在一個叫“神奇寶貝”的世界裡有著一種生物——神奇寶貝。
神奇寶貝是一種非常非常不可思議的生物，其種類有……100、200、300、400……不，可能更多也說不定。
不管是在陸地上、海洋裡、天空中、森林裡、火山中、雪山中、城市裡……在世界上的各種地方都可以見到他們的身影。
人和神奇寶貝會以成爲神奇寶貝對戰這項競賽的冠軍爲目標，彼此同心協力並肩作戰；會以朋友的身份、夥伴的身份，彼此心意相同，一起共同生活……
有多少神奇寶貝就有多少個夢想，有多少神奇寶貝就有多少邂逅，有多少神奇寶貝就有多少次冒險在等著你……
……
而這個故事，要從這裡開始……
……
在神奇寶貝世界的一個扭曲的時空夾縫之中，這個空間時間於空間在互相碰撞，時不時傳來一陣陣氣場，怒氣籠罩了這個時空夾縫，而這怒氣的來源於兩隻精靈身上。
“唲~！”
一隻蜷曲著的大型紫色神奇寶貝吼叫著，“啊！”而在它的對面是一隻藍色的大型神奇寶貝。
它們在這裡激戰了很久很久，不知道碰撞了多少次已經不知道過了多久它們的體力快不行了，各自用出了大招。紫色精靈的手臂上那珍珠在閃耀著，它在在手上凝聚了出了一團粉色能量，手一揮，劃出一道散發著空間能量的粉色彎月衝向藍色精靈，藍色精靈胸口的鑽石也在閃耀，它從嘴裡射出一道充滿著時間能量的能量柱。
“轟~”
兩股強大的能量碰撞在一起，周圍的空間、時間彷彿破碎了似的…………。
……
在一個昏暗的房間裡，在一臺電腦前，一位正在玩口袋妖怪的少年。“乎～，終於抓到你了。”少年道。這位少年叫阿桂，是一個高中生，他從小就很喜歡神奇寶貝，也喜歡玩神奇寶貝的遊戲——口袋妖怪。阿桂現在是個孤兒，父親在阿桂剛出生的時候就去世了，母親在阿桂還是讀小學的時候也去世了，他也沒有什麼親人，他可以說是生無可戀了。
突然，在他的身後出現了一個猶如深淵的黑洞，“啊！”強大的吸引力把阿桂吸了進去。阿桂感覺精神一恍惚，就被吸到了裡面，在這裡面，像一條長長的隧道，阿桂在嘶吼著，阿桂感覺得到自己的身體在不斷的變小，變小，終於，阿桂的身體消失了，只剩下了一個靈魂在飄蕩著，阿桂感覺自己就像不存在一樣，在這個條長長的隧道飄著，也不知道飄了多久，也不知道過了多久，在他的背後出現了升起一道光芒，光芒照耀在阿桂的靈魂上，靈魂彷彿在閃耀著，最終這光芒把阿桂吞沒，阿桂也昏了過去，這光芒有著強大的吸力把阿桂吸了進去......。
......
“啊，啊……啊……”在一個小鎮上，傳來一陣陣女人的嘶吼聲。
女人吼叫了一會，最終平息下來了，但是這個女人還是大聲的喘著氣，這時，一個男人高興的抱著這個新生的生命說道：“生了，生了，是個男孩！太好了！”
男人抱著小嬰兒跑出家門，看著家門前那棵開著黃色的花兒桂花樹，聞著空氣中從桂花樹上帶來的清香。
男人看了看桂花樹，又看了看在懷中熟睡的小嬰兒……
這時，那個女人也從屋中走了出來，她看著那桂花樹和聞著桂花香，全身舒服了不少，然後，又看向了抱在男人懷裡的小嬰兒……
“他的名字就叫……”男人和女人同時說道，他們都知道對方想說什麼。
……
阿桂被光芒弄的昏了過去，然後，又莫名其妙的陷入了無盡的沉睡當中……
……
兩年後
一個晴朗的早晨，在一個明亮的房間裡的一張牀上靜靜的躺著一個人，斜陽射在了他的臉上。
彷彿睡了很久很久，睜開眼，“少年”看到了白色的天花板，在心裡想“這是哪？”他站了起來看向四周，這是一個乾淨、整潔的房間，他來到了鏡子前看了看自己，他驚訝的發現自己變成了一個兩三歲的孩子，粉嫩光潔的皮膚，一頭濃黑的頭髮，大大的眼睛彷彿閃著光。他在心裡想“這是怎麼回事？是不是我穿越了？”
正當他驚訝的時候。門開了，走進來了一男一女，他們好像是四十幾歲的樣子。女的對著男孩道:“寶貝你醒了，走，去吃早飯。”男孩在心裡想“這是我媽媽？”男孩下意識的答應了一聲。來到餐廳，在裡面有一個蛋型生物正在擺碗具。男孩看著發呆，因爲他再熟悉不過眼前這個生物了——吉利蛋。
他瞬間懵了。
“這裡難道是……”
“對，這裡是神奇寶貝的世界。”
他很心喜，因爲他在前世是一個神奇寶貝迷，他在前世能夠把神奇寶貝圖鑑背的爛熟。他在心裡想“我不是在玩口袋妖怪嗎？怎麼真的到神奇寶貝的世界了。”
這時，在他心中有一個夢想開始發芽生根了——神奇寶貝大師。
在夜晚，少年靜靜的躺在牀上。心裡想著“我是怎麼來到這裡的？”突然，在他的腦海中浮現了兩隻精靈。這兩隻精靈的出現很是讓少年驚訝，而且，他在穿越前捉的精靈正是這兩隻精靈的其中一個……。
那兩隻精靈滿臉歉意的說道:“對不起。”
少年疑惑的問道:“爲什麼要說對不起？”
兩隻精靈帶有歉意的說道:“我們在戰鬥的時候不小心把空間和時間撕裂了，把你吸到了這個世界。”
“哦！原來是這樣啊！”少年彷彿知道它們能撕裂空間和時間一般，並沒有太驚訝！
“你現在回不去了，因爲是我們的原因把你拉進了這個世界，所以就由我們來償還吧！說吧，你想要什麼？只要不越過我們的底線就行。”兩精靈知道它們這次犯了大錯，如果讓那個傢伙知道的話，它們就會很慘，雖然那個傢伙還在沉睡。
“以後再說吧！”阿桂擺了擺手說道。
……
在今後的日子裡他知道了自己的名字——林勇豪桂，不過平時別人都叫他阿桂。
他的爸爸叫林勇野龍，是一位在科學界很有名氣的科學家。
他的媽媽叫大木玲藍，是神奇寶貝九級飼育家，還是大木博士的女兒。
他還有一個哥哥和兩個姐，哥哥叫林勇武，是現任的關東聯盟冠軍，也是家中的老大。
老二是大木蓉，是城都地區有名的神奇寶貝研究員，現在自己開了一個研究所。
老三是大木彤，是個神奇寶貝七級飼育家，在豐緣地區開了一家神奇寶貝飼育屋，
林勇武的妻子是現任關東地區四天王的草系天王芳琳希。
阿桂的外公就是大名鼎鼎的小精靈研究家——大木博士，全名大木雪成。
他也知道了他家就住在夢想的初始城鎮——真新鎮。
……
他在今後的日子裡跟媽媽學習飼育神奇寶貝，還時不時地跟爸爸學科學，還經常去大木博士那裡學習神奇寶貝知識。因爲阿桂上一世父母都死了，所以，他爲了自強，學了五門功夫。他也每天堅持練武。
······
兩年後。
“阿桂，你舅舅有兒子了，還有你花子阿姨也有兒子了。”媽媽開心的說道。
阿桂的舅舅是大木博士的兒子大木森，是現任城都地區的冠軍，他的兒子叫大木茂，就是人稱“茂爺”的——小茂。
而花子阿姨是阿桂他媽媽的一個在鎮上的好朋友，她的兒子就是大家所熟知的神奇寶貝的主角，人稱“智爺”的——小智。
……
一天，爸爸嚴肅的對阿桂說：“阿桂，你也四歲了，該去上神奇寶貝學校了。”
“嗯”阿桂答應了一聲。
……
次日，阿桂就去上神奇寶貝學校了。阿桂來到學校，走進教室，老師熱情的說道：“這是今天我們班新來的同學，你做個自我介紹吧！”
“大家好，我叫阿桂，希望在今後的日子裡與大家好好相處。”阿桂也是高興的說道。
“好，阿桂同學，你就跟冰霜坐吧！”老師指給了阿桂一個位置。
阿桂來到坐位坐下，這時，他的同桌說道：“你好阿桂，我叫冰霜，你可以叫我阿冰，很高興認識你！”
“我也很高興認識你！”
在今後的一年中，阿桂和阿冰成爲了好朋友，阿桂也知道了，阿冰的爺爺是希魯夫公司的老闆，阿桂和阿冰還成了一個組合，這個組合是——火龍隊。阿桂和阿冰因爲成績優秀緊用了一年就完成了學業。
在離開前一天，阿桂和阿冰在夕陽的照耀下依依惜別，阿桂道：“阿冰，我一定會記得你的，你是我永遠的好兄弟。”
“嗯，你也是我的好兄弟。”
“對了，阿冰，你十歲時也要旅行吧！”
“嗯。”
“好，那麼六年之後石英大會上見。”
第二天，阿桂從學校返回到了家中……。