暗殺戰術特殊部隊，簡稱暗部，“暗殺戰術特殊部隊”，簡稱暗部類似于特種軍隊部門，暗部的成員都是從村子里篩選出的優秀忍者，主要進行保護影和預防外敵侵入忍者村的工作，有時還負責偵察敵情和暗殺等任務，任務的性質一般極其惡劣或枯燥，比如看守重要疑犯等。由于任務的特殊性。其成員行動時都戴著模仿動物的白色面具，任務性質及其他一切資料均被機密保存。暗部由影直屬，一切命令由影發布，部隊底下設多個四人或五人分隊，由分隊長統一轉達命令和領導執行任務。任務時都是以代號而稱的。

卯月夕顏（ユウガオ、26歲）：女上忍，紫色頭發，端莊干練，美麗大方，火影護衛，擅長用刀，是月光疾風的戀人，多次出場。精通木葉流劍術，感知忍者，秘劍朧月夜；查克拉屬性疑似是風，擅長用卷軸封印處理尸體。

田路（タジ、蛇慈、23歲）：，女醫療忍者，猿飛琵琶湖的弟子。負責給漩渦玖辛奈接生，九尾之亂中被阿飛殺。

奇介：暗部忍者，茶色長發，因緣際會，被間諜寂留所殺，靈魂被封印，后被鳴人等復活。他的妻子是個美麗的黑發女性，喜歡郁金香，被寂留殺害。

只一：大胡子中年暗部忍者，山中花店常客，與井野感情很好，化妝成商人。被血龍眼操縱變成人體炸彈，陣亡。

鏃——火野子（14歲）：忍者，茶色長發梳著辮子，美麗的青年女忍者。才能出眾，被選為暗部，深受信任。使用光芒查克拉針攻擊，能夠跟蹤追擊，暗殺術。

朧：忍者，暗色火焰頭發的中年男子。能夠自由操縱查克拉量，擅長隱藏偽裝。下忍時代全隊被團滅，他靠裝死躲過一劫。

蓑市（ミノイチ）：原成員，灰褐色頭發青年男子，額前有劉海。殺光了同隊隊友，加入了帳隱村，自稱是革者。后被抓捕回木葉，交給伊比喜拷問。

猿飛夫婦：木葉丸的父母。三代火影直屬暗部，精英上忍，被譽為三代火影的左膀右臂。或許已經亡故。

老虎（トラ、30歲）：，擁有極強的腳力，心狠手辣，負責狙擊逃走的忍者。負責監視宇智波一族的暗部忍者之一。

丑牛（ウシ、32歲）：千手扉間的直屬暗部，因擔心宇智波一族會出現造反，奉命日夜監視宇智波一族。

貘（バク、31歲）：率屬于監視宇智波一族的暗部成員，接受了準備鎮壓造反的命令。

大象（ゾウ、40歲）：三代火影時代的暗部護衛班班長，精通秘傳忍術，分析能力驚人。36歲時目睹了三代火影與大蛇丸在結界內交戰，并友情客串了解說員。

影（22歲）：火影直屬暗部成員1班成員，清秀的男子。佐井接近大蛇丸時，曾將他的情報交給大蛇丸。

羚羊（ガゼル、22歲）：五代火影綱手直屬暗部護衛班成員，長發女性，率屬于卯月夕顏小隊。能夠冷靜觀察敵人能力，分析出對策。（注：陣之書的新人物，個人感覺這人跟夕顏的角色重復，這是漫畫和動畫的沖突造成的。）

飛鳥：，發現了大蛇丸巢穴據點，但被藥師兜發現打傷，傳送回消息后自毀身亡。

根部

又稱“暗部培訓部門”，直接隸屬于木葉元老志村團藏的獨立組織，即不受火影的管制，也不受暗部所管轄，制服是白色或黑色披風。所謂“根”之人……沒有名字、亦無感情……沒有過去……亦無未來。心中只有任務……在背后支撐起木葉村這棵大樹的是深扎于大地之中的……我等“根”的意志。

信（シン）：佐井的義兄，蔚藍色頭發，兵器是一把斷刃。根部成員，做事有些慌慌張張。患上絕癥過世。四戰中被穢土轉生，后自己擺脫，靈魂升天而去。

寺井（テライ、28歲）：根部成員，團藏命其搶在紅豆之前優先處理藥師兜，后下落不明。擁有不輸于油女取根和山中風的實力。

飛揚（ヒヨウ、日用、21歲）：根部成員，佐井的前輩，笑臉面具，長發束辮子，曾多次出場傳遞團藏的命令，并在最后出手殺死和馬。（注：原著中并未參與和馬之亂。）

塔拉特吉姆：根部成員，負責監視紅豆，后下落不明。

乙丙丁：根部忍者，大和在根部時的隊友們。