高潮階段，悲劇成了動(dòng)畫(huà)主旋律。
櫻的身邊有了真正的親人凜，有了愛(ài)自己勝過(guò)萬(wàn)千的士郎，她完全融入了衛(wèi)宮宅的生活，成了這個(gè)小家庭的一部分。
然而幸福和美滿只是短暫的。
櫻的身體被改造成了圣杯容器，她的身體也會(huì)出現(xiàn)曾在愛(ài)麗絲菲爾身上出現(xiàn)的狀況，渾身無(wú)力、人類機(jī)能退化，到后來(lái)甚至連動(dòng)一步都難。即便如此，她依舊每天露出開(kāi)心的笑容。對(duì)她而言，現(xiàn)在所擁有的一切，都是只有做夢(mèng)的時(shí)候才敢想的事，親身體驗(yàn)之后，是那么的溫暖，那么的幸福，那么的不舍……
可看著櫻的身體一天比一天差，士郎和凜卻感受到了止不住的悲哀。櫻身上發(fā)生的是無(wú)可逆轉(zhuǎn)的情況，隨著圣杯戰(zhàn)爭(zhēng)進(jìn)行，她的身體會(huì)越來(lái)越差，直到失卻人形，成為圣杯。但兩人心有靈犀的什么也沒(méi)說(shuō)，只是每天都陪在櫻的身邊，給她期望的幸福和快樂(lè)。
櫻睡下之后，士郎和凜夜里出外巡邏，卻發(fā)現(xiàn)整條街的人都被不知名的黑影吞噬。接著黑影遇到了吉爾伽美什，黑影被打成重傷，吉爾伽美什也因一時(shí)不察，被黑影吞噬。在其他線路中作為boss登場(chǎng)的吉爾伽美什，在HF線高潮初起階段領(lǐng)到了導(dǎo)演發(fā)來(lái)的帶雞腿的便當(dāng)。而這次重傷，讓櫻認(rèn)清了一件事，原來(lái)自己就是那黑影，夢(mèng)中的事情都是自己做的。
櫻沒(méi)想到的是，自己現(xiàn)在經(jīng)歷的，所想的，一切都在老蟲(chóng)子的監(jiān)控下。
老蟲(chóng)子多次安排櫻偷聽(tīng)到姐姐凜和士郎間的談話，刺激她內(nèi)心深埋的不安和自卑，同時(shí)也刺激著埋在那燦爛笑容下的陰影——妒忌。
圣杯戰(zhàn)爭(zhēng)接近尾聲，櫻愈發(fā)控制不了自己，原本她希望由自己心愛(ài)的人賜予死亡，內(nèi)心藏著希望他永遠(yuǎn)記住自己的小心思，只是士郎根本下不了手。
感覺(jué)自己的生命走到盡頭的櫻，決定和老蟲(chóng)子做個(gè)了斷。所以她動(dòng)用了最后一枚令咒，要求rider不管將來(lái)發(fā)生什么，面對(duì)何人，都要站在士郎身邊，代替自己守護(hù)他，直到生命最后一刻。
令rider變成自己模樣留在衛(wèi)宮宅，孤身一人回到間桐宅質(zhì)問(wèn)老蟲(chóng)子。對(duì)櫻一舉一動(dòng)了若指掌的老蟲(chóng)子，安排了慎二守大門。
被嫉妒和欲望燒毀了理智的慎二企圖強(qiáng)暴櫻，一邊撕扯一邊從言語(yǔ)上侮辱櫻，于此同時(shí)，老蟲(chóng)子控制刻印蟲(chóng)折磨櫻的肉體和精神，難以為繼的櫻在老蟲(chóng)子的誘導(dǎo)下，徹底黑化，撕裂了一直侮辱自己的慎二。
之后，為了得到圣杯，親自來(lái)到衛(wèi)宮宅搶奪伊莉雅。
凜不敵黑化櫻，在凜即將被殺死時(shí)，士郎趕到，他站在凜面前，準(zhǔn)備用自己的身體勸櫻回頭，然而黑化櫻卻完全不顧面前男人曾是自己心中唯一的光明，竟要對(duì)士郎動(dòng)手。好在之前對(duì)rider的命令救了士郎一命。
士郎是黑化櫻唯一的缺陷，只要士郎死掉，櫻的內(nèi)心就會(huì)永墜黑暗，徹底沉淪。然而這一枚令咒，終于保住了她最后一絲人性，她面對(duì)士郎時(shí)，依然會(huì)有動(dòng)搖。
Rider無(wú)法對(duì)櫻出手，只要黑化櫻不傷害士郎，眾人面對(duì)她只能予取予求。于是，伊莉雅站了出來(lái)，自愿跟她走。
結(jié)局的主旋律是悲壯，次旋律是救贖。
綺禮的蘿莉控之魂覺(jué)醒，親自找來(lái)和士郎聯(lián)手，趁著黑化櫻處于被侵蝕的痛苦之際，兩人救出了伊莉雅。
老蟲(chóng)子帶著咒腕哈桑追來(lái)，綺禮要求斷后。他展示了非人般的實(shí)力，跟咒腕哈桑和老蟲(chóng)子兩人對(duì)陣還不落下風(fēng)，甚至利用被黑泥改造過(guò)的異常體質(zhì)，誘騙咒腕哈桑顯露漏洞，引誘他使用寶具——妄想心音，然后趁機(jī)殺死了老蟲(chóng)子的肉體。
將伊莉雅帶回衛(wèi)宮宅后，她為眾人講述了黑圣杯的始末。這時(shí)，黑化櫻將殘留的部分人性擠進(jìn)曾經(jīng)的黑影中，而這黑影來(lái)到衛(wèi)宮宅，通知三人趕快逃跑，因?yàn)樗恢朗裁磿r(shí)候本體會(huì)迷失本性。士郎堅(jiān)定的表示自己一定會(huì)救你；凜表示為了遠(yuǎn)坂家的榮耀，一定會(huì)得到圣杯，并殺掉你。
決戰(zhàn)前，士郎、伊莉雅和凜三人找到了寶石劍的設(shè)計(jì)圖，并制作出這件傳奇禮裝，三人約定由凜和黑化櫻做最后的了結(jié)。
另一邊，老蟲(chóng)子的肉體被毀，他準(zhǔn)備奪取準(zhǔn)備了十年的櫻的肉體，卻沒(méi)想到此時(shí)的櫻早已脫離了他的控制。而蠢蠢欲動(dòng)的老蟲(chóng)子本體也被櫻感受到，她從自己的心臟上揪出一只惡心肥胖又丑陋的蟲(chóng)子，那就是老蟲(chóng)子寄生的本體，它被扔在地上，像常人抬腳踩死蟑螂一樣被黑化櫻碾死了。
最后一集大決戰(zhàn)。士郎帶著rider和凜來(lái)到柳洞寺，三人面對(duì)的是魔力無(wú)限的黑saber。
黑saber按照約定，放凜過(guò)去，并擋住了rider和士郎。
曾被saber當(dāng)做絕招使用的咖喱棒，在黑無(wú)毛的手上成了讀條長(zhǎng)無(wú)CD不耗藍(lán)的小技能，黑色的暗之洪流在空氣中咆哮奔騰，仿若滅世之光的黑色不祥從劍尖中不盡的傾瀉，仿佛持劍的人是無(wú)敵暗之女戰(zhàn)神。
這時(shí)，rider終于用出全力。她摘下眼罩，露出石化魔眼。這魔眼可以壓制對(duì)魔力等級(jí)為A的黑無(wú)毛一級(jí)屬性，rider和黑saber斗了個(gè)平分秋色。在兩人準(zhǔn)備對(duì)轟大招時(shí)，士郎投影了熾天覆七重圓環(huán)，替rider擋掉了這記咖喱棒，黑無(wú)毛卻被rider的騎英之韁繩狠狠打中。
士郎回憶起自己和saber發(fā)生過(guò)的事，趁著黑無(wú)毛脫力時(shí)，流著淚將投映出的干將刺進(jìn)她的胸膛，劍尖直透心臟。
另一邊，F(xiàn)ate世界最強(qiáng)禮裝，第二法的復(fù)制品寶石劍擁有者凜和被圣杯賦予半成品第三法的櫻開(kāi)始戰(zhàn)斗。
兩人在后山水池旁打的難解難分，然而櫻總是召喚出黑色魔物騷擾凜，使平分秋色的凜漸漸落入下風(fēng)。
凜扔出寶石劍發(fā)動(dòng)自爆，為她接近黑櫻創(chuàng)造了一個(gè)絕妙的機(jī)會(huì)，然而她在靠近黑櫻身邊，卻根本無(wú)法下手，那是她的妹妹，為了她可以將父親留下來(lái)的珍貴寶石給一個(gè)“陌生人”使用的妹妹，是她最喜歡，希望能獲得幸福的妹妹，期盼可以笑對(duì)生活的妹妹。
“我送你的緞帶，你一直戴著，我很高興。”
凜暫時(shí)退場(chǎng)了。
被凜拉回光明的櫻開(kāi)始抗拒黑影的控制，甚至想要自殺。趕到的士郎告訴櫻，凜她沒(méi)有死。之后先是投映了萬(wàn)戒必破之符破除了櫻與圣杯間的聯(lián)系，之后用身體內(nèi)僅存的魔力，以人類的身軀，抗拒著英靈肉體帶來(lái)的強(qiáng)烈反噬，投映咖喱棒，破壞了圣杯。
這一擊，包含了士郎的生命力和意志力，這股意志，甚至讓他至死都站在櫻的面前，替她遮風(fēng)擋雨。
凜帶著櫻回家，而從噩夢(mèng)中醒來(lái)的櫻以為自己記憶中的一切都是噩夢(mèng)，只要再一次睜開(kāi)眼睛，學(xué)長(zhǎng)就會(huì)出現(xiàn)在面前，笑著叫自己起床吃早飯，然而找遍了所有可能的地方，都沒(méi)能找到他。
心中清楚這噩夢(mèng)是真的，但她的臉上卻掛著笑容。笑著拒絕了姐姐住在一起的決定，笑著搬進(jìn)了曾經(jīng)有他存在的房子，笑著種下花草，笑著面對(duì)每一個(gè)鮮花盛開(kāi)的春天，笑著說(shuō)：“如果你還不回來(lái)，我就要成為老太婆了……”
然而日復(fù)一日，年復(fù)一年，那座大宅子里，依然只有那個(gè)光彩依舊的女人，她正笑著面對(duì)下一個(gè)春天的到來(lái)。