這一理論很好地解釋了種羣內的儀式性的爭鬥現象。所謂儀式性爭鬥，就是羣體之內的戰爭往往不是你死我活的戰爭。在人類看來，那似乎只是一種裝模作樣的儀式性質的，你張張嘴，我呲呲牙，或者大叫幾聲，比比誰的嗓門大；有的鳥兒們則抖抖羽毛，戰爭往往就可因此而搞定；像人類那樣大規模的互相屠殺在動物界還是一種極度罕見的醜事。並不是動物的道德高於人類，而是穩定進化策略在作怪。人類在火力裝備勢均力敵的情況下，往往也是採取這種策略的，這就是我們企盼的偉大的和平。
此前羣體選擇理論對於儀式性爭鬥的解釋是，雖然在爭鬥中殺死對手是一件比較有利的事情，因爲這樣勝利者可以獨霸更多的資源和配偶。但爲什麼它們沒有陷入無休止的生死搏殺的泥潭中去呢？因爲儀式性爭鬥可以避免無謂的傷害，而這對整個羣體的繁衍是有好處的，換句話說，大家爲了羣體的利益收斂了自己好戰的天性。
這種解釋，對於初涉進化論知識的讀者來說，極具誘惑力，表面上看來似乎確實如此。一個村裡的村民們也都知道和睦相處的道理，這樣一來，你好我好大家都好，難道羣體選擇理論有什麼錯誤嗎？
進化穩定策略理論不是這麼看待這個問題的，儀式性爭鬥並不被看作是爲了羣體的利益而作出謙虛的讓步，那只是久經沙場而形成的穩定策略。這裡根本沒有什麼謙虛的問題，當然更不是爲了羣體的利益，而只是因爲採取這種策略纔有可能更好地生存。不遵守此種儀式性爭鬥規範的個性張揚的傢伙早已青山埋骨、冢生蒿苔了。
有時面臨嚴重的威脅時，穩定策略也會被隨之打破。一羣獅子如果要搶奪另一羣獅子的地盤，則必將展開一場生死對決，斯文的相處和溫和的談判是解決不了任何此類事關存亡的重大問題的。
這本是一個自然科學的理論，後來被擴展到了經濟和政治領域，而且運用得相當成功，由此而導致博弈論的興旺發達。股市炒家不得不挖空心思地與其他炒家展開博弈並希望最終形成一種穩定策略以求最低風險。各個主權國家也都一再強調領土完整不容侵犯，無端挑起事端的行爲已相當罕見，國與國之間，也相應地形成了一種穩定策略。
道金斯在威廉斯等人工作的基礎上，經過整合前人的研究成果，於1976年系統地提出了“自私的基因”這一說法，基因選擇理論就這樣變得盡人皆知起來。
在道金斯看來，進化的過程不再是個體之間的恩怨情仇，而是基因之間的戰鬥故事。基因的目的只有一個，那就是不斷地、更多地複製自己。而那些閃動著肌膚光澤的個體只不過是基因的嘯聚之所，是基因臨時的、安全的和可移動的藏身之地。一旦基因複製任務完成，這個身體就會被當成一副臭皮囊而無情地扔進歷史的垃圾簍中。基因自己則義無反顧地在下一代身體中繼續傳遞，從不回頭。
個體的作用與意義被基因選擇理論毫不客氣地降到了最低點，每一個身體，無論長相是否英俊，個性是否張揚，舉止是否儒雅，都只不過是爲了保護好基因並竭盡一切努力把基因傳給下一代，身體的一切活動皆爲此目的而設。
換句話說，身體只不過是基因盲目製造出來的奴隸。
所以，道金斯明確指出：“選擇的基本單位，即自私的基本單位，不是物種，不是種羣，嚴格地說，也不是個體，而是遺傳的基本單位——基因。”“身體不是合適的選擇單位，身體只不過是基因識別自己拷貝的地方，身體的作用僅僅是保存基因的拷貝和製造更多的拷貝。基因並不在意哪個身體碰巧是它暫時的家。”
基因選擇論的成功並不只是因爲《自私的基因》一書的通俗易懂，而是因爲這一理論受到了大量生物學新成果的支持，人們可以直接在基因水平上發現很多自私現象。1983年的諾貝爾生理學獎獎給了玉米轉座子的發現者。這種轉座子，其實是一段可移動的基因，它可以在染色體上來回亂跑，也可以從一條染色體跳到另一條染色體上，從而改變了玉米的某些性狀。轉座子每到一個新的位置，都會對當地的基因功能造成一定的影響，當它離開的時候，又會把附近的一些基因一同帶走，這是典型的唯我獨尊的自私行爲。還有一種轉座子的行爲更爲惡劣，它本身並不移動，但是卻利用逆轉錄的手法複製大量相同序列插入到其他部位去，從而在染色體上增加自身的拷貝數量。
病毒也被看成是一種自私的基因分子，它們侵入細胞以後，會利用細胞中的一切可利用手段來爲自己服務，然後大量複製自己。當宿主條件還不錯的時候，病毒一般不會發作，它們會舒服地生活在宿主的細胞裡，過著衣食無憂的天堂般的生活，這就是潛伏期。一旦宿主的身體狀況發生改變，比如營養跟不上，或者健康狀況下降，或者年老體衰，不能爲病毒提供足夠的能量和優越的環境，病毒就會設法離開而尋找新的居住地，這就是病毒發作了。所以，感染了乙肝病毒或艾滋病毒的患者，如果要推遲惡性發作期，首先一條是要保證患者的營養跟得上。患者吃得好，病毒也就吃得好，吃得好脾氣當然就好，也就不好意思隨意發作了。
分子生物學的研究使基因選擇論的風頭壓倒了個體選擇論。自私的基因這種說法得到迅速傳播，成爲個體選擇理論最有力的對手。而且，個體選擇論本身也有一個嚴重的內傷，那就是，一些有利於生殖的性狀，往往是不利於生存的性狀。這已被實驗所證實，且不說人類的縱慾傷身的傳統說教，在小鼠身上也清楚地證明**次數和壽命是成反比的。
當然，這並不表明禁慾者可以長生不老。
這個內傷其實是達爾文自己早年提出來的一對矛盾，那就是性選擇和自然選擇是矛盾的。
但這並不是說個體選擇論者就可以束手就擒了。
哈佛大學古爾德在美國是一位大衆耳熟能詳的傑出的進化生物學家，更是一位著名的科普大師。特別是他的科普寫作，總能深入淺出地用輕鬆的文筆講解複雜的科學道理，涉及面極爲博雜，旁徵博引且文筆優美，是科學散文寫作的經典代表，他被美國國會圖書館列爲“在世傳奇人物”。他浩大的學術專著《進化理論的結構》則是對進化理論進行的一次集大成式的梳理和總結。在該書中，他對社會生物學和羣體選擇理論及自私的基因都進行了詳細分析和反駁，從而堅持了經典的個體選擇學說。2002年，古爾德因患癌癥去世，此前他已與癌癥戰鬥了幾十年，此間從沒有停止研究和寫作，這是另一種傳奇。
古爾德是個體選擇理論的強力支持者，他對羣體選擇理論和基因選擇理論都進行了嚴厲抨擊。此外他還寫下大量科普作品，對這兩種理論進行了無情的嘲笑。
古爾德是猶太人，這一民族性質決定了他不能像道金斯那樣徹底擺脫宗教信仰的影響。道金斯是一位決絕的無神論者，不惜利用一切場合與有神論進行激烈的辯論，所以被看作是一位好戰的學者，甚至被比作達爾文的新鬥犬。而古爾德相信科學與宗教是能夠共存的，兩者所在領域不同，原本可以互不干涉和諧共存。兩者之所以經常發生衝突，是因爲一方總想證明另一方是錯誤的。其實，科學本不需宗教承認，而宗教又無法被科學所證明。相互吵下去，只會永無安靜之日。
很少有人知道，古爾德還是一位馬克思主義者。特別推崇恩格斯和他的《勞動在從猿到人轉變過程中的作用》。古爾德批評西方不應因蘇聯的錯誤而否定恩格斯的自然辯證法。他支持哈佛大學的反對越戰的示威活動，並多次參加遊行示威，甚至與警察發生衝突。而那時，他已經是哈佛大學的助理教授了。古爾德是“科學爲人民”組織的成員，這是一個由反戰組織演變而來的激進團體，堅決反對種族隔離和性別歧視，也正因爲這一立場，導致了古爾德與另一進化論大師威爾遜的激烈爭論。這是下一章內容。
因爲羣體選擇理論已是江河日下，所以古爾德堅持的個體選擇理論面對的挑戰主要來自基因選擇論。特別是道金斯的《自私的基因》出版以後，這一理論傳播很快，也很得人心，從而成爲古爾德的頭號敵人。
古爾德指出，基因選擇理論把雞看成是一隻雞蛋造成另一隻雞蛋的通道，那隻雞隻是一個無足輕重的工具。基因就是這樣的雞蛋，而動物體或植物體，甚至是人，都只不過是基因製造更多基因的工具。個體是速朽的，而基因是永生的。這種說法雖然簡潔通俗，但是不能讓人滿意。
古爾德認爲，他找到了自私的基因理論最致命的缺陷：因爲自然無法對基因直接施加影響，用一句比喻來說，就是自然無法“看見”基因，所有的基因都戴著厚厚的面紗深藏在身體之中，而自然接觸的只是身體。所以，選擇的也只能是身體。如果自然要決定某一基因的去留，也只能以身體作爲中介來進行。