卻說九黎部落蚩尤見到聖人大戰，確認了聖人之間實力相當又矛盾重重後，終於放下心來，致力於在兩大勢力之間尋找平衡，謀求巫族的發展。
蚩尤以爲只要將人族擊敗，又有太上老君等聖人支持，巫族就可重新成爲天地主角。但蚩尤終究不知天數，人族爲天道所選，就是聖人亦無法更改，而巫族大興就觸及到聖人乃至天道的底線，因此必定失敗。
此時蚩尤並不知道這些，他正滿懷信心地準備著，並將祖巫大陣和各種祖巫神通妙法傳授下去。
九黎部落掀起了修煉狂潮。炎黃部落和崑崙山亦不甘落後，整個洪荒開始了瘋狂的軍備競賽。一時間，洪荒平靜一片，但任何人都知道這不過是大戰前的序幕而已。
三年後，蚩尤率先打破了這僵持的格局，率領著億萬族人開赴炎黃部落。
蚩尤深明謀略，知曉軒轅一方大神通者衆多，而此刻還處於兩方交戰初期，蚩尤又不願將祖巫大陣早早亮出，當下蚩尤便只派普通戰士進攻。
在一年裡，九黎部落大軍專門訓練了戰陣之術，軒轅大軍的陣法優勢不再，於是，蚩尤大軍氣勢如虹，殺得軒轅大軍連連敗退。
人教衆弟子很是無奈，他們雖然修爲高強，但凡人之爭，他們卻無法插手。畢竟修道之人最忌殺害普通百姓，何況如今人族爲天地主角，任何人大肆殺害凡人，都將惹下巨大的業力，日後因果循環，必定不得好死，何況他們爲人教弟子，豈能向凡人出手。蚩尤亦是看出了此點，才只派普通戰士，這樣大神通者就無計可施。
蚩尤佔了先手，但軒轅心性堅韌，很快就反應過來，立馬派遣大軍前去。
軒轅還沒鬆口氣，後院就起火了，原來崑崙山榆罔看準時機，率領大軍出山，開始洪荒人族爭霸的征程。
榆罔乃是太上老君和原始天尊選中的人，豈會是泛泛之輩。榆罔打著五聖的招牌，到處征伐，五聖雖然不如通天影響力大，但其中的聖母女媧娘娘在人族中仍有相當大的號召力，因此大軍所過之處，人族紛紛來頭，因此榆罔很快就嶄露頭角。
當然也有一些部落不肯歸順，但崑崙山人族一部在道闡兩教的全力培養下，實力強盛無比，這些部落硬抗崑崙山人族就如蚍蜉撼樹，螳臂當車，結局不言而喻。
這樣，榆罔大軍所向披靡，如滾雪球般越來越大。
榆罔採取了閃電般的攻勢，在短短三天裡就打下了幾百個人族部落，大軍直*炎黃部落。
兩軍夾擊，在這巨大的壓力下，炎黃部落終於向世人展現出人族第一大部落的強橫實力。
炎黃部落大軍兵分二路，軒轅親自前往督戰，對抗蚩尤。而另一路則由九天玄女率領。
軒轅的到來，使得炎黃部落大軍氣勢大漲。軒轅運籌帷幄，指揮大軍和蚩尤大軍激戰幾場，明瞭蚩尤的作戰特點後，雙方的差距漸漸縮小，終於將蚩尤大軍成功地阻擋在涿鹿平原上。
而九天玄女精通兵法謀略，在天*統領過千萬將士，經驗豐富，又經常和軒轅等人族兵法大師研究戰術，對人族戰爭亦是得心應手。
九天玄女率軍駐紮在阪泉之野，掐住榆罔大軍南下的咽喉要道。
兩軍很快相遇，九天玄女卻採取防禦的態勢，並不主動出擊，榆罔大軍掀起幾次攻擊。面對著瘋狂的攻勢，九天玄女指揮若定，牢牢將榆罔大軍擋住。
蓬萊島，通天自然關注著三方大戰。通天看著九天玄女採取穩妥的防禦戰略，不禁點點頭。炎黃部落雖然爲人族第一大部落，積累了無數的精兵，但要同時兩面開戰，還是有些捉襟見肘。而且九天玄女畢竟是天庭中人，沒有軒轅那樣的威信，鎮壓不住衆多人族將士，若主動進攻，定擋不住榆罔親自坐鎮的崑崙山大軍。
九天玄女採取守勢，讓榆罔無處下手，雙方很快就陷入了持久戰。
這九天玄女的策略乃是衆多人族將領共同商議決定的，由九天玄女將榆罔大軍擋住，而軒轅則集中兵力一舉將九黎部落擊潰。如今九天玄女不負衆望，軒轅那邊很快就行動起來。
軒轅指揮大軍，開始主動進攻。巫族乃是天地間戰鬥欲最強的種族，何況如今九黎部落實力強盛，處於上風，軒轅一挑撥，蚩尤便帶領大軍迎戰。
雙方在普通戰士上實力相當，因此兩軍對壘涿鹿平原，在一年裡，大大小小的戰役打了一百多場，死傷慘重，卻是誰也沒有後退半步，仍是個不勝不敗之局。
漸漸的，雙方的大巫和修士也交手了，亦各有損傷，由於準聖皆沒有上場，因此蚩尤的祖巫大陣尚未現世。
這時，九天玄女突然告急，原來榆罔被阻止在阪泉之野一年，無奈之下，回山請教太上老君和原始天尊，二聖當然知道軒轅打算，當下將所有弟子一起派出去。榆罔一方實力大進，突然發動進攻，九天玄女一方猝不及防，節節敗退。
由於人皇出現變數後，整個天機就變得無比混亂，而太上老君和原始天尊又聯手矇蔽天機，即使通天修爲高深，爲衆聖之首，亦掐算不出，何況九天玄女區區一準聖。
玄木四人坐鎮炎黃部落，居中統籌，九天玄女吃緊，玄木立馬派人教弟子前往相助。玄木等人不出手，卻是通天吩咐的，一是讓三四代弟子練兵，二是通天不想讓其他聖人知曉人教的真正實力，想給他們一個驚喜。
但人教弟子大部分跟隨軒轅征戰巫族，幾個弟子前去阪泉之野無異於杯水車薪。形勢緊急，於是軒轅秘密調集五千萬兵馬，向蚩尤下了戰書，準備畢其功於一役，然後揮軍北上，擊敗榆罔，一統洪荒，成就那前無古人的壯舉。
蚩尤收到戰書後，知曉決戰的時刻到了，不禁熱血沸騰。想當年我巫族何等興旺，橫行洪荒，就是聖人也要擇道而走，而如今卻如此凋零。
我爲巫族祖巫自當再現巫族雄風，我巫族數萬年的心願，終於將實現了。
蚩尤此次更加謹慎，畢竟巫族能否捲土重來，就在此一舉。蚩尤謀算良久，又調集兩千萬兵馬，盡起巫族有生力量。
兩人都通告全軍，準備著最後一戰。