段祺瑞辭職的消息在北洋政府內部引起了一陣騷動，尤其是段祺瑞的一些門生以及屬于皖系的追隨附庸者，包括徐樹錚、傅良佐、倪嗣沖等等這些人，對這突如其來的變故都感到十分吃驚。即便之前袁世凱與段祺瑞之間的重重矛盾，多多少少是預示了一些先兆，可任誰都沒有料到二人的決裂會這么快。
在北京的傅良佐聞訊之后，禁不住對旁人發出感嘆道：“大總統登基稱帝始終是一個坎兒，就算段總長會鬧情緒，理應大總統也會再三勸留才是，卻沒想到終歸還是人走茶涼。”
有人自然是預料到段祺瑞會堅決反對袁世凱稱帝，但同時也預料到袁世凱一定不會在稱帝這段時間來對段祺瑞采取行動。畢竟要確保帝制萬無一失，輿論和聲勢肯定還是要做到位。再者去年才發生了袁肅辭去陸軍部次長一職的事例，如今國內反袁反帝制的聲勢又處于水漲船高的地步，最是需要做好表面功夫的時候，大總統自然不應該草率形事。
對于眾皖系將領們而言，在中央失去了一個主心骨，又要應付袁世凱稱帝所帶來的壓力，實在不是一件痛快的事情。
可即便如此，段祺瑞辭呈已經遞交了，本人也十分果決的開始收拾行李準備離京，甚至這段時刻因為鬧情緒，任何人前來拜訪都被拒之門外。那些門生和皖系的政客們紛紛嘆息不已，哪怕是想為這位老長官送行都不行。
也正是因為這件事，給原本就暗流涌動的京城私底下更添了幾分晃動。
不少北洋政府內部的老官僚們都禁不住猜疑起來，之前的袁肅辭職可以不當一回事，反正是袁世凱不信任自己的侄子，那是袁世凱性格上的問題。可如今連北洋最重要的元老段祺瑞都悍然辭職，帶著極其濃厚的情緒色彩與袁世凱決裂，這難道還不能說明一個問題嗎？
更何況如今并非只有段祺瑞一人因為反對帝制一事而選擇推出政壇，其中還有徐世昌、馮國璋等人。徐世昌早先察覺到風聲不對之后，便委婉的主動提出告老還鄉，馮國璋雖然沒有像段祺瑞、徐世昌這樣，但也是選擇了遠離北京，坐鎮地方，擺出一副對京城之事不關心的姿態來。由此可見，其實北洋內部不少人對帝制還是抱有謹慎態度。
這使得一些之前一直盲從擁戴帝制的人們禁不住開始反思，連那些老資歷、掌實權的人都對帝制如此擔心，自己是不是同樣應該多一個心眼呢？
諸如此類的想法并非空穴來風，隨著袁世凱宣布全國公投開始，國內原本是一片熱烈支持的聲勢，轉眼間就迸發出一股反對的浪潮，這自然讓許多擁戴帝制的政治活動家們感到意外。之所以擁戴帝制，無非是人云亦云，認為是國內大勢所趨。再者早先的時候南方革命陣營反對的聲勢極其微弱，幾乎可以到了讓人忽略不計的地步。可沉寂許久之后的突然爆發，多多少少制造出讓人大感意外的錯愕。
段祺瑞的辭職在這個時候只是一個導火索的作用，將北洋內部眾多官僚心中所潛伏的擔憂一下子勾了出來。
而隨著這些官僚迸發出來的擔憂，很快又引起了北洋各派系軍閥的蠢蠢欲動。
一直以來都有幾個遭到袁世凱“打壓”或者“控制”的軍閥，都在尋找機會打破目前的僵局，建立全新的北洋秩序。之前這些人僅僅只是私底下的抱怨或者盤算，本也曾計劃趁著南方革命陣營發起反帝制反袁的軍事行動之際，來一次“臨陣倒戈”來脅迫袁世凱就范。只可惜南方革命陣營的那些人實在不爭氣，前前后后折騰了這么久也才只有一點動靜罷了。
現如今總算看到了新的計劃，那就是北洋集團內部的許多官僚因為段祺瑞離職一事萌發出猜忌和人人自危，哪怕這僅僅只是少數人的小規模情緒，可也是一個難得的契機。人云亦云，一傳十十傳百，只要有人從中故意作祟，這種情緒很快就會愈演愈烈。
到了九月三十日，新華門總統府再次就帝制的進程召開發布會，宣布登基大典籌備處正式成立，籌備辦公室就設置在距離總統府不遠的中央公園。袁世凱委任孫毓筠為籌備處主席，朱啟玲為總籌辦長。當天下午，登基籌辦處在中央公園召開成立大會，到會者有周自齊、梁士詒、楊度及政事堂各局長等兩百余人，一番繁瑣的流程下來，籌備處各部門人事安排皆落實到位，而實際安排的辦事員人數已經超過了四百余人。
在隨后的一個月時間里，籌備處大張旗鼓為袁世凱登基典禮忙碌，由于事關“曠代盛典”，該處經費充足，辦公房屋之華麗，飲食之講究，雖最闊綽之交通部，也無法比擬。而這種闊張近乎浪費的籌辦方式，很快便引起了許多質疑的聲音。
于是袁世凱立刻指示部院，要求：“務以簡撙節為主”，“用副歸真返樸，軫念民生之至意”。但整個登基大典預算還是超過了五百余萬元，其中祭典費二十六萬元，修理大殿工程費一百零五萬，調度費一百一十七萬，饗宴費更是高達二十萬，各項接待費超過五十萬，犒賞費將近七十余萬，大禮關系費一百六十六萬萬。
在這五百余萬元的預算之中，許多費用基本上都是落入籌備處的親屬辦事員口袋中。籌安會主席楊度以及孫毓筠、梁士詒等人都連續向袁世凱呈交清算建議書，本來籌備處額定的辦事員最多不超過三百人，如今足足多出了一百多個閑雜人等。更讓人感到懷疑的是，這一百多個閑雜人等要么是某部長的弟弟，要么是總統府親屬，又或者是某督軍推薦的人。
所有辦事員在原有部職薪資的基礎上，都還有籌備處的額外津貼。而那些多余出來的辦事員，所享受的津貼卻比其他辦事員原有薪資加津貼還要多。
在這份《清算建議書》中，楊度、梁士詒等三人還算是保留了幾分情面，沒有把話說的太直接、太明顯，一方面自然是害怕得罪這些大員，另外一方面也是希望不讓此次籌備活動弄得內外不堪。所以僅僅只提及了關于津貼這一部分。
而事實上，此次籌備登基典禮的預算之中，許多公款是被任意挪用又或者是羅列出七七八八虛假的賬目。這才是預算費過高的真正原因，反而在《清算建議書》中只字未提。
盡管袁世凱現如今沉浸在即將登上皇帝寶座的喜悅之中，但是在看過這篇《清算建議書》之后，并非因為一時喜悅沖昏頭腦從而沒能看透其中真正的利害。中國目前一年能真正入庫的國家稅務都沒有五百萬之多，卻僅僅因為一個典禮儀式竟然要花費五百萬，實在是讓人匪夷所思，這其中的奢闊、浪費、黑幕肯定多不勝數。
只是袁世凱最終依然沒有嚴肅進行整頓，除了要保證典禮順利進行和讓一眾擁戴帝制的官屬嘗一嘗甜頭之外，更重要的一點還是不希望把事情鬧大。一旦外界大肆追蹤報道這件事，好端端的典禮喜事，到頭來卻變成了一次重大的腐敗事件，后果不言而喻。到了十月中旬，政事堂禮制館早已將皇帝登基、臣下朝賀、祭天、祀孔、臨朝儀仗等制度擬好。許多禮制全部是參考周朝和秦漢時期，不過再經過眾參議官和顧問的建議之后，袁世凱還是加補一道申令免除臣下覲見時跪拜禮。又過了幾天之后，袁世凱下令改總統府為新華宮。同時發行紀念金幣，金幣正面以他身著海陸軍大元帥服的頭像作圖案，并有“中華帝國”、“洪憲紀元”八字。還派人赴景德鎮燒“洪憲”瓷器。此外，冊封皇后和嬪妃，立皇儲以及選拔女官等皇家事務，都在進行，計日程功，只待擇吉日加冕登基了。