團藏這番鬼話，卡卡西當然不信，“可是……”團藏道，“況且九尾來襲那晚上，因為三代目的命令，你們沒能加入對抗九尾的戰斗。四代目不是因為這個丟了性命嗎？我不希望這是他為自己重登火影之位設的計謀。木葉村的未來不能交給他這種人！”說完這些話，團藏就離去了。找上卡卡西的團藏卻把一切都歸罪于三代。
火影辦公室，三代火影把暗部忍者都叫來了，“我要從暗部當中挑選些精英擔任護衛，前往火之國的大名府。”暗部忍者們一起哈依，猿飛指了指旁邊的卷軸，“這就是計劃書。”
當天夜里，卡卡西潛入了根部的地下基地。根部忍者甲發動了木遁忍術，木頭纏向飛躍下來的卡卡西。卡卡西吃了一驚，瞬身避開了木遁襲擊。根部忍者甲就是日后的大和隊長，此時他還是個少年，代號為甲。大和結印，“木遁，大樹林之術！”大和伸出手臂，鉆出無數的樹木襲向卡卡西。卡卡西結印，“千鳥！”雷切閃爍，反擊向大和。團藏及時出現，喝止了二人，“住手！”
大和急忙解除了木遁忍術，卡卡西也散去手中的千鳥。團藏道，“這個人是我叫來的，甲。”大和哈依道歉。團藏對卡卡西的棄明投暗非常高興，“很高興你能來。”卡卡西把猿飛那里拿來的計劃書交給了團藏過目。卡卡西為團藏帶去了保護大名任務的計劃書，團藏看完后，欣喜若狂，“這一天終于來了，干得好，卡卡西！”卡卡西的面具下，紅色的寫輪眼閃爍著光芒。
凌晨，卡卡西再次從誤殺琳的惡夢中驚醒，對三代火影的行為也產生了懷疑，卡卡西還沒有意識到這是受到了團藏的誤導。團藏對三代的誹謗讓卡卡西陷入了疑慮，而現在的他還沒有從琳的死中恢復過來。
洗漱完后，卡卡西來到街上。剛巧，阿凱在旁邊的團子店吃丸子。跟以前一樣，卡卡西目中無人地從旁邊走過去，讓本來想跟他打招呼的阿凱大為喪氣，“又變得不理人了！”想起那晚深入根部遇到的奇怪少年，卡卡西非常好奇，“他竟然能使用木遁……從火影那里應該能找到線索。”
晚上，卡卡西潛入了火影居旁邊的圖書室，找到了《初代柱間全集》系列書籍。卡卡西的行動并沒有瞞過還在工作的三代火影猿飛。卡卡西嘴里叼著手電筒，開始翻閱那些書籍。書中記載，初代火影柱間是森之千手一族的族長，自尸山血海中平定亂世的男人。當年唯一能有資格成為他對手的人，就是精通火遁忍術的宇智波斑。后來兩人化敵為友一起創立了木葉。而柱間則是唯一能自由操縱木遁的人。
卡卡西有些疑惑，他不明白為何根部的那個少年忍者也能使用木遁。卡卡西繼續進行翻越，在下面發現了一份機密文件。但是文件袋里的東西是空的，卡卡西有些納悶。三代火影走進來，把文件扔給卡卡西，“你想找的是這個嗎？”卡卡西吃驚，“教授！”卡卡西急忙俯身行禮，猿飛道，“沒關系，我允許你看。”卡卡西哈依，翻看文件。猿飛進行了解說，曾經的初代火影柱間，在與宇智波斑的激戰中使用木遁忍術，并制服了九尾。
猿飛道，“但是在他之后，就沒有人繼承木遁之術。想制服尾獸，寫輪眼與木遁必不可少。即便在木葉村，也曾經傾盡全村之力，為復活初代木遁之術做研究。然而，自愿成為實驗體的成年人身上，進行柱間細胞移植的實驗，卻悉數失敗，徒增了不少犧牲。因為柱間的細胞排斥反應特別厲害，失敗的人身體里直接長出了樹木……于是非常遺憾，這番嘗試被作為禁術，封印起來。不過近幾年，村中的中下忍甚至暗部，陸續有人下落不明。更嚴重的是，木葉周邊的村落，還接連發生數起綁架嬰兒的案件。”
其實猿飛說的這些事件，都是臭名昭著的團藏與大蛇丸兩人的杰作。能夠確認的失蹤者數量多達60名。卡卡西問起原因，猿飛道，“雖然說只是傳言，聽說有人仍然在繼續已被封禁的柱間細胞移植的實驗。”卡卡西道，“為什么要這么做呢？”猿飛嘆氣，“或許有人想要收集各種忍術吧！即便是我有時也會覺得，如果有木遁忍者在該多好啊！因為那樣一來，就不會白白犧牲四代的性命了。”猿飛這個說法與團藏完全不同，讓卡卡西更加迷惑起來。
猿飛笑道，“當然了，這些不過是傳言。”卡卡西道，“如果……真的存在移植了柱間細胞的嬰兒……”猿飛擺手，“給嬰兒移植細胞的行為是被禁止的。況且即便真有人這么做了，成功的可能性也非常低。”猿飛轉身準備離開，“不過，萬一，我說是萬一……最初被綁架的嬰兒活到現在，應該有十歲了吧！”卡卡西道，“十歲嗎？”
根中會使用木遁的忍者讓卡卡西非常在意，在三代提供的資料里卡卡西得知那是植入了一代火影柱間細胞的忍者。
根部基地，團藏召集了所有部下，“明晨寅時，三代火影將配備5名直屬暗部作為護衛，向大名府出發。他的目的是在四代目逝世后，重新繼任火影。如果他成功上位，木葉村就會再次被一個膽小怕事優柔寡斷的領導者掌控。為了村子，絕不能讓這一局面形成。你們的任務，便是在途中迅速結果第三代的性命。唯獨一點必須注意，不能讓別人知道是誰干的。必須讓人們以為是流浪忍者下的手！”根部忍者一起答應。
第二天早上，5名直屬暗部護衛三代火影踏上前往大名府的路程。當三代火影等人進入樹林路途時，根部頭目發動了指示。假扮成流浪忍者的根部成員，從空中駕駛滑翔翼俯沖而下，襲擊三代火影。暗部護衛與根部成員進行了激戰，手里劍和苦無在空中激蕩。那5名直屬暗部都是高手中高手，以5人之力擋住了幾十個根部成員的攻擊。只有根部甲成功地接近了三代火影。這個根部甲就是日后的大和，大和結印，發動木遁之術，木條拔地沖出，刺穿了三代火影。
三代火影變成了木柱，是替身術。大和吃驚，抬頭看去，果然三代火影站在上面的大樹上。然后砰地一聲，解除了變身術，三代火影竟然是卡卡西變身而成的。大和再次結印，“木遁，大樹林之術！”卡卡西打開了寫輪眼，看清了大和木遁的攻擊軌跡，“千鳥！”卡卡西避開了木遁襲擊，沿著木頭殺了下來，雷切切斷了大樹林的木遁，大和被擊飛出去。
年輕的大和經驗不足，輕易被卡卡西擊敗了。卡卡西問道，“你是怎么學會木遁之術的？當然，我知道你不會老實交代的。”卡卡西放過了大和，“你走吧！總有一天，木葉會需要你的忍術。”大和落荒而逃。其他幾名暗部返回來，與卡卡西匯合，“他們的目標果然是三代火影，將我們從三代身邊引開才是他們的目的。”女暗部道，“他們已經撤了。”另一個暗部道，“咱們的人都沒事吧？”女暗部道，“是的。”
暗部隊長問起敵人的身份，女暗部道，“不知道，還沒摸清他們的真實身份。”其實大家都隱約猜到了敵人是哪些人。暗部隊長道，“算了，反正剩下的事情三代目會處理好的。”
火影辦公室，團藏坐在火影的位置上，志得意滿。正當團藏充滿了幻想時，猿飛日斬走了進來，“不好意思，我還不能把那個座位讓給其他人。”團藏手忙腳亂地站起來，猿飛道，“你好像很驚詫我為什么還活著。”團藏頭上冒汗，“哪里，因為我聽說你今早去大名府了。”猿飛道，“有個人背叛……不對，幡然醒悟，向我透露了去大名府的路上有人行刺的消息。”團藏馬上知道是卡卡西背叛了。
猿飛道，“幕后主使是誰一查就知道。如此一來，那人就會被治死罪，這點毋庸置疑。”團藏無話可說，其實即便卡卡西沒說，憑根部那些忍者也不可能殺死雄風依舊的三代火影。猿飛道，“但是我的主義不允許我傷害更多的人，要是見到他，我想對他說，這次事件我一概不追究了，看在剛殉職的金宇上忍以及過世的二代火影的情分上。”團藏羞愧萬分，他是金宇的師父，也是二代火影的弟子，加上同門的情誼，猿飛決定饒他這一次。
團藏因逃過一劫暗自慶幸。猿飛警告，“但相對的希望他今后能為木葉村盡心盡力！”團藏開口，“你還是堅持和平主義啊！你的天真總有一天會毀滅你自己，日斬！”猿飛道，“可能吧！”團藏向外走去，“從來都是這樣，你是光，我是暗。”猿飛道，“有光的地方必定有黑暗。然而缺了哪一方，世界都無法維持正常運行。”
晚上，卡卡西面見三代火影，“我沒資格留在暗部。”猿飛叼著煙斗，“為什么？因為你，我才撿回一條性命。”卡卡西羞愧，“即便沒有我的通風報信，以教授你的實力……況且，我畢竟起過背叛的念頭。”三代火影望著月色，“我沒能保護好你父親……還有四代目。你恨我也在所難免。事實上，水門生前曾經找我談過，他安排你進暗部，是希望你能忘記心里的傷痛。”
當時，四代火影也擔心這樣的做法，會撕裂卡卡西的舊傷口，有些迷茫。三代火影道，“沒人能治愈心傷，只有時間能讓他淡忘。”水門贊同。隨后，三代火影提出了一個辦法，讓卡卡西去做懷孕的玖辛奈的保鏢，“遠離暗部的任務，觀察人類孕育新生命的過程，或許能使他有所觸動。”水門高興地同意了。
卡卡西淚流滿面，猿飛道，“水門逝世后，我也想過是否將你從暗部解放。但現在看來，我仍然需要你的力量。能作為火影的直屬暗部，再為我工作一段時間嗎？”卡卡西答應了。猿飛道，“但愿水門也能允許我這樣做。”卡卡西道，“三代大人，我覺得有件事一定要告訴你。在根部，有個木遁忍者。”猿飛并不吃驚，“果然如此！大致情況我已經有頭緒了，這件事能交給我處理嗎？”卡卡西急忙說不敢。
因為卡卡西的緣故團藏暗殺三代的計劃完全落空，與三代的談話解除了卡卡西的心結。現在的他決定繼續作為暗部來輔佐三代，但卡卡西內心的創傷不知何時才能痊愈。
大名府，對猿飛日斬再次出任火影，大名表示了贊成，“你既有智慧，又有經驗，這下我就放心了。”這次出席會議的是猿飛、小春、門炎、鹿久與暗部班長。大名陰陽怪氣地說了半天廢話，搖著折扇張望了一會兒，“今天，那個人……眼神犀利表情兇惡的男人沒有來啊？”猿飛道，“你指的是團藏吧？”大名道，“對對，就是那個獨眼男人。”猿飛道，“他有急事，只好缺席了。”大名松了口氣，“這樣才好，我還真有點怕他。”
木葉附近的一個秘密基地，團藏與大蛇丸密會。大蛇丸還在進行實驗，團藏道，“我們之間最近不便直接聯系。”大蛇丸道，“發生什么事情了？”團藏道，“卡卡西背叛了，他可能將我們的事情告知了猿飛日斬。”其實卡卡西對他們兩個人之間的勾當根本不知情，團藏是做賊心虛了。大蛇丸冷冷道，“這可不妙啊！或許這里的秘密會很快地暴露。按三代目的本事，我們瞞不了他多久。不，說不定他已經察覺到了。”