除了設立甲長鄉正以外，任思齊同樣對府縣官職進行了改革，在以往，一個縣只有縣令縣丞主薄數個有品級的官員，其他辦事人員都爲吏員，官吏分離的制度導致吏員根本沒有上升的空間，幹得再好也沒有升官的可能，所以專依貪污撈錢爲能。而官員一任三年，任滿就會轉遷，往往還未等熟悉縣裡政務就被調走，這樣也造成了地方政務把持在吏員之手。
任思齊決定在崇明體制內改變這一切，首先就是把各曹司吏之類都提升爲有品級的官員，稱主事，品級從從九品一直到從七品。並且幹得好了可以繼續上升，升爲縣令知府都有可能。所有人都有上升的空間和可能，這種制度當然要比官吏分離好得多。
任命好各級官員之後，崇明島的一切纔算安定下來，以後移民的組織安置等一切事宜都有專人負責，不需要任思齊再多操心。
專業的事情交給專業的人去做，那些跟隨而來的揚州吏員們即使貪婪一些，就行政能力而言也比任思齊原來的手下強得多。
帶領百姓修建家園，圍著灘塗開荒，出海打漁，等等都有了專門的人去幹。島上的蘆葦無邊無際，只要收割下來編制，再以木棍爲樁，就可以搭建一個簡單的窩棚，不懼夏天的風雨。從揚州運來的大量生活物資以家庭爲單位分發了下去，很快島上處處炊煙，新出現了數百處村莊。
這一個月來，樑九帶人除了建造一座新城以外，還修築了兩條攔江堤壩，使得潮水再也不能直接衝擊到島內，造成沙島的坍塌。另外就是修建了幾處龐大的磚窯，專門用於燒製建房用的磚瓦。不過目前產量有限，暫時還滿足不了島上的需求。
新成立了崇明府後，樑九被任命爲崇明工曹主事，正七品官員，全面負責島上的工程營建工作。樑九正規劃著開掘數道人工河流，把長江水引入島嶼之內，如此一是方便用船隻運輸物質，再就是可以用來灌溉耕田。
在移民安置工作步入正規之後，任思齊開始重新進行編組軍隊。
揚州之戰中，岱山軍雖然取得了很大勝利，死在揚州城下的八旗兵綠營兵加起來也有三四萬，可是岱山軍本身損失很大。一萬步兵幾乎損失過半，活著回到崇明島的五千餘人，其中還有數百人受了重傷即使以後痊癒也不能再上戰場。這些不得不從軍隊退下的人，任思齊給他們都安排了出路，就是在各鄉中出任鄉尉，負責協助鄉正緝拿盜匪維護地方治安。
新兵的募集，任思齊決定採用義務兵制度，每一個十八到四十的成年男子都必須當兵。跟隨上島的百姓有近二十萬人，其中適齡男子也有三四萬人，任思齊當然不可能把所有男子都編入軍隊，而是規定每戶至少要有一人從軍。其他男子則編爲鄉兵，每月訓練數日，平日種地做工，當有外地入侵時則全部招入軍隊，保衛崇明。平日的訓練可由鄉尉負責，由官府每月撥出一定經費。
經過了數日的統計徵募之後，新招募了一萬五千新兵，和原有的五千老兵混合，重新編制出一支兩萬人的步兵。
軍隊編制還是按照原來的小旗、總旗、隊、營編制。全軍分爲四鎮，在晉玉飛任興凡一鎮二鎮的基礎上新增了兩鎮，鎮將分別有新加入的劉肇基馬應魁擔任。這二人當總兵副將多年，論領兵經驗來說遠勝其他人。二人原來的部下全部被打亂整編。
第一鎮爲近衛鎮，鎮將晉玉飛，四個營正分別爲熊二、李行久、湯尼、德意志人鄧肯。
第二鎮鎮將任興凡，手下四個營官分別是陳名揚、楊斌、李鼎、李禿子擔任。楊斌是岱山軍的槍術教頭，被提拔起來名正言順。李鼎是青州李士元的兒子，作戰非常勇敢。李禿子是原來佔據膠州的柯永勝部下，因手刃柯永勝立下功績當了總旗，一路提拔起來也成了營正。
第三鎮鎮將劉肇基，手下四個營官分別是沙千里、任秋裡、羅少新和鄧萬木。羅鄧二人都是劉肇基原來的部屬。
第四鎮鎮將馬應魁，手下四個營官分別是任保全、何彬、張弛、林光頭。任保全是任思齊堂兄，何彬是呂宋回來的漢人，張弛和林光頭則都是原來福春號上的老弟兄。
在軍隊中同樣設立監軍，隊設隊監，營設營監，鎮設鎮監。監軍不干預部隊的指揮訓練作戰，只是負責平時生活後勤獎懲事宜，和軍隊主官平級。是任思齊借鑑了後世的政委制，如此能保證軍隊完全忠於自己。
第一鎮的監軍由任麗坤擔任，第二鎮監軍任學堂，第三鎮監軍陳生，第四鎮監軍馬良。從這個任命來看有著濃重的任家軍色彩，除了馬良是招募自膠州的讀書人以外，陳生是來自呂宋的老兄弟，其他兩個都是任思齊的族親。至於營隊的監軍，則多數由徵募自膠東的讀書人擔任。當初剛入岱山時，爲了得到較高的薪酬，很多讀書人選擇了加入軍隊並且通過了訓練。岱山軍之所以戰鬥力形成的這麼快，這些人功不可沒。
重建四鎮步軍的同時，任思齊也對水軍進行了整編。
同樣建立了四鎮水軍，人數共三萬人，除了原有的一萬水軍以外，把自鎮江新募的船伕都整合了進來。
爲了和步軍以示區別，水軍鎮將成爲統領。
第一鎮水軍統領茅十八，掌控著“公主號”“飛魚號”三十多艘三桅海船以及二百多艘平底沙船，手下水兵一萬多人，駐地崇明，負責崇明島的守衛及與清軍水師的作戰。
第二鎮水軍統領司馬南，屬下三桅海船三十多艘，手下士兵兩千餘人，專門負責對外貿易。
第三鎮水軍統領奧利爾，駐地岱山，屬下三桅海船三十餘艘，二桅海船單桅海船一百多艘，屬下士兵五千，負責著岱山金塘島岑港等地的防禦。
第四鎮水軍統領薛雨來，駐地崇明，屬下江船千餘艘，士兵一萬三千餘人，他屬下的戰船都是用於內河作戰的江船，負責一是往來運送人員貨物，再就是協助茅十八進行作戰。人數船隻雖多，戰鬥力卻是最差的一鎮。
這樣算下來，整編了足有五萬軍隊，可惜若論戰鬥力的話，還是隻有其中的一萬餘老兵具備一定的戰鬥力。