒有出戰，後來又有人來報說明軍正在四處籌積糧草。
劉國軒一聽明軍糧草接濟不，真是天助我也，但是心細的他遂帶著人親自察看明營的防守情況，看完之後發現，明營防守鬆懈，又派出細作打探，探子回來稟報，明軍兵將士氣低落還頗有怨言，根本沒有鬥志，高國軒摸清這些情況後高興了，軍糧草短卻，難怪這些天明軍不戰原來是在等糧草，現在明營已經軍心浮動，破明軍大營，抓朱由崧在今晚。
他拿定注意後，準備了三千精銳，二更天時三千人馬全起來了，用過戰飯，臨近三更的時候，劉國軒帶著三千人馬悄悄地往明軍大營而來。
這是個月黑風高之夜，三千人馬排成了長龍，人不知鬼不覺便摸到了明營附近，見明營營門口高懸氣死風燈，明營一片死寂，站崗的抱著刀槍在那裡打磕睡，也沒有巡邏的兵將。
劉國軒把手的大戟一指，“殺！”
三千人馬如潮水一般，殺嚮明軍大營，吶喊聲打破沉靜的夜空，明軍猝不及防，站崗的哨兵被驚醒，散腿跑，劉國軒指揮著大軍一個衝鋒便衝進了明軍大營。
他們見人殺，明軍從夢軍驚醒，四散逃奔，劉國軒事先已經探聽清楚，指揮著人馬往御營殺來。幾乎沒遇到什麼阻擋，輕而易舉地便衝進了御營之。
此時御營燈還亮著，這便朱由崧的御營大帳，劉國軒指揮人馬衝進御營，此時營賬坐著一個人，一身龍袍，正在案邊翻看書卷，神情怡然，專心致志的樣子，視劉國軒等人如無物，正是朱由崧。
“昏君，還不束手擒？”劉國軒在馬用戟一指。
看到劉國軒帶人衝進來了，朱由崧這才把卷放下，哈哈一笑：“劉國軒，朕等你好久了！”
朱由崧話音未落，外面號炮連天，無數年的火把照耀下，四周撲天蓋地全是明軍，劉國軒的人馬早已經被包圍在御營之。
劉國軒這才知道當，原來一切都是假像，但是事到現在他也豁出去了，摧馬執戟直取朱由崧。
朱由崧坐在案前動都沒動，戰馬衝進來，大戟如破空而來直刺朱由崧的面門。
朱由崧把頭一擺，讓過戟鋒，伸手把戟桿抓住，“下來！”
朱由崧往回一扯，劉國軒在馬坐立不穩，翻身落馬，還沒等他起來，已經被衝過來的三員女將逼住，“別動！”正是馬金花，賀宣嬌、慧梅。三把刀劍之下，劉國軒只得束手擒。
劉國軒的三千人馬，除了幾個死心眼的被斬殺之外，餘者大部分選擇了投降保命，三千偷營之敵無一人漏，戰事很快結束。
朱由崧仍坐在案邊，對綁在他面前的劉國軒道：“朕愛惜你是個才人，投降吧，朕可以既往不咎，並讓官復原職。”
劉國軒立而不跪，誓死不降。
“你這是不服呀，好吧，來人，把他放了。”
好不容易把他捉住了，這麼放了？明軍將士不解，但哪敢多言，綁繩被鬆開，戰馬和大戟都給了他，劉國軒執戟馬，飛馬而去。
“陛下，因何不殺了他？”小柳是道。
“殺了可惜了，朕要收降他。”
“可是他根本不降。”
“那是未到火侯。此將乃可塑之材，我大明需要這樣的人。”
“陛下求賢若渴，柳是佩服。”
朱由崧笑了，命人收拾營帳。
劉國軒出了明軍大營，回到自己的營，天已經快亮了，三千人馬只剩下他一個光桿司令。現在他的大營連後勤營都算總共還剩下一千多人，衆寡太過懸殊，他帶著一千多人連夜拔營起案撤回思明州。
劉國軒自縛其綁來向鄭芝莞請罪，鄭芝莞嘆了口氣，也沒怪罪於他，親自把綁繩解開，安慰了他幾句，讓他回營休息。
兩天之後，明軍數萬大軍兵臨城下。
鄭芝莞堅守不戰，問計劉國軒。
劉國軒思忖道：“大人，朱由崧詭計多端，我軍新敗，士氣低落，加兵微將寡，如果明軍用大炮攻城，城池怕是守不住了，我們不如放棄思明州，退守廈門島。我們的優勢在海，在海收拾他們。”
鄭芝莞點了點頭，但仍不無顧慮道，“將軍言之有理，只是我們棄城而逃，王爺將來要是治我等不戰而逃之罪，當如何是好？”
“大人，勝敗乃兵家之常事，再說了我們並非不戰不逃，這是以退爲進之策。撤退只是權宜之計，死守城池，必然全軍覆沒，城池不保。退守廈門保存實力，只要海戰能取勝，我們還有復奪思明州的機會。”
“海戰如何打法？明軍的水師已經拿下了浯嶼礁和雙魚島。”
“大人，這好辦，我們在鼓浪嶼設置炮臺，然後在四周最狹窄的淺水區修建攔護，可破明軍水師。”
“好，依將軍之言。”鄭芝莞高興了，立即按照劉國軒的計策，放棄了思明州，將人馬撤到了廈門島。
明軍佔領思明州，朱由崧傳旨，留下一萬人馬守城，處理城戰後事宜，然後馬不停蹄，督率明軍的大隊人馬開到了海邊，安下營寨。
這裡最窄處離廈門島不足十里，朱由崧帶著人登高一望，能夠清楚地看見對岸深溝高壘的防禦工事，炮臺戰船，戒備森嚴。
如果把水師調過來，在強大火力的掩護之下，從這裡搶島登陸不是難事，但是此時明軍的水師被阻在雙魚島一帶，離這裡還有幾十裡地，水師可從岸繞過來，但戰船卻飛不過來，臨時造船，耗資甚大，時間也太長。
此時明軍和守島的人馬正在進行激烈的海戰。