趙新先是那種頗有戰(zhàn)略直覺的企業(yè)家。在產(chǎn)業(yè)的每一個轉(zhuǎn)型點，他都能很早地意識到，并迅速地做出反應，但他在項目的執(zhí)行上則總是顯得“大而不當”。在一次又一次的布局和沖殺中，三九的企業(yè)規(guī)模越來越大，但是能夠給企業(yè)帶來直接效益的項目卻始終未現(xiàn)。在第三次擴張中，他的表現(xiàn)像一個巔峰已過、力不從心的老棋士，開局宏偉，中盤紊亂，尾局不堪入目。《新財經(jīng)》在一篇評論中分析說：“三九的專業(yè)化戰(zhàn)略讓人疑惑，制藥業(yè)屬于生產(chǎn)領(lǐng)域，連鎖藥店業(yè)務屬于流通領(lǐng)域，醫(yī)療健康更側(cè)重于服務領(lǐng)域，三項業(yè)務均和‘醫(yī)藥’有關(guān)，但實質(zhì)則截然不同，投資風險更大。”在某種意義上，三九的此次專業(yè)化回歸是一次缺乏深思熟慮、更具冒險性的賭博。
2003年，四處狂奔而無所收獲的趙新先和他的三九沖到了懸崖的邊緣。
5月，曼哈頓時代廣場上的那塊“999三九藥業(yè)”廣告牌被悄然拆除了。趙新先堅守了8年的夢想隨風飄逝。為了這塊廣告牌，三九每月大約需支付12萬美元，8年下來總金額超過1000萬美元，其的資金現(xiàn)狀已經(jīng)養(yǎng)不起這道昂貴的風景線了。
9月28日，《21世紀經(jīng)濟報道》刊登《98億貸款：銀行逼債三九集團》一文，披露三九共欠銀行貸款余額98億元，已經(jīng)陷入巨額財務危機。此文一出，頓時把三九的資金窘境曝光天下。接下來的1個多月里，“討債大軍”紛至沓來。三九總部一片混亂。一些性急的銀行開始封存三九資產(chǎn)，凍結(jié)質(zhì)押股權(quán)，并向法院提起了訴訟。三九在全國各地的數(shù)百家公司都成了銀行逼債的對象。做得最絕的是浙江湖州的中國工商銀行，索性凍結(jié)了三九湖州藥廠的銀行賬戶，將所有進入的流動資金全數(shù)扣押，造成藥廠資金鏈斷裂，生產(chǎn)經(jīng)營陷入停頓，只好宣布破產(chǎn)。對于所有企業(yè)來說，銀行信用的破產(chǎn)幾乎是無可救藥的。三九到了自創(chuàng)辦以來最驚險的時刻。
在這樣的時候，試圖自救的趙新先突然把矛頭對準了國有資產(chǎn)的擁有者。他認為：“三九負債率偏高的根源在于三九集團是一個怪胎。作為國有企業(yè)，其國有出資人是存在的，但卻沒有實際出資，沒有履行出資義務。對于三九集團而言，國家不僅沒有出一分錢，而且也從未享受過債轉(zhuǎn)股、貼息貸款等優(yōu)惠政策?！焙茱@然，已經(jīng)超過了退休年齡的60歲他不想再坐等下去了。他想利用此次財務危機，徹底，至少部分地解決三九的產(chǎn)權(quán)問題。在三九的產(chǎn)權(quán)問題上，他表現(xiàn)得非常搖擺，一直覺得三九是他一手締造出來的，甚至在一次中高層干部會議上對部屬說：“沒有我趙新先，就沒有三九。”這句話在某種意義上是不錯的。
在趙新先治理三九的相當長時間里，三九幾乎沒有受到過太大的約束和干涉。他所受到的待遇也是極高的，除了全國勞模、全國政協(xié)委員等政治榮譽外，還擁有軍中文職二級官銜，享受中將待遇，這在中國企業(yè)家中絕無僅有。不過，盡管他締造了三九，但三九卻始終不是他的。
但是，趙新先在很長一段時間里，沒有思考這個問題。1998年，國有企業(yè)改革進入攻堅階段，產(chǎn)權(quán)明晰化試驗一度受到默許，不少企業(yè)都開始嘗試經(jīng)營層MBO，南方的TCL、美的等企業(yè)先行一步而完成了產(chǎn)權(quán)改造。對此，他表現(xiàn)得很無所謂，對記者說：“三九是我做大的，MBO多此一舉?！钡胶髞恚_始意識到產(chǎn)權(quán)的重要性，但也僅僅輕描淡寫地說了一句：“這個問題我考慮沒有用，這要我的‘婆婆’去考慮才行啊?！?998年底，中央下達軍商脫鉤的命令，三九與解放軍總后勤部脫鉤，歸口中央大型企業(yè)工委管理。2003年，國務院成立國有資產(chǎn)監(jiān)督管理委員會，三九作為中國直屬187家企業(yè)之一，轉(zhuǎn)屬其管理。隨著“婆婆”的變更，他在產(chǎn)權(quán)改造上的主動性漸漸變得越來越小。
當2003年秋天的財務危機總爆發(fā)的時候，趙新先突然覺得這是一個可以利用的機會。他算了一筆賬：“三九發(fā)展到今天，上繳給國家的利稅是40多個億，上繳給銀行的利息是30多個億，上繳給上級將近10個億。這個數(shù)字跟三九在銀行的貸款數(shù)字相近，都在80億元左右?！庇纱耍岢隽藘蓚€要求：“一是實現(xiàn)出資到位的問題，解決50億元凈資產(chǎn)的最終歸屬；二是完成股份制改造，建立規(guī)范的法人治理結(jié)構(gòu)，最終完成激勵機制和監(jiān)督機制的完善?！痹谝淮蚊襟w訪談中，當有記者提問“三九如何走出困境，繼續(xù)去完成整合中國中藥產(chǎn)業(yè)的使命”時，他直截了當?shù)鼗卮穑骸安话盐业漠a(chǎn)權(quán)問題解決，三九沒有辦法去整合這個產(chǎn)業(yè)。只有三九把產(chǎn)權(quán)問題解決了，才有整合的力量、整合的動機?！?