朱元璋的治國理念是復雜的，他是法道儒一起上。面對宋元以來天下綱紀松弛的局面，朱元璋制訂一套嚴刑峻法懲治不符合他的理念的官員；為了恢復農業生產，他制定低賦稅；為了統馭億萬兆民，他用道德的力量治理鄉村，帝國的每個村莊由村中德高望重的長老治理。那么朱元璋的治國理念究竟是什么？
朱元璋沒什么明確的治國理念，他所信奉的大概就是經世濟用，只要符合他的理念，他都會拿來用。中國歷史上一些偏差的發生除了長期的積習外，跟矯枉過正也有很大關系，矯枉過正在以后的歲月中還要重新矯枉。明王朝開國后，洪武皇帝那種偏激和喜怒無常的性格開始顯露，帝國的中樞開始承受他的重壓。
讓我們還是回到帝國最初的治理階段。面對百廢待興的新王朝，頭等大事就是農業生產。
大凡農民起義、改朝換代都是因為一些突發事件的發生和長期的積習導致農民破產，小民生產的不穩定性導致封建王朝周期性震蕩。元末商品經濟對農業的沖擊，自然災害的長期發生，加上二十多年戰亂導致人口減少和土地的大量荒蕪，如何快速的恢復農業生產是考驗帝國穩定性的首要前提。
恢復農業生產首先要應對的是流民問題，如何將農民束縛在土地上是當務之急。為此洪武朝編制了黃冊和魚鱗圖冊，黃冊就是今天的戶口本，上面不僅記載了個人的詳細資料，更是規定了世襲的職業，且世代不許換籍。魚鱗圖冊相當于今天的土地證，全國所有的黃冊都被集中放在玄武湖，所以明代200多年，玄武湖一直是皇家禁地。除了黃冊的編立，朱元璋還設立了里甲和糧長制度，進一步加大了對農民的人身束縛，帝國還同時限制僧人數量和沒收寺院的土地，40歲以上的婦女開始被禁止當尼姑，20歲以上的男子若想為僧還要通過帝國的考試。在對農民束縛的同時，獎勵耕種也在同時進行。
為了加大邊疆農田的開墾，帝國實行了開中法，也就是如果有商人運糧去邊疆充實那里的軍糧，就會獲取一定的鹽引，也就是買賣食鹽的專利，這種政策實施的結果就是大量的商人開始雇用勞動力去邊疆墾荒，到后來將北疆的駿馬販到關內也可以獲取鹽引，這又增加了帝國擁有的戰馬數量。為了鼓勵農民種糧的積極性，賑濟、免除賦稅和收取低額的稅率也成了帝國的國策，對于墾荒者不僅給予土地所有權和免除賦稅，而且還免費發給耕牛、農具和種子，但對于撂挑子的農民則是處以極嚴厲的刑法，洪武朝還把南方大批的人口遷到北方地廣人稀的地方墾荒。
跟墾荒相對應的是軍屯和興修水利，為了減輕農民負擔，各地衛所的軍士開始主動屯田，戰時作戰，閑時種地，大規模的興修水利使得普通農民能夠在水利的建設中成為主角，畢竟實踐者最有發言權，他們幾十年來的農墾經驗都在這個過程中得以采納，這無疑提高了他們的主人翁意識；跟對農民人身約束加強的是對手工業者控制的放松，輪班制的實行使得工匠有閑暇時間來從事其他事情，大大提高了工匠的勞動積極性。
抓農業生產的同時，洪武也開始了對豪強富戶的打擊，這次主要是針對江南的富戶。這些富戶在元末已經把持了地方政治，元帝國竟然也束手無策。一方面百姓交納賦稅，另一方面政府的稅收卻不見起色，可見天下的財富都到了誰的手里，明帝國建立后，這些江南豪紳仍想抗爭，但在強勢的洪武面前，這些抗爭顯得尤為蒼白，能夠保住性命已經不錯了。皇帝對他們處理的結果是全部沒收土地發給自耕農，遷到京畿居住，割斷他們與地方官府的聯系。
行伍出身的朱元璋在逐步取得天下的過程中加大了對文人的任用，文人集團設想把朱元璋改造到他們所希望的軌道上去，但這是不可能的事情，帝國建立后，監察的加強充分展示了朱元璋對文官的不信任，御史、給事中的設立標志著帝國開始用位卑權重的官吏來制衡文官。朱元璋是一個純粹的人，帝國是按照他那純粹的理想去治理，在他的眼里所有的官員都應該奉行孔孟之道、廉潔奉公、體國察民，所以他對稍有不法情事的官吏處罰是極其嚴厲的，洪武朝的官吏也是在這種沉悶的氣氛下戰戰兢兢。
中國古代帝國的治理體系通常是由帝王、文官、胥吏三級構成，除了奉行孔孟之道的文官集團，還有大量的基層胥吏，對于百姓來說，數目龐大的胥吏才是政府的代言人，這些胥吏通常文化不高，無法走科舉之路，且出身卑微，只能依靠這份工作養家糊口，他們沒有工資或者薪水低廉，有的還要依靠兼職才能勉強度日，他們上受文官的分派，下受百姓的敵視，他們的存活之道就是向百姓索取，昔日來朱元璋家里收錢的就是這類人，所以朱元璋對這類人的痛恨可想而知。
元代統治者由于不熟儒家文化，便將胥吏提拔到戰略高度，到了明初胥吏仍舊跋扈異常，帝國已經發生數起胥吏毆打上司的例子，雖然朱元璋對跟他理念不符的文官采取了極端的方式，但對數量眾多的胥吏卻無可奈何，朱元璋為了對付胥吏發明了一種嶄新的方式，那就是允許農民綁架為非作歹的胥吏進京城，且沿途官員不許攔截，還要負責進京農民的飯食，在朱元璋的支持下，帝國很快出現了兩位主角。
在朱元璋親自用口語化風格編寫的《大誥三編》中記載了這樣一件事情：趙罕晨是北平布政使司的一個農民，一天他和當地的三四十個農民把樂亭縣的主簿汪鐸還有一些其他官吏捆綁押送南京。原來這個汪鐸設計了一個項目，向農民攤派。行到半路上，王鐸向趙罕晨求情，述說著自己的痛苦往事和艱辛奮斗過程，趙罕晨并不懂這些東西，他們對帝王是信任的。到京后，朱元璋砍了這些官員的腦袋，血腥了的場面震懾了官吏，也震懾了這些農民，這些農民明白了，如果自己不好好種地，其結果也跟這些官吏一樣。
第二位主角是江蘇農民陳壽六，陳壽六受當地官吏顧英的迫害，陳壽六手持朱元璋親編的《大誥》將顧英抓起來押送京師，沿途攔截的官吏后來也受到朱元璋的處罰，朱元璋賞了陳壽六衣服和錢，并免除了他三年的徭役，并親頒圣旨對陳壽六進行人身保護，并警告陳壽六不許借此囂張跋扈，從此陳壽六成了帝國只受朱元璋領導的新型農民，并成為帝國千萬農民的楷模。
洪武十八年，皇帝頒布《大誥》賦予了農民新型權力，但整個十八年并沒有出現朱元璋預期的效果，帝國十九年，朱元璋采取了更為激進的鼓勵，在朱元璋的鼓動和明星農民的榜樣下，帝國開始出現朱元璋預期的效果，但隨后出現的過激行為導致朱元璋陷入深深的思索。皇帝親自處罰了因為不愿意種地而自殘身體的農民，和為了逃避賦稅、徭役而鞭打官吏的農民，在《大誥》的頒布下，逃稅、逃役的農民越來越多，更有一些農民開始無端沖擊地方官府，朱元璋也逐漸陷入地方農民一些雞毛蒜皮的扯皮上，朱元璋動搖了，在胥吏和民眾之間他無法找到一個滿意的平衡點。
從朱元璋賦予農民新型權力的這件事情上可以看出，朱元璋實行的實際上是一種自下而上的監督方式，他甚至對那些沒有按要求捆綁當地污吏的百姓也進行了處罰，但他也知道對農民放任的結果會出事，所以民眾對官員的監督也僅限于胥吏，對于更高級別的文官則只允許民眾控告，并沒有賦予民眾直接動手的權力，這件事情也使得朱元璋感覺到了治民的復雜性與艱難性。朱元璋對胥吏的整治體現了儒家道統的恢復性，但他對農民的號召又對儒家的等級觀念產生了沖擊。
在發展農業的同時，洪武朝實行了海禁，民間海外貿易被禁止，民間海外貿易的禁止對帝國的穩定有著良好的作用，它避免外部文明的干擾，它還可以保證充分的農業人口數量，避免糧食作物被大規模改種成經濟作物，其結果就是穩定帝國的農業生產。此時的海外貿易是以官方朝貢貿易的形式進行，但方明珍海上余黨和始于元代倭寇在海上的騷亂使得帝國關閉了明州和泉州的兩處市舶司，這兩處市舶司主要負責日本與琉球的官方貿易，而只保留了廣州市舶司，用于跟東南亞朝貢國的交往。
民間海外貿易的禁止和朝貢貿易的縮減一方面穩定了帝國的農業生產，另一方面也鞏固了海防，使帝國能夠騰出手來應對北方的戰事。
朱元璋有感于宋元以來綱紀的松弛，在帝國建立后開始逐步加強了皇權。中書省、御史臺、大將軍都督府相繼被撤，行政、監察、軍事權力被分散，改革中央權力的同時，朱元璋同時對地方權力進行改組，地方的行中書省同樣被一分為三，分為承宣布政使司、按察使司、都指揮使司，組織結構扁平化，這樣帝國的權力從中央到地方都掌握在皇帝的手中，權力的高度集中也漸漸使得朱元璋力不從心。
洪武十三年，他設置了四輔官，四輔官全部是由年事已高的鄉間老儒組成，這些老儒提供的更多是顧問的服務，皇帝既想有人來承擔政務，又不想賦予過多的權力，但這些老儒很顯然達不到皇帝的要求。洪武十五年，皇帝又設置了內閣大學士，內閣大學士仍然充當的是咨詢角色，軍政大權仍舊掌握在皇帝手中，洪武十五年的內閣也就是后來內閣的雛形。行政權力的變更始終沒有達到皇帝滿意的效果，軍權的分散也在帝國形成了將不知兵，軍無常將的局面。
洪武之治的結果基本符合他的要求，但這是一套僵硬的制度，洪武甚至規定后世子孫不得隨意更改他的主張，這使得這套制度在以后歲月中不能隨著情形的改變而靈活運作。從表面上看，洪武加強了皇權，但他沒有找到一種真正使皇權穩固的制度，這使得洪武之治就像一列在冰面上行駛的火車，面臨隨時傾覆的危險。