后來朱溫隨著義軍一直打到了福建，在黃巢的統(tǒng)帥之下，他已經(jīng)日漸成熟了，也從一個小隊長被提升為了小校，也成為了義軍當中最能打硬仗的將領(lǐng)黃巢也對他格外器重，也經(jīng)常向他問計。朱溫從此看到了曙光，他覺得自己日后或許真的會很有出息，可是不幸的事情卻發(fā)生了，與朱溫相依為命的二哥在攻打廣州的時候中箭陣亡了，以此朱溫著實傷心了一陣子，但由一地當時的戰(zhàn)況相當緊急，根本就容不得他總是沉浸在傷心之中，戰(zhàn)爭的殘酷讓他迅速變得冷血起來，他把兄長陣亡的痛苦全部發(fā)泄在對陣殺敵之上。黃巢的義軍從北到南，由福建一直打到了廣州，橫掃了中國的東半部，極大動搖了唐王朝的統(tǒng)治。但黃巢是個很有雄心的領(lǐng)袖，他并沒有滿足于在南方的勝利，他是想揮師北上，擴大戰(zhàn)果。是年自桂州編木筏，沿湘江而下，進逼江陵，北向襄陽。唐廷得知黃巢將北上，遣宰相王鐸為南面行營招討都統(tǒng)，屯兵江陵，又任命李系為行營副都統(tǒng)兼湖南觀察使，統(tǒng)兵十萬屯駐潭州，“以塞嶺北之路，拒黃巢”。此時農(nóng)民軍連下永州和衡州，抵潭州城下，李系驚恐，緊閉城門。黃巢揮兵力戰(zhàn)，一日而下潭州，唐軍十萬人血染湘江。黃巢統(tǒng)領(lǐng)義軍乘勝追擊，以五十萬軍進逼江陵，王鐸奔襄陽，黃巢兵不血刃占據(jù)江陵，北趨襄陽。山南東道節(jié)度使劉巨容和淄州刺史曹全晸合兵，大破之于荊門，俘斬十分之七八，黃巢與尚讓收余眾渡江東走，這時劉巨容以“朝廷無信”停止攻勢，曹全晸正要渡長江時，朝廷命泰寧都將段彥謨代曹全晸為招討使，全晸攻勢亦止，段彥謨殺宋浩及其二子。詔任命段彥謨?yōu)槔手荽淌贰｜S巢轉(zhuǎn)掠江西，饒、信、池、宣等十五州。
廣明元年（880年）三月，高駢派驍將張璘渡江南下，狙擊黃巢，黃巢退守饒州。張璘乘勝進軍，五月，黃巢又退守信州。春夏之際，嶺南大疫，黃巢軍兵力損
失慘重，“死者十三四”，張璘窮追不舍，黃巢佯降，又賄張璘大量黃金，懇求他手下留情，高駢上奏朝廷，聲稱黃巢軍“不日當平，不煩諸道兵，請悉遣歸”。
宰相盧攜以朝廷名義，遣散了諸道唐兵。黃巢得知唐諸道兵已北渡淮河，立即與高駢絕交，五月又北上，乘勝攻占了睦州、婺州，張璘于信州戰(zhàn)死，六月，相繼攻克池州、睦州、婺州和宣州等地，七月強渡長江，兵勢甚盛。
廣明元年（880年）八月，黃巢軍擊敗曹全晟，渡過淮河，淮北相繼告急。高駢懾于其威勢，坐守揚州，保存實力。各州縣望風而降，十月，黃巢攻陷申州，入穎州、宋州、徐州、兗州。十一月，黃巢至汝州，十七日攻下東都洛陽，留守劉允章率百官迎接；十多天后從洛陽揮兵西進，僅激戰(zhàn)六日，十二月初三，攻下潼關(guān)，初四攻下華州，后抵霸上。初五（881年1月8日），唐僖宗帶隨從宦官田令孜等倉皇逃奔四川成都，田令孜恐僖宗見責，獨歸咎盧攜，貶盧攜為太子賓客。盧攜仰藥死。在這段時間里，朱溫也是官運興隆，由一員校官，被提升為偏將軍，成了黃巢軍事集團當中一名深受黃巢器重的得力戰(zhàn)將。
公元880年，黃巢的義軍轉(zhuǎn)戰(zhàn)浙西、河南，突破潼關(guān)天險，直逼向長安。唐僖宗得到消息之后，大為驚慌，趕忙又率領(lǐng)著文武百官匆匆的逃離了長安，躲避到漢中。在這一年的十二月，黃巢進入長安。在進入長安之后，由金吾大將軍張直方帶領(lǐng)余眾迎接。義軍進入長安城之后，秋毫無犯，深得百姓的敬重。群眾達百萬軍，入城后，軍紀嚴明，閭里晏然，曉諭市人：黃王起兵，本為百姓，非如李氏不愛汝曹，汝曹但安居無恐。廣明元年十一月（881年1月16日），即位于含元殿，建立了大齊政權(quán)，年號金統(tǒng)。
唐王朝并不甘心失去長安，因為長安是他們的大本營，如果這里要是丟了話，那唐僖宗可就真的沒有什么臉面去見自己的列祖列宗了。僖宗調(diào)集全國各地的兵馬，企圖一下子將新生的大齊政權(quán)消滅。僖宗命令宰相鄭畋為京城四面諸軍行營都統(tǒng)，率諸道官軍進攻黃巢。黃巢得知這個消息之后，便把朱溫召來說道：“朕今日命你前去迎戰(zhàn)唐軍，不得有誤。”朱溫其實在來的時候早就想好了應對之策，這時候他聽黃巢的話之后說道：“陛下，如今唐軍大舉反攻，這些自然都在陛下的預料這中，但現(xiàn)在的唐軍江淮的給養(yǎng)線已經(jīng)控制在我軍手中了，那眼下他們的給養(yǎng)則主要來自于荊襄了，眼下雖然陛下已經(jīng)登基稱帝，但現(xiàn)在咱們大齊仍是處于立基未穩(wěn)的狀態(tài)，沒有本錢與唐軍進行長時間的斗爭，只能速決速戰(zhàn)，但這個時候如果不斷唐軍的運輸之途，那我軍就總會處于被動挨之中，但眼下如果想要徹底解決這個問題的話，還得斬斷其根，就是斷其的給養(yǎng)線，依臣愚見就是我軍最好不要與唐軍在關(guān)中廝殺，而應該主動出擊，到關(guān)外去，截斷唐軍的給養(yǎng)線，給他們來個措手不及，防不勝防，讓他們不戰(zhàn)而退。陛下您以為如何？”黃巢聽了之后點頭贊道：“嗯，不錯，不錯，就依卿所奏去辦吧，朕任命你為東南成行營虞侯，率軍攻取荊襄路的要沖鄧州，不得有誤。”朱溫眼見黃巢已經(jīng)接受了自己的建議，心頭異常高興，趕緊跪倒施禮道：“臣朱溫謝陛下圣恩，臣當萬死不辭，竭辦報效陛下。”
朱溫拜別黃巢之后，率軍從長安出兵，一直來到了鄧州，朱溫領(lǐng)軍在這里苦戰(zhàn)一月，并且活捉唐鄧州刺史趙戒。這個消息傳到長安之后，黃巢很是高興，對朱溫大加贊賞，并且當即派人到鄧州宣布任命他為鄧州刺史，率其部鎮(zhèn)守鄧州，朱溫以
一個小小的無賴終于也成了一方大員了。然而唐王朝荊襄給養(yǎng)線被攻下之后，它在成都的勢力還是很強大的，唐僖宗逃到成都之后，利用唐王朝舊有的影響，號召天下兵馬進攻長安。還別說，還真有聽僖宗的命令的，其實這也是暗藏禍心，無非是在這場戰(zhàn)爭當中得點兒好處，比如多占一點兒地盤什么的。隨著入關(guān)同義軍作戰(zhàn)的官軍日益增多，起義軍被圍困于長安一帶，糧草根本就得不到補充，形勢一下子急轉(zhuǎn)直下，變得對義軍很是不利，形勢很是嚴峻。在這個危急的時候，黃巢又想起了朱溫，便將朱溫從鄧州召回了長安。在朱溫在鄧州的這一年里，長安里的大齊政權(quán)發(fā)生了很大的變化，這些所謂的大員起先不過是一介流民，待進得長安之后，每日里無非是花天酒地，為非作歹，完全不是以前爭天下的時候的情形了。有的大臣見黃巢很是器重朱溫，便對其很是妒忌，便想方設法的在黃巢的面前詆毀朱溫，以離間朱溫和黃巢之間的關(guān)系，并且建議黃巢削弱朱溫的權(quán)力。不過黃巢并不是一個糊涂人，他明白現(xiàn)在形勢很是嚴峻，他此時此刻是萬萬不敢讓這位大將寒心，從而在失去這員大將，雖然如此，但黃巢還是作了一個非常不利于大齊政權(quán)的決定。
由于當時大齊政權(quán)的主要威脅是來自于長安的西南部的漢中和東北部的河中，而黃巢也是知道朱溫是能征慣戰(zhàn)的大將，但將最艱巨的任務交給他，任命朱溫為同州刺史，不過這個刺史可不是那么好當?shù)模膊皇前堰@個官送到他的面前，而是讓朱溫自己率領(lǐng)軍隊把同州打下來再去當。朱溫對同州有所了解，他知道同州此時正是唐王朝所保護的重點，四面都布有重兵，即使把同州給攻下來了，如果后援部隊不到的話，那自己也是難以守住。想是這么想，但朱溫還是領(lǐng)命前往了。經(jīng)過一番浴血奮戰(zhàn)，朱溫終于攻克了同州，原來的刺史米誠逃奔了河中。可是朱溫雖然進了同州城，當上了同州刺史，但他的屁股還沒有坐穩(wěn)呢，附近的唐軍就像鐵桶一樣把這座同州城圍了起來，是圍了個里八層，外八層，圍了個水泄不通。朱溫知道自己不可以在這里久守的，如果時日長了，那可是相當?shù)牟幻睿闩扇孙w馬去長求救，并且還主動出擊，向河中地區(qū)進攻。可是由于河中地區(qū)的兵力太盛，所以朱溫的攻擊根本就沒有什么效力，無奈之下朱溫只好領(lǐng)兵退保同州，并且苦苦守侯黃巢派援兵來。大齊政權(quán)當中掌握樞要的知右軍事孟楷接到了朱溫的奏報，并沒有報給黃巢，因為他非常嫉妒朱溫的戰(zhàn)功，總是想方設法置朱溫于死地，這一次他正好借唐軍的刀來去掉自己的眼中之刺，肉中之釘，所以關(guān)于朱溫的奏報孟楷一點兒也沒有向黃巢提。
朱溫眼見救兵不到，心中不免有些憤憤不平之意，心道：“好你個黃巢，現(xiàn)在你已經(jīng)登基稱帝了，便不再是以前的黃巢了，我朱溫這些年來與你同生共死，與你出了多少力，我的二哥都為你死在戰(zhàn)爭當中，可是你現(xiàn)在竟然見死不救，真真氣死人也。”正在這個時候，守門的兵士進來向朱溫報道：“啟稟大人，城外有唐軍派來的人要求見大人。”“哦？”朱溫聽了之后就是一愣，問道：“他有沒有說他是什么人？”守門兵士搖了搖頭說道：“沒有，他只想見到大人之后再說。”朱溫沉吟片刻說道：“好吧，那你就帶他進來吧。不過要對他進行嚴密搜查。”“是！”守門兵士答應一聲退了出去。過了不大一會兒的工夫，從門外走進一人，朱溫抬眼一瞧，只見此人乃是一個文士打扮的人，一看就知道此人善于舌辯。此人見到朱溫之后，滿臉堆笑道：“敢問這位是不是就是黃巢手下得力大將朱溫朱大人吶？”
（本章完）