對待蒙古就不能像建奴那樣要麼誅殺要麼俘虜帶到其他地方做苦役了，因爲一來他們所佔據的土地大多都不適合做耕地，很難吸引關內的移民填充，就算將他們全部遷走，還是會有其他地方的蠻族來佔據他們留下的土地，繼續騷擾大明的邊鎮；二來如今的蒙古騎兵早已不復當初成吉思汗時的實力，而且各部落之間彼此廝殺不斷，早就成了一盤散。，他們並沒有能力給大明製造多少麻煩。
所以，李悠的計劃是用軍事、經濟、政治等多種手段來加強對大漠的統治，先在各處戰略要地築城，建立城堡以駐軍，再在周圍展開屯田以節約開支，以軍事力量鎮壓諸部，讓他們不敢反抗，同時維護商路的通暢和商人的安全。
與此同時，在靠近大漠的幾座城池建造各種農牧產品加工工坊，用來將草原上盛產的羊毛、羊肉、牛皮、牛肉等物加工成暢銷產品銷往各地，用經濟手段來對草原進行控制；然後在各處城堡的外圍建立商棧用來收購蒙古人的產出，銷售他們日常所需的茶葉、鹽等物品，將他們的日常生活和商路的通暢捆綁在一起，將蒙古草原納入到大明的經濟圈之內，等這裡所有的人都要依靠和中原的交易來換取需要的商品時，他們就再也無法擺脫大明的控制了。
當然，李悠還會在城堡外面建立學堂，官府衙門，學堂用來教導那些部落貴人們的子弟，將來如果沒有完成學堂的學業，他們就沒有資格繼承父兄的地位，然後用大明文化的優越性將他們慢慢同化；官府則用來維持當地秩序，慢慢和那些部落貴人爭奪權力，並最終將這些地方變成大明官府的直接管轄地。
此外，李悠還打算引進中原的宗教來和密宗、薩滿教等爭奪信徒，所以他也會在城堡周圍建立一些寺廟道觀，讓那些僧侶和道人以此爲基礎，廣泛吸納信徒。
在逐漸蕩平了林丹汗的殘餘勢力之後，李悠開始分配任務，他將剛剛打下的草原分成幾個都護府，讓曹變蛟、李自成、張獻忠等年輕將領充當都護，並對蒙古草原上的勢力範圍進行了重新劃分，靠近城堡、擁有肥美草場的土地被劃給了那些臨陣倒戈的部落，而更遠一些，較爲一般的草場被劃分給很快就屈膝投降的部落，至於少數負隅頑抗的部落，則只能分到最爲貧瘠的草場，或許用了多久，他們就會被其他部落徹底吞併。
雖然大多數俘虜都被放歸，但林丹汗的親信部落卻不能輕易饒恕，這些人將負責蒙古草原通往中原的大道、還有各處城堡的修築，大明此前在修築寧錦防線的過程中積累了豐富的經驗，再加上李悠又融入了西方棱堡的長處，等城堡修好以後，只需數千兵馬駐守，就可牢牢控制住廣袤的土地。
等安排完這些事情，將蒙古草原的東部留給曹變蛟、李自成等人處置，李悠則帶領著盧象升、曹文詔、滿桂等人繼續向西方攻去，在哪裡還有衛拉特蒙古沒有消滅，他們因爲和林丹汗的仇恨，所以沒有參加這次的聯軍，倒是讓他們暫時躲過一劫。
衛拉特蒙古元朝稱爲斡亦剌惕，到了大明則稱作瓦剌，因其與成吉思汗家族有世婚關係，所以在蒙古諸部中享有特殊的地位，在朱元璋起兵推翻蒙元的過程中，衛拉特蒙古逐漸壯大實力，不斷兼併其他部落。
到了明成祖朱棣時，他曾在御駕親征中大敗衛拉特蒙古，衛拉特蒙古的首領脫歡接受了朝廷的封號，稱順寧王；等到脫歡的兒子也先繼位的時候，衛拉特蒙古發展到鼎盛，控制東部蒙古各部，一面又利用軍事征討、封官許願、聯姻結盟等手段，把乞兒吉思、哈密、沙州、罕東、赤斤、兀良哈三衛等，分別置於自己統治之下，又結好女真各部，使之爲其效力，極盛時勢力東抵朝鮮，西達楚河、塔拉斯河，北括南西伯利亞，南臨長城。
並對大明發動了大規模進攻，明英宗在宦官王振慫恿下御駕親征，也先誘明軍至大同，破其前鋒。緊接著，又聚軍於土木堡，殲滅明軍主力，俘明英宗而去；這一戰之後大明元氣大傷，但于謙在京城卻也給也先帶來了慘重的損失。
其後，衛拉特蒙古內部發生分裂，也先和脫脫不花爆發激烈戰爭；脫脫不花初與弟阿噶多爾濟聯兵，彼此實力大致相當，難分勝負。後因兄弟內訌，阿噶多爾濟叛投也先。脫脫不花勢單力薄，逃往兀良哈，衛拉特蒙古就這樣逐漸衰落了。
也先之後，達延汗興起，東部蒙古逐漸壓過了西部蒙古，時到如今衛拉特蒙古分爲準噶爾、和碩特、杜爾伯特、土爾扈特四部，準噶爾部強勢控制天山南北，土爾扈特部西遷到伏爾加河沿岸，和碩特部在固始汗率領下遷到青海，杜爾伯特部遊牧於科布多阿爾泰山一帶。
也就是說，衛拉特蒙古現在正好佔據著昔日大唐安西都護府的轄地，由於這塊土地重要的地理位置，以及日後葛爾丹對中原的威脅，李悠都不能任由他們逍遙自在，現在土爾扈特部和杜爾伯特部或許還有些鞭長莫及，可準格爾部和和碩特部卻必須要解決。
這兩個部落的實力比起林丹汗的聯軍來，卻又要弱了許多，李悠在留下半數人馬鎮守東部蒙古之後，餘下的兵力解決他們依舊是綽綽有餘，反倒是青海和西域複雜的氣候、險要的道路給他們造成的麻煩更大。
不過李悠對這裡的地形、氣候倒是格外的熟悉，指揮這大軍有驚無險的避過了許多自然災害，順利的找到了準噶爾部和和碩特部的主力，並將其擊敗，收回了中原對青海還有西域的統治權，重新建立安西都護府和北庭都護府，以曹文詔和陳繼盛二人鎮守此地。