特科班共有學生近四十人，年紀在二十至三十之間，其中已有功名者不乏其人。蔡元培在特科班採用了一種書院式的教學法，即，由學生自由讀書，每天要寫札記送他閱批；每月終由他命題考試一次，評定成績，然後送學校總理鑑定。

1901年9月21日，蔡元培親擬《南洋公學特科班學習辦法》。

規定每天上課的7小時之外，學生可隨意看書，對於閱讀時的心得和疑義可做筆記，與札記一同呈交；札記須每七天一篇。

爲指導學生，蔡元培親自寫下他認爲的各門類科目應讀的參考書及讀書的次序，然後由學生們根據自己的志趣，選擇其中的一門或幾門科目按他所開列的書目按順序閱讀。此外，蔡元培還每天晚上輪流召兩三名學生到他的寢室進行個別談話，或向學生髮問、或讓學生自述學習的心得、或一起座談對時事的感想。

特科班在教學內容上，把西學放在很重要的位置。其功課分前後兩期，各學三年。前期功課有英文語法，數學中的代數、幾何、三角，物理，化學；後期功課還加上地理、史學、政治學、經濟學、邏輯學等。

蔡元培在講學過程中，在大力提倡西學的同時，注意引導同學們進行中西比較。他爲特科班學生所出的作業題目，多關政治、法律、道德、哲學、教育、時事等問題。

據蔡元培日記中所記，他給學生出的題目先後有：

“《論史事爲人類進化之資藉》、《讀道學家書分德行與性理兩類說》、《原法》、《論土耳其受保護於英之利弊》、《論罰鍰》、《論英國保護土耳其之得失》、《日本維新名士多出於陽明學派說》、《論信陵、平原、孟嘗、春申四君與其國之關係》、《律有自首免罪以公理證明之》、《擬外務部大臣移葡萄牙外部長書》、《宋明道學家同出孔子，而有宗教質性與哲學質性之不同試概論之》、《論秦漢重農抑商》、《論刑逼招供之非理》、《論法人佔土耳其彌低偏海島》、《宋儒論性有文理氣質兩種然否》、《遊俠平議》、《殷法刑棄灰於道辨》、《評英特之爭》、《俄皇大彼得遺訓於五條爲彼國二百年來外交政策之方針其中有已實行者試條舉以證之》、《論監禁與放流兩刑用意之異同》、《程正叔論寡婦再醮之非謂餓死事不小失節事大然再醮即失節乎以公理斷之》、《論者謂民智末開不能設議院然否？》、《外人目我爲君權無限辨》、《揭唐律今律之大不同而有關係者評其得失》、《論國家彩票富籤票之弊並陳籌還外債之策》、《論強國對弱國不守公法之關係》、《希臘蘇格拉第有知即德之說試申引之》、《論教育之關係》、《憲法精理著人民權利十三條以我國現行法制比較其違合之度》、《新民叢報公民自治篇舉廣東人自治之成績各任其例以所居本省之事證之》、《論立法、司法兩權分立之理》、《論國際公法之性質可以國家學中之民約論證明之》、《論改定鹽法及抵制洋鹽進口之策》、《斯賓塞爾言謬誤事中自有真理，試以所知之事證明之》、《普之勝法毛奇將軍歸功於小學校教育試論其理》……”

從這些作業題目中，可以清楚地看出，蔡元培所倡行的新式學風關注的範圍和研究的方向。在這裡，學習不僅已經不再是傳統地“兩耳不聞窗外事，一心只讀聖賢書”，也不再是坐而論道，而是具有強烈的現實意義和實用性。這其中的一些課題，其意義之深遠，即使放在今天來探討也並不過時、陳舊。

從這些作業題目中，也可以強烈感受到，一個優秀的知識分子具有的先見和透過時空的智慧。更能看到，蔡元培在教學上是如何的殫精竭力。

爲使學生們更好更快地瞭解各種西學知識，蔡元培在南洋公學裡還十分重視外語的教學。

他曾對特科班的同學們說：“現在中國被各國欺侮到這地步，知彼知己，百戰百勝，我們要知道自己弱點，還要了解國際情況。瞭解國際情況，就要通曉外國文，讀外國書。”

英文自然是要學，也特別重要，但蔡元培根據自己學習外文的經驗和體會，學英文難而學日文相對容易些。既然大多數西方著作，都有日文譯本，他建議學生不妨先學習與漢語較爲接近的日文，以瞭解世界大勢。

他親自負責日文教學，並將他本人邊學日文邊學著翻譯的方法，對學生們傾囊相授。在蔡元培的悉心指導下，很多學日文的同學“不數日，人人能讀日文，且有譯書者”，這件事在當時被很多人當成傳奇。

蔡元培在教書、編書之餘，還跟馬相伯學拉丁文。

每天一大早，蔡元培便從南洋公學走兩三公里的路，趕到徐家彙土山灣馬先生的住處。他是個習慣早起的人，有時，早5點鐘就到了馬老師的家門口。

後來，蔡元培又選了24名學生，一道師從馬先生學習拉丁文。

馬相伯（1840年4月7日—1939年11月4日），原名馬志德，聖名若瑟，又名欽善、建常、紹良，字斯藏，又字湘伯、薌伯等，晚號華封老人。

祖籍江蘇丹陽，生於丹陽馬家村（今江蘇丹陽），是一位傑出的教育家，是震旦大學、復旦大學、復旦中學、嚮明中學的創始人兼首任校長，耶穌會神學博士。

民國高官于右任、邵力子爲其弟子。後人輯有《馬相伯先生文集》。

此時，張元濟在南洋公學任譯書院院長，蔡元培常向自己這位同科好友借閱西學書籍和日文資料。來往多了，他們之間的關係更爲密切和志同道合，不時徹夜長談。

二人商定：合資創辦一份報紙，專門向國人譯述外國報刊對中國的評論和報道，初名爲《開先報》，後改稱《外交報》。

蔡元培爲該報撰寫《敘例》，闡明辦報宗旨：“薈我國自治之節度，外交之政策，與外國所以對我國之現狀、之隱情，臚舉而博譯之，將以定言論之界，而樹思想之的。”

此報於1901年10月發刊，張元濟爲主編，蔡元培負責撰寫論說、翻譯日文稿件。

不久，張元濟投資商務印書館，並向該館主辦人夏瑞芳建議設立編譯所，以拓展事業。

翌年，編譯所成立，張元濟推舉蔡元培兼任所長，負責組織編寫新式學校的各類教科書。

蔡元培積數年的辦學經驗，詳細制定了編撰體例，並邀請蔣維喬等擔任編撰，這便開始了蔡元培與商務印書館長達幾十年的合作。

在此期間，蔡元培編選的三卷本《文變》一書，由商務印書館發行。

此書選入文章四十二篇，近人之作居多，內容涉及當時知識界普遍關心的社會、政治、文化、倫理等問題。諸如《中國士流改進策》、《論義和團與新舊兩黨之相關》、《清朝興衰之關鍵》、《男女婚姻自由論》、《女子亟宜自立論》等等。所選少量古人作品，也“於新意無忤”。

儘管此書的用途是爲科舉改八股爲策論後，取代昔日的古文選本，但編者的主旨是使“讀者尋其義而知世界風雲之所趨”。充分反映了蔡元培，在文化教育領域銳意求新的思想。

前邊提到了，蔡元培續偶的五個條件，把絡繹不絕的說媒者紛紛嚇退，但終有好朋友關心蔡元培的再婚。

後來，有位姓林的朋友曾告訴蔡元培說，江西都昌的黃爾軒先生攜眷寓居杭州，黃的次女便是天足，且擅長書畫。囑咐蔡元培不妨託人探尋一下。

事也湊巧。不久。蔡元培還是因辦學之事，與友人童亦韓去臨安。路經餘杭，天色已晚。遂到童亦韓相識的該縣釐局局長葉祖薌府上投宿。

葉祖薌對蔡元培慕名已久，熱情款待。

飯後茶餘，葉祖薌拿出自己收藏的字畫。請來客觀覽。其中的一張直幅扇頁，所畫工筆仕女精巧細膩，落款的字跡也十分端秀，署款黃世振，引起蔡元培關注。

主人介紹說，這是他的同鄉黃爾軒之女。自幼得父親鍾愛，不曾纏足，卻自學繪畫，技藝不俗，經常賣畫以維持家用。尤其講求孝道，稱得上是賢能之女。

蔡元培聞聽後想起林姓朋友的話，當即表示出了傾慕之意，請葉祖薌從中玉成。 葉很痛快的答應了。說來更巧，黃爾軒之女黃女士也聽說過，蔡元培那驚世駭俗的續偶的五個條件，內心也欽佩不已，只是無緣得見。不出一個月。 蔡便與黃女士訂婚。

1902年元旦，二人在杭州舉行婚禮。這是個新舊參半、形式奇特的婚禮。一副繡著“孔子”兩個大字的紅色帳子，取代了浙江婚俗中，必須懸掛的福壽祿三星的畫像。但新婚夫婦仍按舊習。行三拜九叩之禮。歷來的鬧洞房的慣例，變成了一場規模不大的演說會。杭州學界人士宋恕、汪希、孫翼中、陳介石、葉景範等前來祝賀，並發表了即席演說。

蔡元培在開場白中說；“夫婦之道,極正大，極重要，無可引以爲羞澀。並無可援以爲諧謔之理。而近世東南諸省，盛行鬧房之俗，務以詭側謔浪爲宗，實不可解。然天下極謬誤事，其中必有真理，乃哲學家名言。竊意古者女子如歸，諸母有警戒之詞；初到夫家，舅、姑及戚家來者，亦必有以教之。《顏氏家訓》所謂婦初來，此其義也。流傳訛變，乃至如近日鬧房者之所爲。吾意欲改今復古，既承諸君不棄惠臨，敬乞各以意賜教。當銘之神鞶，水爲矜式。”

客人中雖多半是新派人士，但新派人士在某些問題上也可能很保守。浙江名流陳介石引經據典，大談男女平等。而另一著名人士宋恕，則不無調侃的提出，男女平等是不可能的。

他說：“倘黃夫人學行高於蔡先生，則蔡先生自應以師禮事之，何止平等？倘黃夫人學行不及蔡先生，則蔡先生當以弟子視之，又何以平等？”

在喜慶場合，誰說什麼，自當不必認真，但蔡元培在答詞中還是提出了他的看法：“就學行而言，固有先後，就人格而言，總是平等。”

黃夫人，名世振，字浣薌，號仲玉。是蔡元培家庭生活和事業的賢內助。對王夫人留下的兩個孩子阿根和無忌，視若已出，是個典型的賢妻良母。