終于有一天，和他們相依為命的小狗死了，而后他們開始追尋木葉三忍。準(zhǔn)備好能夠長期攜帶的食物，將黃狗安葬后，三個孩子背著包裹，踏上了漫長的拜師之旅。在出發(fā)之前，彌彥把那些偷來的但又無法帶走的食物，還給了那些被偷的村民。
可是，追尋木葉三忍絕不是簡單的事情，這對三個孩子來說，就是不斷地深入戰(zhàn)場，不停地彷徨迷惘。有一次彌彥不知道從哪里找來了防毒面具，三個孩子戴著防毒面具，冒險進(jìn)入了有毒的霧區(qū)。彌彥的謹(jǐn)慎小心，避過了陷阱，救了他們多次。雖然沒有找到三忍，但彌彥撿回來一把苦無，拿在手里耍帥。
看到長門和小南有些消沉，彌彥不斷地鼓舞，終于讓二人露出笑容。如果沒有彌彥，長門和小南恐怕早就放棄了。然而忍者是不會輕易留下自己的行動痕跡的，木葉三忍更加是難以找到。可是彌彥沒有放棄，在他的堅持下，三個孩子更加地深入戰(zhàn)場了。
彌彥認(rèn)為，越是戰(zhàn)斗激烈的戰(zhàn)場，三忍活躍的可能性越高。有一次，三人經(jīng)過峽谷，冒險攀上了一個高崖。彌彥把小南拉上來后，遠(yuǎn)處的爆炸聲漸漸停息了，彌彥警覺這里的情況不對勁。彌漫天空的苦無、手里劍、起爆符像下雨一樣落下來，三個孩子不湊巧地處在了戰(zhàn)場的中心。
危急關(guān)頭，長門打開了輪回眼，形成了一個斥力防護(hù)罩，擋住了所有的攻擊。但是三人腳下的高崖卻被起爆符炸毀了，三人向下墜落，掉入了峽谷的河流中。幸好三人出身雨之國，都熟悉水性，總算撿了條小命。命運之神開了個玩笑，彌彥三人掙扎上岸后，剛巧遇上了從這里經(jīng)過的木葉三忍。他們終于找到了自來也，那位來自妙木山的蛤蟆仙人。
看見木葉三忍在那里休息，彌彥壯著膽子走過去，與自來也等人談話。但是長門無法接受木葉忍者，原因是父母之死。在大雨中，三忍即將離去，彌彥提出了想要學(xué)習(xí)忍術(shù)，小南把紙花遞給綱手。大蛇丸心性陰冷，“殺掉這些小鬼吧！我看過太多的戰(zhàn)爭孤兒，都非常凄慘……干脆在這里殺掉他們，也是為了這些孩子，對他們來說也是一種幸福……”
這種離譜的提議，自然被自來也和綱手否決。自來也讓大蛇丸和綱手先回去，“我留下來暫時照顧一下這些孩子，起碼等到他們能夠自立為止。權(quán)當(dāng)作對這個飽受戰(zhàn)火國家的補償。”
歷盡艱辛長門、小南和彌彥終于和自來也相遇了，自來也決定留下來照顧他們。長門對木葉忍者芥蒂很深，但自來也給人的感覺與眾不同。這樣就開始了師徒4人的生活。
不久之后發(fā)生了一件事情。巖忍的余黨來襲擊了彌彥和長門，在彌彥即將被殺掉的瞬間，長門用輪回眼的力量殺掉了那個巖忍，而且是無意識的。隨后，自來也和小南趕到這里，自來也發(fā)現(xiàn)長門有一種特殊的力量，那就是名為輪回眼的瞳術(shù)。這件事之后，本來一直疏于教導(dǎo)他們?nèi)陶咝扌械淖詠硪玻_始認(rèn)真?zhèn)魇谌巳绦g(shù)。
雖然自來也說那是為了防身的忍術(shù)，但對長門來說，那是為了能讓他控制輪回眼的力量。但長門害怕這種力量，仇恨在讓力量失控。長門認(rèn)為自己做錯了事情，罪惡感一直責(zé)備著他。但是自來也從低谷中拯救了他，告訴他力量也許會傷害人，但也能拯救別人，彌彥就因此逃過一劫。“你保護(hù)了朋友，你做的應(yīng)該是正確的事情。誰也沒有權(quán)利來責(zé)備你……”等長門回過神來，他發(fā)現(xiàn)自己已經(jīng)在不知不覺中認(rèn)同了自來也老師。
自來也說，“受到傷害會記住仇恨，傷害了別人會遭到憎恨……但是當(dāng)體會了這種痛楚之后，才能真正地善待他人。人們是在體會痛楚之后，才會成長的。成長之后要怎么做，這就要自己去考慮了。體會痛楚，不斷地思考，得出怎樣的答案……”自來也仿佛也是說給自己聽一樣，這樣教導(dǎo)長門，但是他自己也沒有找出答案。長門道，“就如同你現(xiàn)在一樣，鳴人。”
當(dāng)時長門覺得自己找到了答案，“我只要保護(hù)兩個人，不管會伴隨著怎樣的痛苦。”自來也告訴長門，“這個忍者的世界充滿了仇恨，戰(zhàn)爭和憎恨到處蔓延……我在想著如何消除它……和平究竟是什么，我想找到這個答案。”這之后過了3年，通過修行，3個孩子變成了少年，身心都有所成長。只是自來也的話一直留在長門心中翻滾，久久難以釋懷。
自來也把這個答案寄托在了長門的輪回眼上，“很久以前，人們經(jīng)常爭斗，戰(zhàn)爭不斷，是比現(xiàn)在更加慘烈的時代。那個時代出現(xiàn)了一個僧侶，首次闡明了查克拉的真理，想將世界引向和平。傳說他走遍世界，傳播忍術(shù)絕學(xué)，宣傳自己的教義。忍術(shù)并非只包括武力，同時也是將人們引向和平的教誨。這位僧人就是六道仙人，是被冠以世界救世主的圣人，而他擁有的正是輪回眼。【我乃維護(hù)安寧秩序之人】，這是六道仙人的格言。他堅信人們能夠真正相互理解的世界，終將到來。”
自來也認(rèn)為長門可能就是這位仙人的轉(zhuǎn)世，輪回眼寄托著仙人的心愿。三年后，自來也將和平的信念托付給了長門后離開了。
把和平的希望寄托給了長門和彌彥，自來也就離開了他們。彌彥不負(fù)眾望，成為了大家的首領(lǐng)，不久將其發(fā)展壯大，并當(dāng)上了這個龐大的組織的領(lǐng)袖，不依賴權(quán)利和武力去創(chuàng)造和平的想法很快得到了大家的支持，許多忍者加入了進(jìn)去。這個組織就叫做曉，很快就名聲大振，大家都贊同構(gòu)建一個不靠極端武力維持的和平世界。
但是，當(dāng)時依然處于第二次忍界大戰(zhàn)期間，巖隱、木葉、砂隱三大忍村還在交戰(zhàn)中。雨隱的首領(lǐng)半藏，聽聞了這個組織，故意接近了彌彥等人。因為半藏已經(jīng)無法忽視彌彥等人的存在了。半藏提出以曉作為主體，向三大國提出和平交涉的提案。
為了達(dá)成這個和平協(xié)議，彌彥等人同意了半藏的建議，答應(yīng)協(xié)助半藏實現(xiàn)雨之國的和平。但這一切不過是禍端的開始，彌彥等人在政治上還很幼稚。一切都是半藏的圈套和陷阱，他擔(dān)心雨隱的主導(dǎo)權(quán)被彌彥奪走，為此處心積慮地要除去彌彥。
果然，在約好交涉的地點，包括木葉的暗部在內(nèi)，半藏率精銳部下埋伏在那里。半藏和木葉暗部的首領(lǐng)團藏勾結(jié)，想要將曉全部抹殺。團藏為了爭奪火影的寶座，答應(yīng)協(xié)助半藏。半藏為了維護(hù)雨隱的統(tǒng)治，勾結(jié)了團藏。在長門眼里，這兩個藏，就是狼狽為奸沆瀣一氣。
半藏出其不意地抓住了小南，說出了自己的真實目的，以小南的性命為要挾，逼彌彥自殺。半藏擲下苦無，讓長門用這把苦無殺死彌彥，“這樣的話，我就放你和這個女人逃走。”小南大驚，“住手啊，長門。別管我，你們兩個快掉逃走，回頭再給我報仇！”
彌彥見情況危急，命令長門用苦無殺死自己，以便救出小南。看到長門猶豫不決，彌彥抓住長門的手臂，把苦無刺入自己的身體，自盡而亡。臨終前，彌彥囑咐長門，“你和小南要一起好好活下去！你也許真的是這個世界的救世主……一定可以的……”
彌彥就此死去，小南悲痛欲絕，長門陷入了痛苦中。半藏見目的達(dá)到，曉已經(jīng)群龍無首，下達(dá)了總攻擊的命令，“殺！”頃刻間，曉的成員傷亡慘重，長門用神羅天征彈開了雨忍的攻擊，趁機接近了半藏，救出了小南。
然而，半藏已經(jīng)在小南的所在位置，布置了大量的起爆符，長門中了陷阱，被起爆符纏住了雙腿。爆炸中，長門的雙腿被炸成重傷，從此不良于行。半藏沖過來，以火遁攻擊，長門用餓鬼道的技能吸收了這個忍術(shù)。看到長門的眼睛，半藏大吃一驚，“真不賴啊，小子！竟然能夠吸收我的火遁忍術(shù)，并且逃出了起爆符陷阱！”長門道，“小南，抱住彌彥，靜靜地躺著……”
木葉的暗部和雨忍們一擁而上，長門發(fā)動通靈術(shù)，召喚來外道魔像，地獄的冥王，把那些敵人殺得落花流水。半藏也是第一次看到這樣的通靈獸，大為震驚。召喚完之后長門背部就被插上了黑色鐵棒，而且身體變得骨瘦如柴。
長門以此控制外道魔像，從冥王嘴里放出了一條查克拉巨龍，大肆屠殺雨忍和木葉暗部。半藏很快發(fā)現(xiàn)，只要人接觸那個查克拉巨龍，靈魂就會被吸走。部下們傷亡殆盡，半藏這才意識到曉的真正核心戰(zhàn)力是長門，而不是首領(lǐng)彌彥。真正讓半藏震驚的是長門的輪回眼。
長門控制巨龍，直接攻襲半藏。半藏發(fā)動了瞬身之術(shù)，險險逃過了一劫，所在位置被查克拉巨龍鑿穿大坑。
雨隱的首領(lǐng)卻利用卑鄙的手段殺害了彌彥。彌彥死去之后，長門就代替彌彥，成為了曉的首領(lǐng)。為了他們的目標(biāo)，組織的成員接二連三的死去了。長門認(rèn)為只要人存在，憎恨是不會消除的，自來也的想法根本就不切實際。
明明有所成長，可是跟之前沒有任何變化。盡管擁有強大的忍術(shù)，可依舊不能保護(hù)同伴。同伴的死去，不管是身體上還是心理上都對長門造成很大的傷害，“我錯了，我注意到我得出的答案，簡直狗屁不如。彌彥是我的救命恩人，也是我的夢想，想要拼上性命守護(hù)的無可替代的朋友。彌彥的死，就是我第二個最大的痛楚。”失去雙親和摯友，痛苦充滿了長門的心胸，化身為佩恩的人生從此開始了。
長門接替了彌彥成為曉的首領(lǐng)，之后又有許多同伴在戰(zhàn)斗中死去。長門語氣偏激，“很多很多，不斷有人死去……沉溺于和平幻覺之中，你們的火之國民眾都是些虛偽的和平主義者。給予木葉村每筆的委托金，都成為了戰(zhàn)爭資金。火之國的民眾明知助長了不少戰(zhàn)爭的事實，卻口口聲聲地說著偽善的和平。你們大國的和平，不過是建立在我們小國犧牲基礎(chǔ)上的。你們的和平是對我們的暴力！人只要活著，就會在不經(jīng)意之間傷害他人。只要人類還存在，仇恨也將與之共存。在這詛咒的世界里，根本不存在真正的和平！自來也老師所說的話，全部都是不切實際的。”
————分割線——————————
木葉，奈良鹿久、山中亥一、秋道丁座三人在一起聚餐，亥一道，“說起來，我們?nèi)诉@樣齊聚一堂，也是很久之前的事情了吧！”丁座不停地往嘴里塞飯，“說起來就是啊！”鹿久道，“大蛇丸的木葉崩潰計劃之后，這還是第一次啊！”亥一有些感懷，“并稱為豬鹿蝶，被其他國家畏懼，也是過去的事情了。”丁座晃動手里的空碗，“我們還沒退役呢！”鹿久道，“好久沒做了，試試那個吧！”丁座說好，鹿久大喊，“那就開始吧！”三人擺出姿勢，“無敵陣型，豬鹿蝶！”“太帥了！”“是啊，不管多大年紀(jì)，同伴都是好東西啊！”井野從窗戶外看到，嘲諷三人，“真是的，都一把年紀(jì)了，還在那里賣萌！”
三人重新坐下來，鹿久疑惑，“說起來，我們今天好像還約了別人吧！昨天久違的見了面……”亥一也道，“對啊，想偶爾也一起吃一頓飯……”丁座道，“是誰來著？想不起來了……”油女志微就坐在隔壁，“喂喂，居然會忘記同伴，這可是老年癡呆癥的征兆啊！”服務(wù)生過來，“客人，請問你要點什么呢？”志微語氣不怒自威，“我應(yīng)該在2個小時之前就已經(jīng)點過了。”老板擦汗，急忙跑過來道歉，然后帶著服務(wù)生跑開，去查看這個客人到底點了什么。油女志乃親眼看到了這一幕，“原來我的不引人注意，是遺傳啊！”