崇明出兵選擇的時刻太過出其不意，春節出兵，天寒地凍，不是誰都能想到。再加上沿著長江出兵迅速，並沒有浪費時間在攻打沿途城市上，就是打鎮江也只是用了一天時間。導致南京城對崇明軍的突然攻擊全無反應，其實這些天來，松江蘇州一帶的動亂也傳了過來，可是沒人會想到崇明軍出兵的目標會是南京。這個年代信息的傳播速度本來就慢，沿江各地的清軍發現江中明軍船隊的動靜，再把消息逐級報告，傳到南京速度並不比崇明軍進軍的速度快許多。
所以當賈元胤騎兵從鎮江直奔南京時，南京城內纔剛剛得到鎮江失陷的消息，完全沒想到明軍來的如此之快。
所以清晨南京的城門纔會正常開放，允許百姓進去。
當守城門的綠營兵發現奔馳而來的是明軍騎兵時，再想關閉城門已經來不及了！
賈元胤一馬當先風馳電掣一般從守城清兵身邊掠過，長刀揮出，鮮血四濺。一千五百騎兵越過狹窄的外郭城門，衝入了南京城中。
明朝的南京城分宮城皇城京城和外城四城，共有四道城牆，最外層的外郭城牆方圓有七十里長，可謂這個時代最大的城池。就城池的面積來說，要比北京城還大。
不僅面積大，人口也多。南京位於長江之南富裕之地，又是明朝的陪都，城中的人口足有百萬之多，又因爲清兵攻伐南京時，弘光朝廷並未抵抗，使得南京沒有經歷殺戮，八旗兵只不過把內城的百姓統統驅趕到外城而已，留內城作爲八旗兵居住之地。
不過此時，城中大部分八旗兵被勒克德渾帶去了武昌攻打一隻虎李錦的忠貞營，使得內城空空。
早在出兵之前，任思齊就帶著衆將研究過南京的地圖，出兵之前參謀司就制定了數套攻城的策略。賈元胤手中騎兵只有一千多人，根本不足以攻下整個城池。所以他當前的任務一是佔據一座城門爲後來的任思齊大軍打開通道，再就是儘可能的在南京城內製造混亂，遲滯城內清軍的反應。
所以攻入城中之後，李元胤分出一半的騎兵佔領身後的麒麟門，自帶一千騎兵直接向城內殺去。
一千騎兵攻入了城內，立刻引得城內一片大亂，街上的百姓們哭喊著紛紛躲避。
然而從外郭的麒麟門到京城的東安門之間的距離足有八里之多，等賈元胤帶著騎兵趕到東安門時，發現城門已經關閉，沒奈何便沿著城牆向北殺去，試圖從其他城門攻入京城。
皇城之中，原魏國公徐文爵的府邸，傳自徐達的魏國公徐家，自大明開國以來，已經傳了十一代。身爲南京第一勳貴之家，經歷了兩百多年的經營，徐家的府邸規模極大氣勢澎湃，豪奢之處堪比皇宮。清兵攻打南京之時，魏國公徐文爵投降，後被貶爲平民，積攢了兩百多年的家業全部便宜了滿人，這座豪宅也不例外。
洪承疇身爲東南經略進駐南京，並不敢住進皇宮之中，便選擇了這座魏國公府作爲自己的行轅。其實自十二月勒克德渾帶走了城中的八旗主力之後，洪承疇就時刻小心翼翼，他並不是爲了防範崇明軍，畢竟崇明距離南京遠隔千里，中間有著無數的城池。讓洪承疇小心防範的南京附近的明朝叛軍。
自去年八月到達南京以來，洪承疇已經剿滅了好幾股明朝殘軍，就在九月，洪承疇指揮著都統葉臣，提督張天祿，總兵卜從善，劉澤泳等人，撲滅了盤踞在徽州的金聲部明軍。可是在徽、寧、池、太四府，特別是績溪一帶的山林中，還到處都是明軍的殘餘，遲遲不肯歸順大清。
其中有明朝宗室朱誼泐，自號瑞昌王，很是鼓動了一批刁民跟從，據探報，僞瑞昌王手下的士兵已然有兩萬之多。
洪承疇打算等過了正月，天氣少暖之時，抽調京口的馬得功，會同張天祿等部綠營兵剿滅之。各地的明朝殘兵人數雖多，遠不是精銳的綠營兵對手。
然而剛過元宵節，洪承疇突然收到崇明明軍自長江而來，攻打鎮江的消息。得知消息之後，洪承疇大吃一驚，立刻本能的知道事情不妙。任思齊率軍於元旦發兵，絕不僅僅爲了攻下鎮江，恐怕他圖謀的是南京城吧。
南京城是明朝的首都，若是一旦陷入任思齊之手，必然引發整個江南大亂，到那時不知有多少人會揭竿而起，重新打起明朝的旗幟，其後果是洪承疇承擔不起的。
洪承疇立刻開始調兵遣將，停止了綠營兵們的度假，規劃佈防。可是城中的綠營兵只有萬餘人，要想防守這麼長的城牆根本數量不夠。沒奈何，洪承疇只能以京城城牆爲防禦重點，外郭的城牆僅派小部分兵力駐防。然而還未等他調整好城防，明軍的騎兵已經殺進了城中。
賈元胤的騎兵速度實在是太快了，快到完全出乎了洪承疇的意料。在洪承疇看來，明軍要攻克鎮江怎麼也要打上幾天，畢竟鎮江城中有馬得功的五千精銳綠營。而有了這幾天時間，足夠他抽調各地綠營增援南京了。
也幸虧洪承疇反應及時，一得到明軍攻打鎮江就結束了城中士兵的休假，所以才使得賈元胤沒機會攻入京城。
得知明軍突入城中的只有千餘騎兵時，洪承疇派出了總兵卜從善，帶著兩千綠營從內城殺出，試圖驅趕明軍出城。誰知賈元胤騎兵的速度太快，沿著內城牆一直往北，經過幕府山麓，直接打到了北面的觀音門。一千騎兵一個衝鋒殺散了觀音門的守軍，順勢佔了這座南京最北面的城門。出了觀音門可就是長江了，若是明軍從江上而來，正好可以從觀音門入城。
而經過了賈元胤騎兵在城內奔馳，整個城中一片大亂，幾乎所有的百姓都知道明軍打回來了，便有許多不甘之人揭竿而起，響應明軍的入城。卜從善統兵追趕賈元胤騎兵之時，竟然受到了數次百姓們的襲擊。