孫恩起義動搖根基
地方刺史舉兵叛亂不久，民間又爆發了孫恩農民起義。起義前后持續了十多年時間，沉重打擊了東晉統治者，動搖了東晉朝廷的統治基礎，這是東晉滅亡的關鍵因素。
《晉書》記載，孫恩是山東臨沂人。永嘉之亂的時候，孫氏家族渡江南遷，居住在浙江紹興。孫氏家族屬于平民，在南方是低下階層。
孫氏家族世奉五斗米道。五斗米道始創于東漢，是道教起源的重要一支。孫恩的叔父孫泰，做過五斗米道的教主，教徒廣布南方。傻皇帝晉安帝即位以后，朝廷無道，刺史興兵，局勢混亂，百姓民不聊生，孫泰便想發動教徒，趁亂起義。不料事情泄露，孫泰被官府誅殺。孫恩逃入海島，聚集上百人，伺機復仇。
公元399年，司馬道子父子覺得朝廷兵力不夠，下令強行征調三吳一帶的民眾入伍，發往北部戍邊。老百姓生活貧苦，早就不滿朝廷的橫征暴斂，這一下更是激起了民憤。孫恩抓住這個機會，令教徒四下煽動，號召起義，很快糾集了數萬人，扯旗造反了。
孫恩率領起義軍攻占上虞，殺了上虞縣令，接著，占領了會稽，一時間聲勢大振，官軍望風而逃。當時，會稽郡、吳郡、吳興郡、義興郡、臨海郡、永嘉郡、東陽郡、新安郡八郡全都反了，民眾紛紛響應，殺掉官吏，加入起義軍。孫恩的起義軍很快達到數十萬人。
孫恩見此情景，不禁喜形于色，高興地對眾人說：“大事成了，過幾天，咱們就能穿著朝廷的官服，住到建康城里去了。”
然而，孫恩缺乏政治遠見，也沒有才干，他的隊伍，就是一群流寇。起義軍每到一處，除了殺死地方官吏之外，還搶劫財物，燒毀房屋，甚至砍伐樹木，填埋水井，形成一片恐慌。
另外，孫恩出身于社會底層，對世家大族特別仇恨，王家和謝家首當其沖，王謝子弟被殺了不少。起義軍燒殺搶掠，許多大戶人家被殺光、搶光、燒光，給社會造成了嚴重破壞。
朝廷見孫恩勢大，派劉牢之率兵前去鎮壓。孫恩知道劉牢之厲害，擔心打不過他，便對部下說：“看來，咱們去不成建康了，不過，咱們割據浙東這個地方，也能做個勾踐。”
劉牢之果然厲害，他率領的北府兵訓練有素，而且身經百戰，孫恩的烏合之眾根本不是對手，一觸即潰，死傷嚴重。劉牢之大軍很快收復了會稽等地，橫掃三吳。孫恩只得拼死抵抗，步步后退，一直撤到錢塘江以南。
劉牢之卻不肯罷休，迅速渡江，緊追不舍。孫恩聽說劉牢之渡江而來，尷尬地對部下說：“看來，割據浙東也不行了。不過，被劉牢之打敗，就算逃走，也沒有什么丟人的。”孫恩帶著他剩余的部隊，以及所擄掠的民眾，共二十余萬人，出海逃到舟山群島一帶。
過了兩年，孫恩在海島經過修整，恢復了實力，再次登陸作戰，很快攻占鎮海口，進入余姚，占領上虞，接著，進軍邢浦，兵臨會稽城下，其勢如暴風驟雨。
當時據守會稽城的，是東晉名將謝琰。謝琰是謝安的次子，從軍多年，屢立戰功，在著名的淝水之戰中，謝琰與堂兄謝玄共同領兵抗敵，因功被封為望蔡公。
謝琰在上年就曾經與起義軍打過仗，把孫恩部隊打得一敗涂地，所以，他很是輕敵。這次起義軍又卷土重來，當時謝琰正在吃飯，聽說起義軍到來，立即披掛上馬，說消滅了叛軍再回來吃。不料，起義軍經過訓練整頓，已經今非昔比了，謝琰出城迎敵，被殺身亡。
謝琰戰死，朝廷大驚，急忙派高雅之等人領兵前去鎮壓。高雅之是劉牢之的女婿，也是東晉名將，結果仍然被起義軍打敗。朝廷無奈，只好使出殺手锏，又派劉牢之前去破敵。
孫恩對劉牢之心有余悸，覺得搶掠的財物不少了，便再度退入海島。劉牢之部隊沒有船只，也不懂水戰，只好望海興嘆。
又過了兩年，孫恩率部第三次登陸，再攻鎮海口。不料，劉牢之并沒有回朝，而正在嚴陣以待，見起義軍前來，立即給予迎頭痛擊。孫恩打不過劉牢之，只好再次撤回海島。
后來，孫恩不甘心，第四次登陸作戰。這次，孫恩想避開劉牢之，從海路進至京口，就是現在的鎮江，企圖直取建康。可沒有想到，孫恩又遇上一個強大的對手，他就是劉裕。
劉裕是劉牢之的得力大將，驍勇善戰，有勇有謀，很受劉牢之器重。劉牢之聽說孫恩即將在京口登陸，急令劉裕率軍前去支援。劉裕知道軍情緊急，雖然路途較遠，但不敢懈怠，日夜兼程，與孫恩的起義軍同時到達了京口。
當時，劉裕軍隊經過長途跋涉，十分疲勞，而且敵眾我寡。劉裕卻毫不畏懼，大聲激勵將士，同時身先士卒，帶頭沖擊孫恩部隊。孫恩起義軍隊立足未穩，突然遭受攻擊，頓時大亂，被殺和跳水溺死者不計其數。起義軍遭受重大損失，劉裕也由此名聲大振。
孫恩起義軍遭此重創，退入海島后，又因饑餓、瘟疫等原因，士兵死了一大半，再也無力登陸作戰了。
公元402年，孫恩的部隊僅剩數千人，孫恩見屢次戰敗，大業難成，損失慘重，憤懣不已，投海自盡。
孫恩死后，余部由他的妹夫盧循統領。盧循有文化，也有謀略，經過幾年努力，起義軍勢力又恢復了。盧循率軍多次登陸作戰，攻打縣城，殺死官吏，沉重打擊了東晉朝廷。直到公元411年，盧循起義軍才被朝廷徹底剿滅。
孫恩起義，主要依據的是海島。因此，孫恩被稱為“中原海寇之始”，為后世海盜活動提供了經驗。后人常稱海盜為孫恩，孫恩則成了海盜的代名詞。
孫恩起義持續了十多年，給統治者造成沉重打擊，動搖了東晉朝廷的根基，同時，也給桓氏勢力東山再起創造了難得的機會。
桓氏趁著孫恩起義、朝廷焦頭爛額的機會，舉兵叛亂，攻入建康，殺了司馬道子父子，顛覆了朝廷，敲響了東晉滅亡的喪鐘。