雙方都用極富煽情的語調錶達了各自的立場，布萊恩呼籲：如果判決進化論勝利，那麼基督教就被毀了。達羅也用同樣深刻的話語指出：在這個法庭上，不是斯科普斯在接受審判，而是文明在接受審判！
激烈而精彩的辯論吸引了大量的聽衆，法官擔心聽衆會把小樓踩塌，只好把審判移到外面的草地上舉行。此舉也引出了一個小小的插曲，當時草地上懸掛著一幅標語，上寫“讀你的聖經”。達羅立即提出抗議，要求將此標語撤下，或者再懸掛一條同樣大小的“讀你的進化論”。法官只好下令取下標語。
因爲在辯論中的一邊倒的優勢，各方媒體都以爲進化論辯護的達羅贏定了，很多人因爲覺得沒有好戲看而提前離場，不料達羅卻採取了一個令人驚訝的措施。他竟然直接提請陪審團判定斯科普斯有罪，而只有判決罪名成立，他們才能上訴到高級法院以進一步擴大影響。達羅並且宣佈不做最後的陳述，這樣原告方布萊恩也不能做最後陳述，可憐的布萊恩爲了這個最後陳述已經累死累活地準備了好幾個星期了。
法官最終做出了選擇，他根據陪審團的意見判定斯科普斯有罪，並且處以100美元的罰款。當時有另一位被告律師問法官，是否可以送給他達爾文的《物種起源》。法官只好表情尷尬地說可以，結果引發全場大笑。
六天以後，獲勝的布萊恩在一次午餐後於午睡中去世，享年65歲，這應該是死於中風。有記者專門跑去問達羅，布萊恩是不是因爲打官司太累身心交瘁而死。達羅的回答很乾脆：“不是的，他是吃得太多撐死的。”
美國自由聯合會後來向田納西州高級法院提起上訴，結果100美元的罰款在上訴中被取消了，理由是法官無權決定罰款數額，藉此小問題，也推翻了該案判決。但高等法院沒有把此案發回重審，而是把案件直接撤銷。這對他們來說，實在是一件毫無意義的工作。
田納西州歷史學會把這件事刻在了一塊石碑上：
1925年7月10日到21日，縣立中學老師斯科普斯試圖解釋人是從猿變化而來的理論，觸犯了最近通過的州法律。斯科普斯被宣判有罪。
此記。
神創論者在這場審判中贏得了訴訟，但輸掉了形象。除了科學家們積極行動利用科學媒體宣傳進化論外，大量好奇的民衆也涌向代頓，這裡好像在舉辦一場嘉年華，傳教士們也藉此機會大力佈道，有人則牽來了猴子要上法庭作證。來自世界各地的作爲精英階層的記者們對此場訴訟主要是抱著看熱鬧的心態來攪場的；《芝加哥論壇報》刊登了一幅漫畫，加了一個諷刺性的但卻模棱兩可的標題：如果猴子可能投票，進化論將會得到更多的支持。畫面上對進化論持反對態度的猴子成了備受攻擊的少數派。經過各大媒體的渲染報道，反對進化論的宗教派力量被描繪爲保守愚昧和無知的化身，有人對審判結果直接用“臭名昭著”來加以形容。田納西州也因此而名聲掃地。當阿肯色州審議反進化論提案時，阿肯色州前州長就警告議會，如果通過反進化論提案，將會像田納西州那樣讓人譏笑。
當然，媒體上發表了持有明確的立場的人的文章，有的人文筆尖銳激烈，直接抨擊此次審判是科學家精心策劃的一場陰謀，並指責科學家的目的是使人類墮落爲畜牲。但這種觀點完全無法成爲主流的聲音，反而是失敗一方的律師所作的幾則發言成爲科學向迷信開戰的宣言書：
如果給在公立學校教授進化論定罪，下一步就會和報紙。不久就會讓教會之間互相攻擊，以自己的信仰替代別人的信仰。無知和狂熱不會停止，總是貪得無厭，永不知足。那會讓我們退回到十六世紀的黑暗時期，讓盲目的信徒用柴火燒死那些給人類帶來智慧和知識的人。
沒有人可以和真理決鬥，真理永遠不可戰勝，真理也不需要法律的幫助，更不需要政府的力量。真理是永恆和不朽的存在，不需要世俗力量的支持。相信真理的人會與真理同在，與進步同在，與科學同在，與智慧同在，與自由同在。我們與真理同在，我們從不恐懼。
但這種振聾發聵的聲音雖然沒有徹底震醒當時的人們，但也起到了積極的引導作用。雖然其他各州在這一審判結果的鼓勵下，不斷有人提出反進化論教育的法案，但通過審議寥寥無幾。田納西州的這個巴特勒法案從此也再沒有被提起來過，直到1967年被撤銷爲止。那時斯科普斯還活著，他親眼看到進化論取得了這場爭論的最後勝利。
但影響是不可小視的。1972年，對該校中學生所作的調查結果表明，四分之三的學生仍然相信“聖經”觀點，提示進化論的教學水平明顯下降。出版商因爲擔心教材銷路不好，儘量少提進化論內容。而教師們害怕受到處理，所以大多不敢公開承認自己相信進化論。科學界握有真理，但在這場鬥爭中卻敗於無形。
這場審判後來被改編成百老匯戲劇《風的傳人》，並於1955年開始上演，進而於1960年被拍成電影，並獲得四項奧斯卡提名，不斷向世人演繹著神創論與進化論綿綿不絕的鬥爭。其實這場審判並不是終點，它沒有影響到進化論的研究，但無疑影響到了進化論思想的傳播。直到1981年的“平衡法案”中，美國公民自由聯合會和美國科學促進會精心合作，一直上訴到聯邦最高法院，才聯手打了一場漂亮的翻身仗。
美國政府自20世紀60年代後，因爲與蘇聯之間的冷戰需要，開始加大科研投入力度，科學教育也得到了長足的發展，生物學教育也從中受益，巴特勒法案被取消了，進化論教學的地位自然得到了提高。
但神創論者的水平也在提高，並演化出了好幾個派別，其中有一派名叫“科學創世論”派，這是由一批基督徒科學家組成的派別，以莫里斯(HenryMorris)等人爲首的一批科學家提出了“科學創世論”。他們以字面意思理解《聖經》，然後努力在科學上找證據加以支持。比如他們相信地球只有一萬多年；化石是在大洪水時期形成的；人和恐龍曾共同行走在地球上等等，這些幾乎顯得愚昧可笑，根本不可能得到主流科學界的認可。但他們一本正經的研究卻矇騙了衆多普通讀者，得到了大量支持，這也是不爭的事實。
1981年3月13日，經過科學創世論者的努力，阿肯色參議院通過了“平衡對待創世科學與進化論”的議案，此即“平衡法案”；3月17日衆議院也批準通過此法案，兩天後經州長簽署生效，並被命名爲“590法案”。
美國公民自由聯合會對此立即作出反應，他們著手準備向聯邦地區法院提起訴訟，這同樣也需要一位起訴人，通過美國公民自由聯合會的精心安排，最後以小石城的一位牧師麥克裡恩(BillMclean)的名義起訴，因此本案又稱“麥克裡恩案”。
原告方擁有十名專家證人，其中包括生物學家、神學家、地質學家和歷史學家，著名的古爾德便名列其中。他們從各自的專業領域爲麥克裡恩的論點提供有力的專業支持。爲了提高影響力，還拉上了當地五個教派負責人充當聯合原告。
幾乎與此同時，路易斯安娜州也通過了一個“平衡法案”類似的法案，但美國公民自由聯合會沒有精力在兩條戰線上同時開戰，所以選擇先對阿肯色州動手。
起訴的理由中提到，“590法案”違犯聯邦憲法，違背了美國政教分離的原則，並且缺乏世俗的立法目的，明顯地在支持和偏袒某一宗教派別。“創世科學”自認爲科學，而實際不是。科學是一個非常具有專業性的領域，不是誰想來說幾句話都可以的。科學家們受過專業的訓練並且取得了專業的成就，他們當然才最具有在本專業領域內發言的資格。關於生命起源的問題也一樣，最有發言權的不是政治家，也不是宗教界人士，當然更不是民衆，而是科學家。
科學創世論也積極組織人力協助阿肯色州大律師對原告的指控一一進行了反駁。他們指出，“590法案”並沒有支持或偏袒任何一個宗教派別。因爲“創世科學”與“進化科學”的性質相同，都是關於生命起源科學模型，完全可以採用世俗的和非宗教的方式進行教學。這當然也不違背政教分離原則了。
可以看出，在“斯科普斯”案中，雙方辯論的是進化論到底算不算科學。而在“麥克裡恩案”中，轉而爭辯創世論是不是科學。如果不是科學，本著政教分離的原則，它不可以進入課本在學校講授；如果是科學，當然就有資格和進化論一樣，在學校裡進行講解。這正是雙方律師辯論的焦點所在。至於進化論和創世論的具體內容，不是他們關心的對象。
1981年12月7日，聯邦地區法院對這一案件進行了爲期十天的審理。基於科學創世論採取的策略，爭論的焦點也就在於判斷“創世科學”到底是不是科學，或者根本就是一種宗教信仰。
1982年1月5日，美國聯邦地區法院法官作出判決，宣佈阿肯色州的“平衡法案”是支持宗教的非法嘗試，顯然在用超自然的存在創造人類的觀點來支持宗教觀點，並且科學創世論已被進化論者證明爲神話，允許在課堂上講解相關內容就等於是在課堂中講授神話，這是對教育的負責任，應當取消。
科學界因此而非常興奮。《科學》雜誌不惜全文發表判決書，大力宣揚他們的此場勝利。科學界還料想，這一結果將給取消路易斯安娜州那個法案提供司法範例，取消另一個“平衡法案”當非難事。
但誰也沒有想到，對路易斯安娜州的訴訟進程竟然一波三折，經歷了比阿肯色州訴訟還要艱難的過程。
本來，科學創世論在路易斯安娜州的第一次訴訟中已經失敗，判決結果也與阿肯色州相似。但科學創世論者不甘心就此罷手，他們說服路易斯安娜州的大律師上訴到第五巡回法庭，要求撤銷原判。巡回法庭三人調查組經過審查後得出了維持原判的決定。路易斯安娜州大律師仍然不服，進一步請求由巡回法庭的全部十五名成員重新聽證此案。結果是，巡回法庭以八票對七票駁回了請求。
雖然科學創世論者再次敗訴，但他們從這個八對七的微弱劣勢中看到了希望。因此，他們決定把此案上訴到聯邦最高法院。