秦宗權認爲兵力十倍於朱全忠，便欲悉全力以攻汴州，將其吞併。887年3月，他令其將張晊屯兵北郊，弟弟秦賢屯板橋，各有衆數萬，共列三十寨，連延二十餘裡。朱全忠向諸將說道："秦賊大舉來攻，以爲我派朱珍東出募兵尚未歸還，我們兵少，只能畏怯自守而已。殊不知朱珍已回，我們應出其不意，率先發動攻擊。"於是朱全忠親自領兵攻打秦賢之寨，士卒都踴躍爭先。而秦賢沒有防備，被連拔四寨，斬萬餘級。朱全忠又使牙將郭言募兵於河陽、陝、虢等地，得萬餘人而還。蔡將盧瑭屯在萬勝，夾汴水紮寨，欲斷絕汴州糧運之路，朱全忠就令朱珍乘霧攻擊，殺獲幾盡。於是蔡州兵都集合到張晊處，朱全忠再次大發兵攻擊，殺二萬餘人，蔡人大懼。秦宗權聽說後，親率精兵數萬從鄭州趕來！這回輪到朱全忠害怕了，他派人向天平節度使朱瑄求救。
天平鎮與宣武鎮是鄰鎮，其治所在鄆州，濮州、曹州亦屬其管轄。鄰道袞州，其刺史不爲人所服，朱瑄乘機將之吞併後已有衆三萬，朱瑄從父弟朱瑾，勇冠軍中。他們久聞秦賊大逆不道，朱瑄便欣然答應，使朱瑾帶軍前來相救。五月時朱全忠與朱瑾合兵大戰秦宗權於邊孝村，朱瑾躍馬橫矛，身先突陣。只一陣殺得秦宗權大敗，斬首二萬餘級。秦宗權連夜逃走，朱瑾急追至陽武橋不及而還。自此秦宗權之勢轉衰。朱全忠極爲感激朱瑄朱瑾兄弟，三人結拜爲兄弟，約定共滅秦賊、平分其地。朱全忠稱朱瑄爲兄，事之極盡謙恭禮數。先前秦宗權所派出的的保守東都、河陽、許州、汝州等地之兵將，聽說秦宗權敗後，很多都來歸附朱全忠，朱全忠聲勢大震。
朱全忠爲人多狡詐權數。這時，慾壑難填、極度膨脹的他竟起了先吞併天平鎮的念頭。以怨報德之事雖說不是第一次做了，但再厚顏無恥也總得找個藉口吧。於是他召諸將商議，在聽其幕僚敬翔說了幾句話後，朱全忠眉開眼笑，不斷點頭。他按敬翔所說的去做 ，先使人抓來幾名罪犯在衆軍面前斬首，然後欺騙軍士們說道這些人受了朱瑄的招誘，想要去投奔朱瑄。
於是朱全忠發難，遣其將朱珍、葛從周先用計奪曹州。朱珍詐說是受朱全忠入城犒軍的，曹州刺史丘弘禮認爲三人結拜，同仇敵愾，自然不疑，讓朱珍領著數百人進城。哪成想，宴席時，朱珍早已令入城軍士奪取城門，放大軍進來。不設防備的城內兵士猝然受到攻擊，很快被克，而丘弘禮也被朱珍在杯酒間拔刃殺掉。之後朱珍又攻濮州。曹州陷落、濮州被攻的消息傳來，朱瑄、朱瑾如同在夢中被雷驚醒，怎麼也想不到朱全忠竟會恩將仇報。朱瑄大罵道“這個逆賊真是無恥，喪盡天良。我們出兵救他於危難之中，如今不出數月，竟反過來攻擊我們？將結拜視爲兒戲。出爾反爾，如此作爲，天必厭之！”朱瑾怒道“我定要割掉他的豬頭做成溺器,取他腹內的膏脂點燈，方能泄掉我的心頭之恨！”
兩兄弟親自帶兵與朱珍大戰於劉橋，朱瑾躍馬衝殺，所向披靡，直尋朱珍挑戰。朱珍亦是驍勇，前來交戰。兩人大戰數十合難以分出勝負。然而這時朱瑄軍隊因寡不敵衆而全面落敗，被殺上萬人。朱瑾只得棄了朱珍逃回。朱瑄、朱瑾逃跑時又發現退路早已被斷。在洶涌而來的的追兵下，兩兄弟拼死血戰才得以突圍，兩人兩騎回到鄆州。
後來朱珍攻濮州，朱瑄派親弟弟朱罕將步騎萬人前往營救。朱全忠使其驍將李唐賓領兵劫擊，大敗其軍，李唐賓於陣斬殺朱罕，萬人軍隊所剩無幾。攻克濮州後，刺史朱裕逃往鄆州，朱珍就繼續攻鄆州。朱瑄使朱裕詐爲書信一封，送給朱珍，說願意約爲內應。信中大致說道“因失濮州，朱瑄雖未治罪於我，但不滿之色已寫於臉上。酒席間甚至多有羞辱之詞。吾與朱瑄只是族親，枝葉疏遠。聽聞宣武朱公英明過人，而貴將軍又勇冠諸軍，朱瑄、朱瑾豈是對手？因此吾欲棄暗投明，以城降於將軍！我已與手下親信約好，子時打開城門，到時將軍可帶兵進入，趁機奪取城池。”
朱珍看後大喜，到了子時，果然看到城門大開，朱珍便使其副將帶兵先入，自己在後跟隨。當朱珍距離城門數十步，馬上就要進去時，忽然城上大落木石，箭矢紛飛。而城門也隨之而閉，入城之軍與城外之軍被隔斷。朱珍急忙率軍後退，先入城的數千人盡數被殺。
因朱瑄本以爲朱珍已入城，所以才關閉城門。後來得知朱珍僥倖逃脫後，懊惱不已。但乘此勝，朱瑄再次奪回了曹州。
這時，淮南地區又產生了動亂。節度使高駢晚年昏庸，荒醉失政，一切政事交於妖道呂用之。牙將畢師鐸本是黃巢部下的降將，欲乘機取而代之，便自高郵起兵，與宣州秦彥合兵以襲廣陵，攻克揚州、殺了高駢後自稱節度使。唐昭宗以爲朱全忠敗秦宗權有功，欲倚仗他，便讓朱全忠兼做淮南節度使，討伐畢師鐸。朱全忠雖喜皇帝此舉，但因正與秦宗權、二朱兄弟對抗，尚未能抽出兵力。再說那妖道呂用之逃走後投奔了廬州刺史楊行密。楊行密家本孤貧，但膂力強健，能日行三百里。當初秦宗權擾亂淮右時，頻繁攻擊廬州，原廬州刺史招募能戰擒賊者，以殺敵的首級之數論賞。楊行密以膽力應募，殺敵無數，升爲隊長，後又因功大做了廬州刺史
楊行密得知揚州被克後後親自領萬人去攻廣陵，短兵才接，楊行密僞遁，畢師鐸之兵爭相入其柵，搶掠金帛，而這時楊行密的伏兵大發，自己又回軍來攻，殺得敵軍大敗，最終收復廣陵。這時朱全忠見楊行密已據廣陵，便派人來與楊行密結盟，希望能與其共同對抗秦宗權，並向皇帝上表，請求楊行密做淮南節度副使，使自己的行軍司馬李璠爲淮南留後，並遣牙將郭言將兵千人護送。徐州節度使時溥自以爲先受詔討伐秦宗權，況且其境又與淮南相接，竟沒能兼領淮南，對此甚是怨恨。李璠欲往淮南，必過其地，到泗州時遭到了時溥的襲擊，賴郭言力戰才得免。自此徐州、汴州兩鎮結仇。
楊行密得朱全忠之信後，也是心中不樂。對部下怒道“朱溫讓我做一副使，他的人來做留後，那將來這地盤不還是他的嗎。朱溫野心真是夠大。哼，我百戰得來的地盤豈能拱手送人！”決定立即與其決裂。但聽說李璠未能到來，自己部下又勸說道“剛得淮南、百廢待興，不宜於此時結一強仇”，楊行密便表面上應允了朱全忠的聯盟，實際上淮南之事全在自己的掌控之中。
那秦彥、畢師鐸敗後投奔秦宗權之大將孫儒，孫儒認爲他們無能便將他們都殺掉，自己大舉兵以攻楊行密。當時江、淮地區疾疫盛行，孫儒亦感染疾疫，爲部下所殺，送其頭於行密，楊行密盡得孫儒之衆，聲勢大振。自此楊行密招合遺散，休兵養民，政事寬簡，百姓甚樂。楊行密又選兵練將，以圖霸道。選驍勇五千人，甲冑皆繪以黑色祥雲圖案，號“黑雲都”，厚養於自己府第，待之如同家人。驅之使戰，無不爭先。