開始二週目後，最初的畫面是一對(duì)機(jī)器人兄弟。
圓圓的臉，大大的眼睛，看著有些可愛。
只不過，哥哥倒在地上，眼睛失去了亮光，儼然已經(jīng)死亡。
弟弟仍然積極地?fù)尵龋沧驳靥嶂埃ソ訚M機(jī)油後回來，倒在哥哥身上。
只不過，終究是白費(fèi)力氣。
這時(shí)候，視角拉遠(yuǎn)，熟悉的聲音傳來：
“你就算再怎麼努力，機(jī)械兵也不可能做一家人的。”
9S正坐在高處，查看某些數(shù)據(jù)。
原來，第二週目操縱的不再是2B，而是9S。
他周圍的環(huán)境，正是那個(gè)巨大的工廠。
最開始的任務(wù)，是協(xié)助寄葉部隊(duì)解除地面的防空系統(tǒng)。
9S換上機(jī)甲，一路殺進(jìn)防衛(wèi)系統(tǒng)內(nèi)部，黑掉了四個(gè)終端機(jī)。
以9S的視角去遊戲，可以發(fā)動(dòng)對(duì)地方的“黑客攻擊”。
此時(shí)，界面會(huì)變成擊倒方塊或圓球的小遊戲。
完成小遊戲後，被黑的機(jī)械生命體會(huì)受到很高的傷害。
搞定了防衛(wèi)系統(tǒng)後，9S再次殺出通道，去支援進(jìn)攻部隊(duì)。
當(dāng)他發(fā)出導(dǎo)彈解決掉那隻巨大的機(jī)械臂時(shí)，熟悉的畫面出現(xiàn)了：
在2B的注視中，駕駛機(jī)甲的9S從空中緩緩降落。
二人相互打了個(gè)招呼，恍如初見。
這個(gè)畫面，和一週目開場(chǎng)時(shí)一模一樣。
頓時(shí)，上官言明白了——原來二週目是以9S的視角，去重新體會(huì)一遍劇情。
隨著那些熟悉的臺(tái)詞一句句出現(xiàn)，上官言又重溫了一遍2B和9S初次相識(shí)的場(chǎng)景。
原來，之前2B在工廠裡面搜尋時(shí)，9S陷在金屬通道中，所以那麼晚才趕到。
同樣的，9S捨身救2B，被巨型機(jī)器人擊中，落在它背上。
只不過，在他昏迷後，多了一段修復(fù)自身系統(tǒng)的過程。
接著，2B開走他的機(jī)甲，和頭目正面戰(zhàn)鬥。
他則操縱BOT，解決朝自己衝來的機(jī)械兵。
二人合作幹掉巨型機(jī)器人後，周圍又冒出三個(gè)同樣的大傢伙，包圍了他們。
於是，他倆取出各自的黑匣子，碰在一起，引發(fā)了巨大的爆炸……
接下來的畫面是在基地中，9S前往2B的房間，協(xié)助對(duì)方恢復(fù)了各項(xiàng)功能。
二人相互介紹了一下，前往指揮中心領(lǐng)了任務(wù)後，便一起駕駛機(jī)甲飛向廢墟都市。
後面的劇情也都大致一樣：前往反抗軍的營(yíng)地，領(lǐng)取任務(wù)後，去沙漠中調(diào)查，遇到一個(gè)逃跑的機(jī)械兵。
只不過，中途多了一段動(dòng)畫，介紹機(jī)械生命體遇到火山爆發(fā)後，突然找到了活下去的意義。
然後是進(jìn)入沙漠中的城市，遇到大羣模仿人類的機(jī)械兵，它們組合成巢，孕育出一個(gè)銀髮的人造人。
用刀刺穿人造人的胸膛後，它再次復(fù)甦，引起建築物崩塌，迫使2B和9S逃離。
接下來的目的地是遊樂場(chǎng)，中途又多了兩段畫面。
第一段中，2B的POT042要求9S的POT153開啓權(quán)限，傳輸戰(zhàn)鬥數(shù)據(jù)；
第二段則是延續(xù)了火山爆發(fā)的動(dòng)畫，講述機(jī)械生命體們找到了寶物-感情，並且每個(gè)人都產(chǎn)生了不同的感情。
然後是在遊樂園中探險(xiǎn)和搜索，與前面的劇情一致。
在和頭目-舞姬戰(zhàn)鬥時(shí)，又出現(xiàn)了一段新內(nèi)容：
當(dāng)舞姬還是“矮醜”的機(jī)器人時(shí)，試圖贏得一個(gè)高大帥氣機(jī)器人青睞，結(jié)果遭到了拒絕。
它發(fā)誓自己會(huì)裝上很多飾品，讓自己變得更漂亮。
當(dāng)9S消滅了舞姬後，又觸發(fā)了新的記憶：
舞姬變漂亮後，再去找那個(gè)帥機(jī)器人，乞求對(duì)方的喜歡。
“她”爲(wèi)了變美，付出了無數(shù)艱辛，只要有一絲可能，都會(huì)去嘗試。
“但他還是不喜歡我……”
“不管我做什麼，他都不喜歡我……”
最後，“她”意識(shí)到，自己付出的一切，都是白費(fèi)的，毫無意義。
在尖嘯聲中，舞姬爆炸成一團(tuán)火焰。
這時(shí)候，上官言明白了二週目使用9S的意義：
他可以黑入機(jī)械生命體的系統(tǒng)，自然也能感受到對(duì)方的記憶和思想。
這些東西慢慢影響了他，讓他意識(shí)到，自己的敵人並不只是冷冰冰的機(jī)械。
接下來，二人跟隨代表和平的機(jī)器人一起，前往村莊裡面。
此時(shí)又多了一段畫面：
亞當(dāng)和夏娃正坐著曬太陽，夏娃很奇怪爲(wèi)什麼要穿褲子和吃蘋果。
亞當(dāng)解釋說這是人類的行爲(wèi)，他們要儘量活得像人類一樣。
夏娃很聽哥哥的話，認(rèn)真地執(zhí)行了對(duì)方的話。
另一邊，2B和9S從村莊回去，解決了巨型機(jī)械兵器後，遇到它自爆炸出一個(gè)大坑。
他倆追蹤外星人的蹤跡，進(jìn)入指揮大廳後，遇到亞當(dāng)和夏娃，獲悉外星人已經(jīng)滅絕的真相。
二人再次和對(duì)方打了一架。
出來之後，外面多了很多站在高處發(fā)呆的機(jī)械兵。
它們似乎是在思索自己存在的意義。
有的過於糾結(jié)，甚至還跳下去自殺。
後面的劇情便是前往“森之國(guó)”搜尋情報(bào)。
這時(shí)候多了三段畫面，介紹“森之國(guó)”的歷史：
256年前，一臺(tái)巨型機(jī)器人打算自立爲(wèi)王，建立一個(gè)王國(guó)，讓治下的所有人民都成爲(wèi)他的家人。
128年前，國(guó)王死去了，護(hù)衛(wèi)們將國(guó)王的內(nèi)存放置在一臺(tái)小孩機(jī)器人內(nèi)，以爲(wèi)這樣可以將國(guó)王的信念傳承下去。
最後一段是4小時(shí)前，護(hù)衛(wèi)們爲(wèi)國(guó)王沒有成長(zhǎng)而煩惱，但它們覺得小孩非常可愛，仍然決定用生命守護(hù)它。
當(dāng)然，它們沒能守住。
和之前一樣，A2出現(xiàn)，殺死了小孩機(jī)器人，並與9S和2B發(fā)生衝突。
A2走後，二人前往水淹之城，執(zhí)行護(hù)衛(wèi)航母的任務(wù)。
此時(shí)又多了一段關(guān)於亞當(dāng)和夏娃的畫面，內(nèi)容是他倆如何儘量變得更像人類。
在水淹之城，9S和2B遭遇了古代巨獸並消滅了它。
此時(shí)又多出了一段畫面：
2B的POT042要求9S的POT153傳輸戰(zhàn)鬥情報(bào)（之前是戰(zhàn)鬥數(shù)據(jù)）。
受巨獸爆炸的影響，9S被衝擊波掀飛，落入亞當(dāng)手中。
在昏迷的這段時(shí)間內(nèi)，他進(jìn)入了機(jī)械生命體的網(wǎng)路，獲悉對(duì)方一直在模仿人類的事情。
途中，他和亞當(dāng)產(chǎn)生了爭(zhēng)論，對(duì)於機(jī)械生命體與人工智能機(jī)器人的區(qū)別感到疑惑。
亞當(dāng)也將自己的信息（病毒）傳輸?shù)?S體內(nèi)。
這時(shí)候，觸發(fā)了一段劇情動(dòng)畫，裡面出現(xiàn)了一段晦澀的獨(dú)白：
“機(jī)械生命體都很珍視自己的寶物，有的視“寶物”爲(wèi)家人，有的認(rèn)爲(wèi)是兄弟，有的則認(rèn)爲(wèi)是美麗……
不過，也有的機(jī)械人認(rèn)爲(wèi)是——【憎恨】。”
接著，9S甦醒，看見2B擊殺了亞當(dāng)。
他被2B抱起，送回總部進(jìn)行修復(fù)。