11月13日，袁世凱率領(lǐng)著衛(wèi)隊(duì)返回北京，正式擔(dān)任內(nèi)閣總理大臣，並開始組建內(nèi)閣。並安排馮國璋接替禁衛(wèi)軍總統(tǒng)，然後把禁衛(wèi)軍以準(zhǔn)備出征的名義，調(diào)出了北京城，從而牢牢的把北京城控制在自己手裡。
不過這時(shí)全國已經(jīng)有18個(gè)省都發(fā)生了武裝起義，其中湖北、湖南、陝西、江西、雲(yún)南、江蘇、貴州、浙江、安徽、廣西、福建、廣東、四川共十三個(gè)省宣佈了獨(dú)立。只有直隸、河南、甘肅、山東、山西5個(gè)省控制在袁世凱手中。
12月2日，革命軍攻克南京，至此，長江以南全部被革命軍控制，而且原本打算進(jìn)攻武昌的清朝海軍也宣佈反正，艦隊(duì)統(tǒng)帥薩鎮(zhèn)冰稱病赴上海，艦隊(duì)由黃鐘瑛率領(lǐng)，開赴武昌救援。
1912年1月1日，從歐洲趕回國內(nèi)的孫中山正式在南京宣佈擔(dān)任中華民國臨時(shí)大總統(tǒng)，而就在第二天，清軍將領(lǐng)薑桂題、馮國璋、張勳、張懷芝、曹錕、王佔(zhàn)元、陳光遠(yuǎn)、李純、王懷慶、張作霖的十五人致電內(nèi)閣，誓死反對共和，並要求清廷各勳貴大臣們把存在外國銀行中的存款提回國內(nèi)，充當(dāng)軍餉，和南方革命軍開戰(zhàn)。
而就在這時(shí)，駐紮在漢口的北洋軍隊(duì)，卻退回了孝感，不再向南進(jìn)攻。就在南北雙方打算坐下來談判的時(shí)候，一顆炸彈卻差點(diǎn)要了袁世凱的老命，不過老袁真是命大，十多名衛(wèi)隊(duì)包括衛(wèi)隊(duì)長都被炸死，而袁世凱基本連輕傷都沒受。
長江以北的北洋政府很混亂，有的人支持共和，有的人反對共和，還有人希望皇族重新掌權(quán)。而長江以南的革命政府也不消停，眼看著革命取得了成功，而且建立了新的政權(quán)，那些在革命中出過力的革命先驅(qū)和元老們，內(nèi)心就開始不平靜起來，以前的各種理想、抱負(fù)都化成了對權(quán)利的無限渴望。於是，這些革命元老們就開始各自打起了自己的小算盤，各種爭權(quán)奪利的鬥爭此起彼伏，就連光復(fù)會的創(chuàng)建者陶成章，也被人在醫(yī)院中刺殺身亡。
雖然民國政府佔(zhàn)領(lǐng)這南方的十多個(gè)省，看起來比北洋政府的5個(gè)省要大，不過實(shí)際上民國政府對這些省的控制力非常弱，這些省份一分錢都不給南京的民國政府，而北伐的軍隊(duì)軍餉，這些省份也是分文不出。
雲(yún)集在南京的北伐軍隊(duì)，基本是由各省的軍隊(duì)拼湊起來的，這些軍隊(duì)有些是原來的清朝駐軍，有些是後來發(fā)展的革命武裝，但是不管是原來的清軍還是後來的武裝，在軍事素質(zhì)和武器裝備上，都比不上北洋軍，南京政府中稍微有點(diǎn)眼光的人，就能看出來，這樣的軍隊(duì)無法和袁世凱的北洋軍抗衡，所以，他們從袁世凱一出山，就開始和他接觸，從開始的策反到後來的議和，都是革命黨人在努力避免和袁世凱正面交鋒，所以，這次刺殺是南京政府非常不願(yuàn)意看到的，因爲(wèi)袁世凱一旦出事，羣龍無首的北洋軍很可能爲(wèi)了報(bào)仇和倒向清廷，如果那樣的話，最後倒黴的還是南京政府。
但是雖然南方的革命黨不希望袁世凱出事，北方的革命黨們卻恨袁世凱入骨。在武昌起義之初，不僅南方各省的革命勢頭迅猛，北方很多省也都出現(xiàn)了革命起義，不過隨著袁世凱的出山，很快，這些起義就被鎮(zhèn)壓了下去，原來宣佈獨(dú)立的山西、甘肅、山東都很快又被袁世凱控制在手中，所以北方的革命黨把北方革命失敗的原因，全都?xì)w咎於袁世凱這個(gè)軍閥身上。
其實(shí)，當(dāng)時(shí)各地的一起和獨(dú)立大多取得成功，不是因爲(wèi)革命黨的實(shí)力有多強(qiáng)大，而是因爲(wèi)當(dāng)時(shí)清政府對各地的控制力已經(jīng)非常弱小，各地的官員們其實(shí)早就有了獨(dú)立的念頭，只不過藉著革命這個(gè)幌子，爲(wèi)自己立牌坊而已。但是隨著袁世凱的復(fù)出，原本就很弱小的革命黨，立刻就被北洋軍鎮(zhèn)壓了下去，不過由於老袁當(dāng)時(shí)正忙著逼迫清廷退位，還需要南方的革命黨做標(biāo)靶，纔沒有大舉進(jìn)攻南方各省。
雖然受到了刺殺，不過袁世凱並沒有把怒氣發(fā)在南京政府身上，南北和談還是在繼續(xù)進(jìn)行中，而且在1月20日，正式通過了清室優(yōu)待條件，作爲(wèi)清朝皇室自動退位後的生活保證。而且中華民國的臨時(shí)大總統(tǒng)孫中山正式發(fā)表聲明，宣佈只要袁世凱贊同清帝退位，並努力促成此事，那麼在清帝退位以後，自己就立即辭職，把中華民國大總統(tǒng)的位置讓給袁世凱。
袁世凱得到了這個(gè)保證，立刻加緊了逼宮的進(jìn)程，不僅勸說清室中的親王貝勒，還遊說了各國使節(jié)，共同向清室施加壓力。
在各方的重壓之下，隆裕皇太后最終同意了清帝退位，以換取皇室優(yōu)待條件。而南京政府也經(jīng)過多次協(xié)商，同意了這個(gè)條件：
1、大清皇帝尊號不廢，民國政府待之以外國君主之禮；
2、民國每年撥出四百萬元供皇帝支出；
3、皇帝暫居宮禁，日後移居頤和園；
4、清王室的宗廟陵寢，永遠(yuǎn)奉祀，並有民國派兵保護(hù)；
5、德宗崇陵所有產(chǎn)用經(jīng)費(fèi)由民國支出；
6、宮內(nèi)執(zhí)事之人，繼續(xù)留用，唯不得招閹人；
7、皇帝私有財(cái)產(chǎn)，有民國派兵保護(hù)；
8、禁軍編入民國陸軍；
除了這8條皇帝辭位後的優(yōu)待條件之外，還有皇族優(yōu)待4條和滿蒙回藏各族
優(yōu)待條件7條。
1912年2月12日，隆裕太后代替愛新覺羅溥儀，即宣統(tǒng)帝，頒佈了退位詔書，並授權(quán)袁世凱組織臨時(shí)共和政府。這封退位詔書由張騫起草，並由臨時(shí)參議院通過，不過其中“由袁世凱全權(quán)組織臨時(shí)共和政府”一句，有人說是被人後加上的，真像誰知道呢？
不管是由誰組織共和政府，反正至此大清帝國正式終結(jié)，並被中華民國取代和繼承，而統(tǒng)治了中國二百六十八年的清朝也正式宣告滅亡，中國兩千年來的帝制也宣告滅亡。
就在清帝宣佈退位的第二天，孫中山在南京向中華民國政府遞交了辭呈，同時(shí)向臨時(shí)參議院推薦袁世凱接任。2月15日，臨時(shí)參議院選舉了袁世凱爲(wèi)臨時(shí)大總統(tǒng)，但是在袁未到任南京前，還是由孫中山繼續(xù)執(zhí)行政務(wù)。
袁世凱並沒有馬上赴南京接任，而是以北京兵變爲(wèi)由，堅(jiān)持要遷都北京，這點(diǎn)作者深以爲(wèi)然，如果老袁跑到南京去接任，強(qiáng)龍難壓地頭蛇，弄不好連北京這塊根據(jù)地也得丟了。
4月初，南京政府無奈，只能答應(yīng)袁世凱，遷都北京，於是臨時(shí)參議院搬遷往北京，而孫中山也在南京宣佈解職。