空中的戰斗進行了40分鐘，日軍的戰斗機開始撤退，因為他們油料已經不夠了。趁亂投擲完炸彈的日軍各式轟炸機也紛紛在低空中返回，不顧防空炮火對他們的威脅，因為高空太危險了。
南昌機場被日軍的轟炸機扔下了幾枚炸彈，暫時無法使用跑道起降了。除了需要迫降的或油箱漏油了的戰斗機外，第四飛行團剩下的作戰飛機將返回長沙機場降落。轉場到那里作為預備隊的第五飛行團第**隊派出了一個中隊到南昌上空巡邏，確保這段時間日軍不會來偷襲。
在搶奪南昌制空權的戰斗中，日軍出擊的200多架戰斗機和150架轟炸機最終能得以返回第二飛行集團駐扎的機場的只剩下110架戰斗機和30架轟炸機。其他的要不是在南昌上空被擊落，要不就是在返回途中墜毀了。中國空軍的損失就要小得多，只有10多架戰斗機被擊落，另外有10多架被擊傷或由于油箱漏油迫降在了南昌機場。兩個I攻擊機大隊的損失更小，只有3架被日軍轟炸機的自衛火力擊傷，1架被己方的防空火力擊落。總體上來說，中國空軍守住了南昌的制空權，等到今晚機場修復好，明年第四大隊就可以再次轉場過來，而新一軍的陸航一團也可以回到南昌機場，加入對地的攻擊。
第二飛行集團司令德川好敏中將得知空戰的結果后差點暈了過去。作為陸軍航空兵的創始人，當年他曾經在代代木練兵場與日野熊倉庫大尉一起進行了日本國內的首次飛行，這一天以后被定為日本初次飛行紀念日。作為一等旭日大綬章的獲得者，德川好敏非常希望能發揮自己在空中作戰的專業，為大日本帝國建功立業。但是這一次，他顯然是被中國空軍給打敗了，搶奪制空權的企圖落空了，接下能徹底獲得制空權的任務就更難了。
到晚上的時候，第11軍司令阿南惟幾中將收到了今天的空戰戰報。雖然已經加入了大量的水分，阿南惟幾還是從中看到了問題。他眉頭緊鎖，思考著第11軍進攻南昌的會戰如何開展。在國內的時候，他就注意到這一年中國空軍的異常突起，特別是今年上半年兩次會戰的失利，更是讓狂熱的日本陸軍注意到制空權的重要作用。他的前任，第11軍第二任司令圓部和一郎就是在上高會戰中沒有制空權的情況下輕裝冒進，而被中國空軍阻斷了補給和歸路，從而造成2個師團和一個旅團被全殲，順帶還丟掉了占據兩年的南昌。
凌晨時分，阿南惟幾終于做出了決定，現在箭在弦上不得不發，只好再次拜托德川好敏至少要保證己方上空的制空權，避免支那空軍的轟炸機和攻擊機威脅己方陣地和后勤線。再加上陸軍的防空武器，應該足夠守住自己的頭頂吧。盡管時間很晚了，他還是請接線員要通了德川好敏的電話。在電話中他恭維了德川好敏，并請他原諒自己這么晚打擾他的休息，最后才告訴德川好敏自己已經決定立即發動地面進攻，拜托他代為掩護日軍的上空。雖然是在電話中會談，德川好敏還是忍不住臉紅了，那本來就是他的職責，他連忙答應了阿南惟幾的請求。第二次南昌會戰即將正式爆發。
第二天一大早，隨著一則則來自第11軍司令部的命令下達到各個師團，早已就做好了出戰準備的日軍師團立即開始集結兵力向預定的方向進發。
原本就隸屬第11軍的第3、4和6師團從武漢出發，作為西路軍插入南昌和長沙之間，切斷中國方面第九戰區第19集團軍的后路，并從西面進攻南昌。而中路軍第8師團、第10師團、第12師團和獨立戰車第1旅團，則從九江出發，沿著鄱陽湖岸邊進犯南昌。值得一提的是獨立戰車第1旅團裝備了95式輕型坦克60輛，97式中型坦克30輛，還有數量眾多的輕型裝甲車。剩下的第14師團、第24師團、第28師團作為東路軍，沿著鄱陽湖的東岸進攻南昌。
三路大軍一共19萬余人浩浩蕩蕩地向南昌而來，這么大的陣勢從1938年以來就很少見到了，看得出來日本人并不只是想要拿下南昌，甚至是想圍殲第九戰區的精銳部隊，順勢占領長沙在內的廣大地區，從而占據中國最主要的產糧區，逼迫國民政府投降。
在優勢的兵力下，三路日軍很快勢如破竹般抵達了南昌的外圍區域，在這里他們碰到了第19集團軍3個軍的構筑的防線。戰況從一開始就變得白熱化，從地面到空中，到處都在爆發激烈的爭斗。
跟在中條山不一樣，這次軍委會和第九戰區都對南昌的保衛戰有充足的準備。南昌城中的居民全部被勸或強制遷移了出去，城市被新一軍改造成了巷戰的場所。城外則利用各種材料修建了縱橫數公里的防線，不但用到了運來的水泥和鋼筋，連墓地里的石碑都被用來構筑工事，所以等日軍到來的時候，發現南昌城外已經擁有堅固的地下防線。而且這半個月，中**隊除了構筑防線外，一個勁的囤積作戰的物資，除了公路和鐵路外，連空軍都調集了數十架運輸機幫助運輸陸航一團需要的彈藥和油料。
原本等到這個時候，就應該日本陸軍的轟炸機出場了。不過當數十架轟炸機在一式隼戰斗機的護航下慢悠悠地抵達中方陣地上方，陣地上的中國士兵慌亂地鉆進防炮洞避難的時候，天空中沖下來數十架殲三野馬戰斗機，利落地將正準備投彈的轟炸機打下了一半，剩下的慌忙將炸彈頭在了荒野上，甚至有一架轟炸機差點把炸彈投在了在出發陣地上準備出擊日本士兵頭上，讓這個步兵大隊的大隊長舉著指揮刀對著天上罵。
一式隼戰斗機并沒有發揮多大的作用，他們的速度足足比中國空軍的戰斗機慢了100多公里小時，而且裝備的兩挺機槍根本不足以對野馬式戰斗機造成威脅。經過了幾次這樣的戰斗后，阿南惟幾中將放棄了請第二飛行集團協助進攻的期望。只要求他們發動一些像樣的夜襲，在夜間襲擾中**隊即可，平常更重要的是派出護航的戰斗機來保護己方上空。
可是即使是這個任務，第二飛行集團也很難承擔。從三路日軍將南昌圍住的那一天開始，新一軍的陸航一團就開始頻繁出動，對東中西三面的日軍出發陣地、炮兵陣地、指揮所和后勤車隊進行攻擊。老式的I153掛上火箭彈后搖身變成空中炮兵，在高射炮威脅范圍外射出一道道火光，將正在發威的炮兵陣地，正在沖鋒的日軍和正在運輸的補給物資打得七零八落。
雖然第二飛行集團接到命令后趕往前線進行支援，但是他們從最近的九江機場飛過來也要半個多小時的時間，那個時候負責對地攻擊的飛機早就回到防守嚴密的南昌城內了。中國空軍在這里架設的雷達幫助他們能避開日本的戰斗機，而中國空軍的戰斗機總能準確地迎上出擊的日本戰斗機。戰斗的結果往往是日軍戰斗機被擊落。中國空軍掌握了雷達和通信的優勢，這是日軍無法比擬的。第二飛行集團雖然在九江的機場安裝了一座雷達，但那只能幫助他們負責九江區域的預警，無法覆蓋到南昌的空域。
日本陸軍不得不接受了這個事實，而將大部分的進攻安排在夜間，同時還得把自己占據優勢的炮兵分散。獨立戰車第一旅團更是沒有找到出擊的機會，所有的坦克都多在偽裝布的下面不敢輕易露面，旅團長阿野安理少將感到非常的憋屈。
晝伏夜出的戰斗進行了三天，日軍依靠著優勢火力和優秀的士兵陸續攻破了中**隊的多條方向。陸航一團在夜間起的作用有限，雖然發現了幾個日軍的炮兵陣地并將其摧毀，但總體來說不能像白天那樣有效壓制日軍的重火力。
其中西路的日軍進展最快，都要快能看見南昌城了。要是再接近十公里，其裝備的重炮就可以攻擊到南昌機場了。這也難怪，充當西路先鋒的是日軍常設師團第3師團和第6師團，第4師團殿后。第3師團和第6師團都是日本陸軍中的甲種師團，在從1888年陸軍改制后就一直存在，幾乎參加了1937年以來的各次大戰，最大的罪惡是這兩個師團參與了南京大屠殺，他們也被稱為野獸師團。而跟在他們后面的第4師團卻是一個例外，這個由大阪商販組成的師團是出了名的窩囊廢，威脅反而更小。
7月26日，第6師團發起了對駐守在高安的第30集團軍的進攻，韓全樸的第72軍和夏首勛的第78軍頂不住壓力退卻了。西路的日軍得以占領這個渴望已久的據點，只要牢牢守住這里，南昌的第19集團軍就跟第九戰區的其他部隊隔離開來了。