大都城距離道明山足有五千裡之遙，方道明回山之旅卻是尋常步行，不曾用得半分法力，跋山涉水，歷經紅塵，待他回到道明山時已是半年之後。
回山之後，方道明專心打理教中事務，教導弟子，開壇說法，或者便是閉關修煉，祭煉法寶。一年之後，應忘塵感於瓶頸難破，又借鑑方道明的修行經驗，於是告辭下山，徒步紅塵去了。又一年，孫悟行亦是下山，遠行修行。
方道明爲了應付天地大劫，第一要緊之事便是祭煉洞天法寶大日玄凰界。這大日玄凰界本已有五道元靈，可是方道明如今卻創出了從未有過的本源禁制之法，於是他便將大日玄凰界的五道元靈做了取捨，煉入自家獨創的元靈禁咒。
這禁咒之法又被其分爲法禁、靈禁與玄禁，法禁用於祭煉寶有真形的法寶，靈禁用於祭煉寶有元靈境界的法寶，而玄禁則被其打算用於純陽法寶的祭煉。這本源禁咒之法與原先法寶元靈的祭煉之法卻是不同，法寶元靈的祭煉，每進一步，法寶中都會生出一道元靈，九道元靈乃是大成，若是獲得機緣，便有可能九道元靈合而爲一，化爲一道純陽元靈，晉升爲純陽法寶，只是這一步未免太難了一些，而且九道元靈，威力難免分散，很難發揮出其最大威力。而方道明的本源禁咒之法，使得法寶內只有一道本源禁咒，但這道本源禁咒卻可以隨著不斷祭煉，不斷的提升威力，這本源禁咒便可生出一重、兩重，直到九重大成，然後九重合一，便可晉升法寶等級，生出元靈，抑或修成純陽。換而言之，本源禁咒之法祭煉的法寶只有一道元靈，卻可祭煉到九重威力，甚至化爲道法符錄，而原先的法寶元靈卻有九道之多，威力分散，難盡其力，少了變化之道。更重要的是，方道明的本源禁咒之法乃是由玄天化寶訣推算而來，經此祭煉的法寶便是徹底歸了祭煉之人，再也生不出半點其它心思。
這大日玄凰界本就是寶有元靈境界，被方道明煉取本源靈禁，原先的五道元靈，有四道被打散，只剩下最初的一道，煉入本源靈禁咒法，另外被打散的四道元靈復又被方道明用玄天化寶訣祭煉，用於祭煉唯一的一道元靈，只花去一年時間，便將其靈禁祭煉到了六重之多，威力勝過之前三倍有餘。
此時的大日玄凰界，內在洞天已是廣大無比，東西、南北，足有十萬裡之遙，方道明依靠本源元靈化作的玄凰大日，佈下天地吞靈大陣，從外界源源不斷的吸收天地靈氣，爲洞天所用，又在九天之上佈下九天罡風與天罡雷府，衍化風雲雷電，利用從茫茫西海取回的五行息壤，輔以黃天厚土大*法，化爲孕育生靈萬物的蒼茫厚土，再用從南疆巫道大長老處得來的四顆羲皇之牙，化爲四座蒼茫大山，分佈四方，上撐蒼天，下鎮大地，最後又將從懸空山峰與上元真水挪了進去，化爲山川大河，丘陵湖泊。
只是這些是遠遠不夠的，一處洞天的最高境界，在於它能繁衍萬物，孕育生靈。於是所有的妖獸出身的長老、尊者皆被安排進入大日玄凰界，一邊修行，一邊做了苦力，開發適合生靈生存所在，這些長老、尊者亦從外界捉來許多飛禽走獸，甚至珍禽異獸，靈芝仙草，使得大日玄凰界漸漸孕育出了第一批生靈。至於方道明之前俘虜的妖怪，皆被安排在了一處山林之地，繼續祭煉本源禁咒道符。
一年之後，方道明終於可以暫時騰出手來，祭煉一下另外三件寶有元靈的法寶，道明元神劍、太乙遁甲符與天地烘爐，所幸這三件法寶皆是隻有一道元靈，並不需要多費功夫，只需將其元靈的本我意識抹去，再將本源靈禁之法煉入這道元靈即可。這三件法寶也是先後有別，道明元神劍最先，太乙遁甲符次之，天地烘爐最後，所以除了道明元神劍之外，其它兩件法寶卻只有一重靈禁咒法。至於其它幾件先天純陽出身的法寶，方道明卻不敢輕易而爲，免得出了差錯，折了品質，反而暴殄天物。
這日，三代弟子巫行雲來報，道明山下來了一羣意想不到的客人，雖然鶴雲子已是迎著，待礙於對方身份，她還是著巫行雲來稟報方道明。後者分出一道元神分身，化爲自家模樣，到了山腳，方纔明白，原來來者竟然是當今大禹朝虞親王等一行。
虞親王見了方道明，不敢有絲毫託大，搶先行了大禮，方纔接著說話。原來當日方道明大敗幽冥老祖，便突然不辭而別，惹得當今聖上意興瀾珊。後來生出一件私事，於是當今聖上便微服出訪，只帶了親信人等，來到道明山，想要拜見道明天尊。
方道明暗道難怪推算不得真相，原來是有天子之氣的干擾，於是細問之下，方知這其中究竟，原來真我教雖然折了現任教主，但上任教主突然出現，化解了燃眉之急。這位殘疾教主在皇權的支持下，開始大舉刪減真我教勢力，撤了各個州府的分教，釋放賠償遭受迫害之人，還以良田土地。一年之後，這真我教的實力反而不及了二十年前。這殘疾教主幹脆徹底解散了真我教，更與聖上述說，想來道明山學習道法，出世修行，不再理會凡塵俗世。當今聖上尊其爲帝師，自是不好過多阻攔，只好親自陪了，來到道明山，想爲自家師傅尋一落腳之地。只是出乎方道明預料的是，這一行想來道明山修行的，除了殘疾老人，尚有吳家吳承武，大將程藥近與他手下的五百親兵。吳承武天生愛好習武，也就罷了，至於這程藥近，則是先前在審判國師一案中，差點被冤枉受了牢獄之災，性命不保，經過此番曲折，已是有些醒悟，於是便生了出家修行的主意，至於其他親兵，他去哪裡，親兵們自然也去哪裡。
方道明也不多說，只是隨便應了，吩咐鶴雲子安排一干人等在道明山修行，成績突出的，方可作爲內室，升爲三代弟子。他也不去見什麼皇帝，對於皇帝想策封他爲道明天師，護國國師的聖旨也是不接，只是吩咐了鶴雲子待客，自己便是回山。
當今聖上雖然不爽其待客之道，何況這客人還是當今聖上，但也知道修道之人的脾氣，兼之來此之前，殘疾老者曾經三番四次強調其要放低姿態，要存敬畏之心，所以也就忍了，更何況接待他的鶴雲子乃是國色天香的修行仙子，無論從哪方面來說，當今聖上都還是滿意的。隨著大禹朝對方道明的策封，後者雖然不太在意，但其冥冥之中的祁願信仰之力，卻比之前強大了數倍。
當然，方道明也藉著此次機會，著鶴雲子向皇上提出了往道明山地界遷移人口的要求。當今聖上對道明天師亦有央求覺得倍兒有面子，於是大筆一揮，著各州各府抽掉人口，遷往道明山地界居住安家，前後耗時十年，總數近千萬之多。又著此地所屬的揚州府，不得干涉道明宗之事，更是免了這道明山地界的各種賦稅，再由朝廷每年化撥百萬兩白銀與道明宗，支持道明宗地界的建設發展。
方道明這纔有些反應，與了皇帝幾道避邪符與幾味延年益壽的靈藥，又傳了其一些修身養性之法，便是了事。不過這些舉動已足夠皇帝知足。此行不外乎兩件事而已，一件是爲自家殘疾師傅安排一處落腳之地，另外一件嘛，作爲一國之君，總是有著萬歲萬歲萬萬歲的慾望，而方道明的這幾件贈與，恰恰滿足了其私慾。
雙方各有收穫，於是心滿意足的各回各家，各幹各事。道明宗先前招收弟子，條件頗爲苛刻，所以單數量而言，並不算多，只是經此一事，弟子人數陡然近乎翻倍，倒有些門楣壯大，香火興旺的意思。只是方道明對這些外室弟子並不在意，你是一心修道也好，你是打醬油也罷，且看你修行成果再說，也只有那些天賦、心性具佳的弟子，方纔可能晉升爲內室弟子，得以傳授道明天書上的道明三千法。這些新來弟子當中，原先真我教教主任正行早已修成元神，被方道明直接化爲內室弟子，授予真傳，只是其原先一身道法皆被捨棄，從頭修煉鴻蒙仙訣。至於其他人等，也就程藥近與吳承武被看好一些。
五年之後，前去轉世投胎的普賢和尚與雲舟道人亦被引入山門，做了道明宗弟子，開始了重修之旅。十年之後，韓清慧、應忘塵與孫悟行等三人相繼歸來，與大日玄凰界的修行洞天中參悟玄機，很少理會教中事務，只是林婉約沒了消息。因爲之前得了皇龍經，帝雲子與凌雲子在洞天內的修行進步頗快，距離金丹六轉的五爪真龍境界只有一步之遙。而鶴雲子從方道明處得的好處最多，這十年期間，終於脫胎換骨，修成了火鳳獸身，更是藉此契機，搶先一步修成金丹六轉的境界，一身真火道法，渾雄之極。至於方道明自己，卻是道行一直無法提升，仍在參悟元神無相的修煉之道，多在祭煉法寶。