爲表示支持這次南京會議的召開，五月十七日，袁世凱打電報給馮、張、倪三人，電雲：
“予自退隱田園，無心問世。不幸辛亥變作，強與諸君子出任國事，不避艱險，而心長識短，叢脞橫生。自滇省發難，遠近騷動，既無洞察之明，又乏應變之策，夙夜慚怍，早存退志。迭與政要諸人密籌善後辦法，衆謂對內對外，關係極重，稍有不慎，危亡隨之。近日唐繼堯、劉顯世、陸榮廷、龍濟光等以退位爲要永，陳宦亦相勸以休息，均獲我心，予德薄能鮮，自感困苦，亟盼遂我初服之願，決無貪戀權位之意。
“然茍不妥籌善後而撒手即去，聽國危亡，固非我救國之本原，尤覺無以對國民。目下最要在研究善後之道，一有妥善辦法，立可解決。該上將軍等既約同各省代表就近齊集，討論大計，毋任欣慰。時局危迫，內外險惡相逼而來，望將善後辦法切實研求，速定方針，隨時與政.府會商，妥定各負責任，使國家得以安定，不致立見傾覆，幸盼遏亟！”
明面上擺出一種超脫的高姿態，暗中卻調兵遣將，作最後掙扎。他命樑士詒負責趕籌軍費，命曹汝霖許日本以優厚條件交換政治貸款。
這個時候，陝西、湖南等地已經近乎失控，山東民軍鬧得也很兇，袁世凱首先擬定了一個“徵湘、定陝、固魯”的計劃。
計劃是派倪嗣沖爲徵湘統帥，事定後調王佔元督理湖南軍務，以倪嗣沖督理湖北軍務。派雷震春由河南進軍陝西。調開態度曖昧的靳雲鵬，派張懷芝督理山東軍務，對山東民軍進行鎮壓。
另一方面他準備調馮國璋爲徵滇總司令或內閣總理，籌備向西南護國軍再度發動全面攻勢。同時許張勳督理江蘇軍務，以換取張對自己的擁戴。
南京會議於五月十八日開第一次會，出席南京會議的十七省代表名單是：江西何恩溥、程用傑，山西崔廷獻、李駿，山東孫家林、丁世嶧，河南畢太昌、葉濟，奉天趙錫福、王恩洪，吉林張恕、戴藝簡，黑龍江李景林，湖南陳裔時，湖北馮煦、楊文愷，福建賈文祥，上海趙禪、王濱，直隸吳燾、劉錫鈞，熱河夏東驍，察哈爾何元春，綏遠熊開先，徐州萬繩栻，蚌埠裴景福。
從十九日至二十一日，連續召開開第二次、第三次、第四次會議，二十二日召開第五次會議，因無結果散會。
在首日的第一次會議上，山東代表丁世嶧提出袁世凱必須退位的建議，這當然是得到馮暗中支持的。
丁世嶧是辛亥年首先在山東策動獨立的人，籌安會成立前，他曾密呈袁主張改行帝制。湖南代表陳裔時附和丁的建議，各省代表也沒有反對，看起來，袁退位問題在南京會議第一次會議中已佔了極大的優勢。
不料當天晚上形勢爲之一變，倪嗣沖帶了三營衛隊趕來南京。倪本來已派了裴景福爲代表出席南京會議，他率領衛隊來開會，很明顯，他是受了袁世凱的指使，來掌控會議的。
倪嗣沖到南京後，五月十九日參加了第二次會議。
他首先發言，主張維持袁的總統地位。丁世嶧站起來反對倪的意見，湖南代表陳裔時、湖北代表馮煦、江西代表何恩溥先後發言，附和丁的意見。
倪氣勢洶洶地問丁說：“你是不是靳將軍的代表（這時靳尚未被撤職）？靳將軍是擁護中央的，你爲什麼私通南方？”
陳裔時代丁解釋說：“不是不擁護中央，而是君子愛人以德，也是爲了袁大總統。”
馮煦、何恩溥也隨聲附和說：“主張退位並不等於反對袁總統，而是爲袁總統設想。”
倪聽了後立時要翻臉，擔任會議主席的馮國璋一看局面緊張，趕快把話拉開，把會議主題列入“能戰始能言和”問題上。
張勳的代表萬繩栻先一天沒有表示意見，這一天卻完全支持倪的意見，反對袁退位。 由此其他的代表遂不敢對此問題發言，於是會議中對於袁退位問題便作不出結論。
關於備戰問題，倪與萬繩栻詢問各省能出多少兵？山東、江西和兩湖代表都不做聲。
河南：可出一旅。山西：無力幫助鄰省，財政亦無餘力。奉天：他省有事，可出兵兩萬。
吉林：斷言東三省因外交上無餘力出兵。如外患上用兵，可出兩千。直隸：如山東無事，可出兵一千五百人。
察哈爾、綏遠、黑龍江、福建、上海、寧夏、安徽等地均表示無力出兵。
袁世凱本想通過這次會議，從各地抽調一大批兵力征討護國軍，倪嗣沖纔有此一問。見到這樣的結果，也只能作罷。
五月二十日南京會議舉行第三次會議，馮國璋首先聲明：“關於退位問題，本會無權表決，應召集國會來討論決定。”
與會代表一致同意，可是又提不出召集國會的辦法。
五月二十一日的第四次會議和二十二日的第五次會議經過了一再磋商，才決定了丁世嶧的提案，且爲馮國璋所贊同的辦法。通電邀清獨立各省代表參加南京會議，解決總統問題。
倪嗣沖對於獨立各省代表共坐一桌開會討論是不贊成的。張勳一心想取得督理江蘇軍務，內心亟願把馮趕走，便和倪採取同一態度。
南京會議結束後，馮、張、倪聯合發表通電雲：
“雲南唐蓂賡先生、貴州劉如舟先生、廣東龍子誠先生、南寧陸幹卿先生、杭州呂戴之先生鑑：華密。天禍中國，自啓內訌，戰端一開，造成浩劫。已經獨立各省，困於杼柚，擾於兵戎，人民何辜，慘遭荼毒。其未獨立各省，亦復懼禍無日，望治無期。風鶴頻驚，難安啓處。同舟相敵，嫌釁日深。夫以我國介列強之間，承積弱之敝，整齊固結，猶慮不遑，豈堪一再摧殘，重傷元氣。無如舉事者之初意，本出於愛國熱忱，而現政.府之轉圜，亦抱定息爭主旨，徒以意見隔閡，不能融洽貫通，遂爾背道分馳，乖離愈甚。
“雖彼此久已停戰，而解決尚屬空言。軍隊有枕戈坐甲之勞，商旅有裹足柅車之戒； 百業停滯，衆議沸騰，內部分攘，國將不國。長此因循不斷，險象且百倍今茲。悲我者利用時機，已抉藩籬，而進窺堂奧，駸駸見逼，應付幾窮。倘不審度國情，速籌正當辦法，惟知謬執己見，日以語言文字相詰難，竊恐辯論方無已時，而主宰之權已不屬諸我國人之手。方念及此，心骨皆寒。勳、國璋、嗣衝忝荷仔肩，安危與共，值此存亡呼吸，何容坐視淪胥。
“昨經電約十五省將軍、巡按使，遣派全權代表，到寧迭次開會討論，僉謂今日時局，當以救亡爲前提，顧非統一，則無以救亡，非聯合，則難期統一。第推測外界之情形，軫念人民之苦痛，聯合統一之道，自以和平爲先。至於總統問題，關係國家存亡，既非五省片面所能主張，亦未便以十五省之心理爲依據，亟宜研究妥善辦法，以救危亡。今擬定南京爲集議地點，由五省選派政治法律專家爲全權代表，或五省共派數人，或每省各派一二人，訂期來寧，與十七省代表共同研究，議決實行。勳等討論告終，業已全體一致，欲挽目前之傾覆，宜視事實爲轉移。五省果具同情，當不堅持異議。中央宣言救國，尤必曲諒苦衷，併力圖存。時乎不再，用特通電布聞。接電後請迅速電覆，並派定代表來寧，曷勝翹企。張勳、馮國璋、倪嗣沖。”
張勳見此電後，覺得有些提法不符合自己的想法，便又以個人名義發表通電雲：
“據敝處代表回徐報告，此次江寧之會，馮上將軍於第一次會議提出三項問題；第二次會議時，業經各代表依次宣言，知各省軍民長官，多數皆以擁護中央，保存元首爲宗旨，是退位問題，已屬無可討論。且由馮上將軍主張，欲求乎和，非先以武力爲準備不可；所有應奮軍旅餉項，並經各代表預先分別擔任，馮上將軍並以前敵自認。敵愾同仇，可欽可敬。惟湖南代表有愛人以德之言，迨經倪將軍詳言辯詰，則亦無詞置對。足見公論所在，斷非個人私見所能違拗。
“不意第四次會議時，魯、湘、鄂、贛諸代表，竟於議案範圍以外輕遽發言，或以外人逼脅爲言；或以用兵困難爲說，輾轉波折，故甚其辭，幾將前經公決議定鐵案，一概抹煞，重行討論。顯見受人播弄，暗中串合，故與南方諸省同其聲調，必非該本長官所授本意。況靳、湯、王、李諸將軍，公忠體國，威信久孚，或軍當困難，百折不回；或地處衝繁，一心爲國。勳處屢接來電，莫不慷慨淋漓，令人起敬；而該代表竟敢擅違命意，妄逞言鋒，實屬害羣之馬，允當鳴鼓而攻。
“雖現在電致南方各省，令派代表到寧與議，覆電能否依從，尚難遽定。而我方內容，則不可不加整飭，以求一致。誠以退位問題，關係存亡，非特總統人才難於勝任，即以外交、軍政、財政而論，險象尤難罄述，如果國本輕搖，必淪胥俱盡；即使南方各省，果派代表到寧與議，亦當一意堅持，推誠相告，必不見聽，即以兵戒。倘內容不飾，先餒其詞，則國家之亡，有可立待。用此通電佈告，願我同胞，共相砥礪。設有非議此旨者，即以公敵視之可也！臨電迫切，無暇擇言。勳。有。”
南京會議的最後的結果，是讓各方都很失望。馮國璋沒有達成心願，袁世凱的事沒辦成，張勳也沒如其所願。是什麼問題也沒解決，以不了了之而收場。
但是，南京會議清楚的表明，袁世凱和他的政.府,已經不能控制大多數的未獨立省份。