馬福祥還是一位熱心民族教育的人。在蒙藏委員會委員長任內，他在行政院會議上，提出了“設立蒙古地方教育行政委員會”和“給以邊疆教育基金”兩個議案，均被通過。又協助一些熱心回民教育的人士成立回民教育促進委員會。雖然這些在國民黨政府統治下，不過形同具文，但馬福祥的一片熱誠，是不可抹煞的。而且他確實親自動手做了一些實事，辦了一些學校。在他任寧夏護軍使時，於1918年在寧夏府城出資設立蒙回師範學校，附設高、初級小學各1所，共有各種房屋60餘間，全繫馬福祥“自置自修私產”。該校設有監督、副監督各1人，校長1人，教職員工16人，年需經費4500餘元，由馬福祥付給。這個學校從1919年秋開始招生，到1930年先後畢業學生五屆，約230多人，都到各縣從事教育工作。他還設立“蒙回教育勸導所”。到各縣提倡督促在回族聚居地方成立清真小學，到1920年，在寧夏道各縣先後成立回民小學59所。其中：寧夏縣高小2所、初小5所，寧朔縣初小5所，中衛縣初小2所，平羅縣高小2所、初小16所，靈武縣高小2所、初小4所，金積縣高小1所、初小8所，鎮戎縣（今同心）高小3所、初小9所。在校學生1230餘人。解決這些學校經費的辦法是：開辦費採用捐款的方式，常年經費用捐獻基金、學田、稅款等方面的收入。他自己率先捐白銀1500兩，在寧夏縣納家戶（今屬永寧縣）建高小1所。又給各縣象徵性捐款60兩、銅錢500多串，以示提倡，促使回族財主捐款辦學。1919年冬，馬福祥回臨夏路過蘭州，有兩名小學畢業無力升學的回族學生向他訴說升學的困難，請求幫助。他遂捐出大洋1500元、募捐2500元，交蘭州回民教育促進會，委託該會用此款作津貼，每年選派回族優秀學生到外省深造，該會用此款選出11名學生出省深造；後來此款被人貪污，馬福祥就直接供給這些學生學費。他還在陝西、在臨洮、在他的家鄉臨夏捐款辦了幾所回民學校，到抗戰前夕，僅臨夏韓家集中心小學就有學生243人，分校6處，學生500餘人。他還辦了一所云亭中學。
在馬福祥出省做官之後，所到之處，也對提倡回民教育不遺餘力。當時國民黨政府對回民教育的落後情況置若罔聞，引起回族上層人士和廣大羣衆的不滿，馬福祥曾委婉地指責國民黨政府：“同在青天白日之下，豈宜任其長期閉塞，獨抱向隅！”一些回族人士紛紛募捐籌款，開辦回民學校，得到馬福祥的支持。其中主要是：發起成立西北小學，扶植成達師範，參與擴建上海伊斯蘭迴文師範和敦化小學，發起創辦《月華》雜誌等。
發起成立西北小學。1928年秋，馬福祥在北平與一些回族軍政上層和知識分子創設清真中學於牛街，推馬福祥爲董事長。校址在“牛街舊守備署”，先招學生50名，當年9月開學。由馬福祥每月供給大洋40元，其餘募捐。到1931年，以校名冠以“清真”二字，不免狹隘之嫌，“倘限於教，量或未宏”，遂以馬福祥、孫繩武爲首，呈請國民黨行政院批準改名爲西北公學，並每月給補助費1200元。到抗戰前夕，該校有中學部6個年級，小學部6個分校，學生共約1000人。
扶植成達師範。該校是1925年由馬鬆亭阿訇等創辦於濟南，開始招收學生10人，後劉柏石任教，增招學生20名。1928年日帝制造“五卅慘案”，被迫停辦。馬福祥在北平聞訊，力主遷至北平，以他在東四牌樓清真寺後院房舍爲校址。此後，馬福祥不斷在經費上予以支持。據現任中國伊斯蘭教協會副主任馬鬆亭阿訇說：“成達師範自1929年春搬到北平後，當年秋天招收第二班，學生共64名，以後隔年招生一班。到1932年馬雲亭（福祥）去世時，師範部共招生三班，畢業一班，小學部兩班。每招一班，馬雲亭給開辦費500元。他還拿出一筆資金給北平的古玩商作股金，所得利息爲成達師範開支之用。成達師範的經費，一半是馬雲亭給的，一半是由中國回教促進會北平分會在各寺鄉老中募捐的。1931年，馬福祥從蒙藏委員會的經費中每月撥給700元，這是成達師範當時惟一的大宗收入。”因此，成達師範經費比較充足，規模逐漸擴大，課程內容也有革新。開設普通、宗教、社會、教育4個學科共24門課，培養了一大批迴族知識分子。
參與擴建上海伊斯蘭迴文師範，該校於1929年由哈少甫、馬福祥、馬晉卿、沙善餘、蔣星階等集資創辦，有三層樓校舍一所，下二層爲敦化小學，由沙善餘任義務校長，第三層爲伊斯蘭迴文師範學校，由校長達浦生主持校務。馬福祥去世後，該校經費日絀。達浦生於1934年赴寧夏請馬鴻逵資助，受到冷落，不得不悻悻而去，達浦生當時曾對別人說：“沒有馬雲老就沒有我們伊斯蘭迴文師範。馬雲老去世時，前後資助我校數萬元。現在馬雲老才故去兩年，馬少雲（鴻逵）主席就一個錢也不給了。真沒想到，雲老的兒子竟不像雲老！”抗日戰爭上海失陷後，學校停辦，1939年達浦生把伊斯蘭迴文師範遷到甘肅平涼，改爲“國立隴東師範學校”。敦化小學則於抗戰勝利後覆校。
發起創辦《月華》雜誌。1929年10月，馬福祥認爲“發行刊物，實爲振興吾教之要圖”。於是由5人發起創辦，公舉馬鬆亭董其事，馬福祥捐資籌備。據馬鬆亭說：“常川捐資，惟馬雲亭先生一人而已。先生自民國十八年10月以迄於二十一年6月，每月兌付百元無缺。”
馬福祥對於回族宗教學者的伊斯蘭教漢文譯著也十分重視。他前後出資翻印王岱輿、劉介廉、馬注、馬復初等人的漢文著述30多種。此外，他還擔負成達師範第一屆留埃學生的一半經費。他去世後，馬鴻逵尚能遵其遺囑，從遺產中拿出5000大洋送這些學生出國。馬福祥的夫人馬書城也拿出3000大洋，捐獻給北平新月女中。總之，馬福祥在回民教育事業上，的確做出了一些成績，這是不可否認的。有人認爲，他的錢還不是人民的血汗？但這比廣事搜刮而揮霍無度、斂財自肥的軍閥，總要好得多。他的兒子馬鴻逵和他就是個鮮明的對比。他熱心教育在客觀上產生的良好效果，是不可抹煞的。
四、思想探源
以上我們介紹了馬福祥的一生。現在我們再回過頭來進一步探討，他何以形成這樣的思想和言行？這就不能不從他從小受到的教育和影響談起。馬福祥的母親韓氏，是漢族女子，對子女管教甚嚴。福祥幼年在私塾讀書，其母不稍寬假，所以使他打下了較好的漢文基礎，也養成了一種勤奮好學的習慣。同時，由於河州僻處邊疆，民風強悍，有尚武精神。所以馬福祥一面讀書，一面習武，考取了武秀才、武舉人。稍長，追隨二兄馬福祿，受其思想影響很深。馬福祿爲人磊落，富於正義感，沒有回漢畛域和民族偏見，又由於中了武進士，對清王朝頗具忠心，因此當光緒年間河湟之變，他對起義回民擊殺甚多，結怨於當地回族，爲此他家的住宅曾被放火燒燬。但他對回民起事有自己的見解。據馬福祥對其幕僚說：“先兄生前認爲過去河州和循化，在清代三次事變中被官吏嚴酷剝削，以致民不堪命，才起而反抗；清朝官府，動輒以，操之過急，遂激成大亂。這也是因爲漢回人民之間長期存在猜嫌，所以遇機會即行報復。但是，事變擴大的主要原因，則是愚昧無知、好亂成性的阿訇煽風點火，利用宗教幌子，首先掀起新舊教派的糾紛，積不相能；後來又爲奸邪所利用，公然威脅羣衆造反，對漢民村莊攻佔、殘殺，從而引起回漢兩民族相互殘殺。”這其實也是馬福祥完全繼承下來的觀點。他因此不主張利用門宦擴充教派勢力，不主張黨同伐異。對西寧馬麒另創新教極表不滿，他對禮拜不很重視，對阿訇也是一般的待遇，不像西寧那樣擡高其地位，優厚供養。他有時也有一股正直作風。據說馬福祿在河州辦善後時，他的妻兄被人揭發有附從造反行爲，他馬上拿獲，拒絕親友營救，即處以死刑。因而被清朝統治者所賞識，認爲有“大義滅親”的嚴正作風。馬福祥的愛國心，則來自青年時代的實踐。庚子之後他跟馬福祿，同侵略軍拼殺過，馬福祿及其親族的戰歿，他是目擊者。據說他當時往見統帥董福祥，痛哭流涕，堅持解甲歸田。經董嚴斥，並勉以報國復仇大義，纔打消退志，繼續爲清室效力。民國以來，軍閥混戰，他處於各大軍閥明爭暗鬥的夾縫之中，在其中立足、生存和發展，的確費了不少心機。相比之下他僅有較小的實力，決定他必須充當“和事佬”的角色，調和各方面，而且的確制止了一些行將爆發的戰火，於國於民不無好處。馬福祥雖是武人出身，卻有很好的文化素養。他在西寧、寧夏、綏遠任職期間，即延請知名文人教讀，博覽經、史、子、集，臨摹名人法帖，爲當地士民書寫條幅，並簽有“戎馬書生”印章，以表示自己的志趣。他很看重讀書人，幕府中延攬知名文人甚多，平時經常相互攀談，無拘無束，遇有疑難大事，則虛心請教，對認爲正確的意見，也肯於採納，與專橫獨斷的軍閥作風大不相同。後來，也能詩能文，晚年還致力於著述。如在北平養病期間，整理他長青、主皖時之手札，合《觀淵亭記並詩》、《龍珠山雲亭記並詩》爲一冊，名爲《青島安慶留別手書稿》，復撰《積善堂訓誡子侄諸孫書稿》。還爲不少的伊斯蘭宗教著作題簽作序，予以刊行。1927年，他寫了一篇《誡子侄書》，所誡共八條：一、守家風，“傳家之道，惟耕與讀，其次商賈工作”；二、勤學問，“孔子之昭弟子也，孝弟謹信愛衆親仁爲要務”；三、修職業；四、崇禮法；五、尚節儉；六、存忠厚，“人人抱忠義之心，事事存厚道之想，己立立人，己達達人”；七、慎交遊，“友直諒可以寡過，友多聞可以進德”；八、遵教典，吾教認主獨一，儘性覆命。既然以此“誡子侄”，當然就是他一生立身行事的經驗總結。我們從中看出，這是融典型的中國士大夫思想與伊斯蘭教義於一體。而且在做了官、有了社會地位之後，仍以普通百姓之家的標準訓教子侄，這是值得稱道的。總之，馬福祥是個肯用腦子、具有思想的人物。他的主張民族團結、重視教育的思想以及他的愛國思想，都是值得稱道的。與終日花天酒地、動輒武力相向的軍閥，大異其趣。在其後輩中，只有其侄馬鴻賓在思想作風上與他有相似之處，其餘則等而下之，屬於另一類型的軍閥了。
據接近馬福祥的幕僚透露，馬福祥一生有兩件心事未償，成爲終生的遺憾。一是對小兒子鴻炳未得很好安排。他的兩個兒子，大兒鴻逵是原配夫人所生，小兒是妾馬青嵐所生，妾一直帶在他身邊，愛屋及烏，故對小兒十分寵愛。但小兒不爭氣，不好好讀書、做事，還染上吸鴉片的惡習。後母對馬鴻逵不好，因而他對弟弟也有芥蒂。馬鴻逵駐泰安時，馬福祥曾令他將三十五師師長之位讓給鴻炳，馬鴻逵堅拒。從此鴻炳無適當官職，成爲馬福祥的心病。二是推薦馬鴻賓任甘肅省政府主席，他卻不到一年便失去了這個位子。馬福祥原意是想讓馬鴻賓統一甘肅局面之後，他自己來當這個省主席，讓馬鴻賓做河西警備司令，以便進一步向新疆發展，當時的新疆省政府主席楊增新也正需要他的支持與聲援。寧夏一地，由其三兄馬福壽支撐就夠了。這樣，他就可以穩坐西北。但馬鴻賓丟了甘肅一地，他的計劃便成泡影。這是他1931年心臟病發的主要原因之一。可見他在政治上還是有一番雄心壯志的。
著名學者顧頡剛對馬福祥的評價是：“雲亭先生以武秀才努力自修，詩文書法造詣鹹深，集文武才能於一身。爲教中所希有。其一生篤學愛才，到處創立學校，回民思想爲之一變。”（《國防月刊》4卷1、2期合刊，1947年）曾入馬福祥幕府且有高度文化素養的馬廷秀先生對馬福祥的處事待人有一段文字，寫得中肯而凝練：
“馬福祥好讀書，善書法，留心時政，喜歡接近漢族中上層人士。幕府中所延攬的人中，有擅長時文的，有長於研究金石書畫的，也有專寫電文書札的，溫文典雅，蔚然大家風範。他自稱‘戎馬書生’，相識之人，詡爲‘儒將’。晚年自署‘賀蘭舞劍，青山立馬，滄海濯纓，長江觀潮’，敘其經歷。他長於交際，善於遊說，清朝的翰林進士，北洋的督軍、省長，以及國民黨的顯要如戴季陶、何應欽、陳果夫等人，相與往還，或訂爲金蘭，或親密交接，常語人：‘生平無不可言之事，天下無不可交之人。’這在他一生的政治生涯中，也取得了不小的幫助。他的處世哲學，崇尚黃老禍福相倚，‘知足不辱，知止不殆’之說，嘗親書《黃石公素書》，並以之規勸朋友，激勵部屬，訓誡子弟。他熟悉歷史掌故、封建禮俗。在寧夏期間，好整以暇，繼志述事，給他父兄請恤立碑，請名人書寫，精工鐫刻，在原籍建立碑亭，供衆瀏覽。爲父做冥壽，發啓徵文，揚厲踵華。”