趁著剛下獎(jiǎng)勵(lì)士氣高昂，任思齊決定把編制再重新整理一下。現(xiàn)在岱山島任思齊屬下人數(shù)近五百人，有原來(lái)就追隨的幾十名船員，有主要由岱山百姓組成的一百鄉(xiāng)兵，有從日本長(zhǎng)崎招募的二百多明人移民，還有五十多名日本流浪武士，可以說(shuō)是成分複雜、人數(shù)衆(zhòng)多。
其人數(shù)遠(yuǎn)遠(yuǎn)出了一個(gè)巡檢司正常的編制，在明代巡檢司多設(shè)在交通要樞，遠(yuǎn)離城市之處，負(fù)責(zé)查問(wèn)行人、緝拿逃犯等。當(dāng)然在海島上的巡檢司一個(gè)重大的職能就是緝拿海盜。在舟山羣島，海盜衆(zhòng)多，這也是岱山巡檢司能夠重建的原因。
巡檢司的編制通常是巡檢一名，從九品，是剛?cè)肓鞯男」佟Ａ硗鈺?huì)有書(shū)吏兩名，弓兵數(shù)十人到百人。現(xiàn)在任思齊手下的人數(shù)遠(yuǎn)遠(yuǎn)過(guò)了一個(gè)巡檢司該有的人數(shù)。
經(jīng)過(guò)仔細(xì)思考以及和茅十八等人商議後，任思齊決定把手下分成兩大塊。一是水師，主要九條大船組成，職責(zé)是巡查岱山附近海面，打擊海盜，進(jìn)行遠(yuǎn)洋貿(mào)易。二是6師，主要以晉玉飛統(tǒng)領(lǐng)的一百鄉(xiāng)兵構(gòu)成、職責(zé)是防守岱山，配合水軍打擊海盜。
水師共九條船，每條船確定編制，最大的一艘荷蘭船“公主號(hào)”因爲(wèi)上面火炮衆(zhòng)多，編制人數(shù)最多，共有6o人，作爲(wèi)任思齊的新旗艦。“飛魚(yú)號(hào)”原有六門(mén)火炮，從“公主號(hào)”上又調(diào)來(lái)六門(mén)，現(xiàn)在共十二門(mén)大炮，編制人數(shù)48人。其他三桅福船每船定編36人。這樣算下來(lái)，光是九條大船編制就達(dá)3oo人。
每條大船設(shè)管帶一人，總領(lǐng)全船，並設(shè)火長(zhǎng)、司庫(kù)等職務(wù)，所有船員分成見(jiàn)習(xí)船員、普通船員、副主管、主管、總管五級(jí)，情形一如以前。除了“公主號(hào)”由任思齊直領(lǐng)外，任命茅十八爲(wèi)“飛魚(yú)號(hào)”管帶，司馬南爲(wèi)“福春號(hào)”管帶，其他各船均有經(jīng)驗(yàn)豐富的老船員任管帶。
在6軍方面，原來(lái)的一百鄉(xiāng)兵晉玉飛和門(mén)羅訓(xùn)練的很好，採(cǎi)用的是西班牙長(zhǎng)槍方陣的編制，士兵分長(zhǎng)槍手和火槍手兩種。任思齊打算在原來(lái)的基礎(chǔ)上進(jìn)行擴(kuò)充，擴(kuò)編到三百人。
任思齊現(xiàn)在已經(jīng)是岱山巡檢司的巡檢，理論上已經(jīng)是岱山島的最高長(zhǎng)官，雖然沒(méi)有管轄各村的權(quán)力，但卻有徵調(diào)民役的權(quán)力。其實(shí)按照明朝的制度，巡檢司的士兵並不是真正的士兵，而是叫做弓兵。弓兵並不是士兵，而是徵調(diào)的民夫，在古代，百姓們除了繳納皇糧國(guó)稅意外，還要服各種徭役，在巡檢司服役就是其中一種。服徭役自然是沒(méi)有薪水可拿的，可是現(xiàn)在任思齊卻給每個(gè)屬下都薪水，並沒(méi)有把他們當(dāng)作民役，而是和自己屬下船員一樣待遇。相信這種待遇下，岱山各村的百姓都會(huì)樂(lè)於服役的，把6軍擴(kuò)編爲(wèi)三百人問(wèn)題不大。
至於6軍的編制，在和門(mén)羅晉玉飛商議後，任思齊決定採(cǎi)用如下編制：12人一小旗，長(zhǎng)官就叫小旗；4小旗爲(wèi)一總旗，長(zhǎng)官稱總旗，另有一傳令兵，共5o人；3總旗爲(wèi)一隊(duì)，長(zhǎng)官稱隊(duì)正，另有傳令兵，炊事兵等，共16o人左右。
人數(shù)所限，任思齊決定先編制兩隊(duì)弓兵，一隊(duì)由晉玉飛任隊(duì)正，另一隊(duì)則由荷蘭人門(mén)羅任隊(duì)正。任保全、湯尼、沙比拉、任麗坤等人充作總旗。
當(dāng)然現(xiàn)在人數(shù)不足兩隊(duì)弓兵，需要從岱山島各村徵調(diào)民役，任思齊也不急，現(xiàn)在只需要把軍隊(duì)的架子搭起來(lái)，以後慢慢擴(kuò)充就是。
再就是對(duì)軍隊(duì)的掌控問(wèn)題，在明朝後期，朝廷軍隊(duì)編制非常混亂，軍隊(duì)的戰(zhàn)鬥力極差，不管是面對(duì)李自成等農(nóng)民軍也好，還是面對(duì)關(guān)外的清兵也罷，都被打的稀里嘩啦。一支萬(wàn)人的大軍中真正有戰(zhàn)鬥力的往往只有主將的幾百親兵，而且明朝後期的軍隊(duì)還有一個(gè)非常不好的地方，就是兵爲(wèi)將有，朝廷對(duì)軍隊(duì)的掌控非常的差，在明朝後期造成了軍閥衆(zhòng)多，前有吳三桂等關(guān)寧鐵騎，後有南明江北四鎮(zhèn)。主將生異心的話，整個(gè)軍隊(duì)都會(huì)跟著造反。
任思齊當(dāng)然不允許以後自己的軍隊(duì)出現(xiàn)這種情況，自己辛辛苦苦建立的軍隊(duì)，得完全由自己掌控。所以任思齊決定借鑑後世人民軍隊(duì)，在一個(gè)軍隊(duì)中設(shè)立雙主官。例如一個(gè)隊(duì)，除了設(shè)立隊(duì)正一職外，任思齊決定在設(shè)隊(duì)監(jiān)一職，也就是監(jiān)軍，相當(dāng)於後世的政委，隊(duì)正和隊(duì)監(jiān)平級(jí)不分大小。戰(zhàn)鬥訓(xùn)練之事由隊(duì)正負(fù)責(zé)，生活紀(jì)律方面則歸隊(duì)監(jiān)管。這樣的話，兩個(gè)人相互制衡，就沒(méi)法生出異心來(lái)，任思齊也能保證對(duì)軍隊(duì)的掌控。
任思齊任命安東尼爲(wèi)第一隊(duì)的隊(duì)監(jiān)，和晉玉飛一起掌控第一隊(duì)。任命任興凡爲(wèi)第二隊(duì)的隊(duì)監(jiān)，和荷蘭人門(mén)羅一起掌控第二隊(duì)。
除了這以外，任思齊在每一隊(duì)設(shè)鎮(zhèn)撫一職，掌軍紀(jì)軍法。任命曹長(zhǎng)江爲(wèi)總鎮(zhèn)撫，掌管整個(gè)6軍軍法。
既然在6軍採(cǎi)用雙主官，那水軍也同樣。每一條船，除了管帶以外，任思齊另外任命了船監(jiān)。管帶負(fù)責(zé)行船作戰(zhàn)，船監(jiān)則負(fù)責(zé)生活，負(fù)責(zé)對(duì)管帶進(jìn)行監(jiān)督。
這一整套系統(tǒng)繁雜無(wú)比，任思齊帶著識(shí)字的任興凡宋立本等人弄了多日，才把這一整套編制形成文字條例。然後把命令宣佈了下去。
隨著命令宣佈下去，各主官各自上任。任思齊也只是自己宣佈了每一條船每一個(gè)隊(duì)的主要職位的任命，具體到各職位例如每一條船的舵手，則需要各主官自行任命。
這下整個(gè)高亭鎮(zhèn)一下子噪亂了起來(lái)，茅十八等各船管帶船監(jiān)急急忙忙的尋覓著自己船上各職位合適的人選，各船員也都暗自思量著自己能做的職位，找著各自的關(guān)係。
足足用了十天的時(shí)間，各船職位才重新理順，所有人都找到了自己的位置。
又花了幾天時(shí)間，每個(gè)隊(duì)每條船的花名冊(cè)纔算編制完成。看著面前厚厚的名冊(cè)，任思齊長(zhǎng)出一口氣，有了這幾本名冊(cè)，任思齊覺(jué)得自己纔算完全掌控了所有屬下。