既然不敢派兵討伐，隆武朝廷對任思齊的跋扈只能限于口頭上，經(jīng)過商議之后，隆武帝下了一道詔書，派人去南京譴責(zé)任思齊擅殺之舉，命令任思齊懸崖勒馬，停止殺戮南直的士紳。

對隆武朝廷的詔書，任思齊嗤之以鼻，當(dāng)即把使者趕了出去。于此同時，任思齊宣布響應(yīng)魯監(jiān)國的請求，派任興凡帶領(lǐng)大兵三萬攻打杭州。

三月二十日，任興凡兵臨杭州城下，擊潰了出城迎戰(zhàn)的八旗梅勒章京朱馬喇和綠營總兵田雄，于此同時，司馬南和奧利爾帶領(lǐng)兩支艦隊兵臨杭州灣，用艦船上的大炮轟擊杭州城。

杭州城內(nèi)的清軍不足萬人，對付浙東的魯王部隊自然是綽綽有余，可要對付崇明軍就不夠看了。

可是任思齊前端時日嗜殺的后果終于顯現(xiàn)了出來，杭州城內(nèi)的士紳們害怕城陷之后遭到崇明軍的迫害，積極組織家仆鄉(xiāng)丁協(xié)助清軍守城，使得守城的兵力達(dá)到三萬人之多，幾乎與城外的明軍相等。

司馬南派人把大炮運進(jìn)了錢塘江，猛轟杭州城墻，城上的清軍幾乎不能立足。任興凡趁機派人挖出杭州西城的城墻，埋進(jìn)上萬斤的火藥，一聲巨響炸開了幾十丈寬的城墻，崇明軍殺入了杭州城中。

崇明軍的戰(zhàn)力今非昔比，每個隊中火槍兵和長槍手?jǐn)?shù)量各占一半，大量的板甲裝備到軍中使得防御力大增。攻入城中之后，迅速擊潰了迎戰(zhàn)的一千多八旗，見勢不妙，綠營將領(lǐng)張杰率軍投降。經(jīng)過了一天的巷戰(zhàn)消滅了所有的清兵，殺死了滿清浙閩總督張存仁。

見崇明軍攻克了杭州，魯監(jiān)國忙派人前來，索要杭州。任興凡大掠了一番之后，帶兵退出了杭州。

四月一日，魯監(jiān)國進(jìn)入杭州，大封群臣，以任思齊立下不世之功封為崇明郡王，南直隸江南部分為其封地。

拿下杭州之后，魯監(jiān)國的勢力擴大到整個浙江，若再加上任思齊的地盤，幾乎能和隆武帝抗衡，于是便生出了稱帝的心思，被張國維等人拼命勸阻。

南京丟失的消息傳到了北京，曾一度引起清廷的恐慌，多爾袞仔細(xì)分析之后，認(rèn)為任思齊只是趁著南京空虛鉆了空子，其軍隊的戰(zhàn)力根本無法和八旗兵抗衡。

弘光二年三月（任思齊不承認(rèn)隆武正統(tǒng)，依然用弘光年號），也就是西元1646年三月，多爾袞再次派出三路大軍伐明。

東路軍以豫親王多鐸為統(tǒng)帥，包括尚可喜耿仲明的漢八旗，由兩萬八旗三萬綠營組成，兵出揚州，攻略東南。中路軍還是以阿濟格為統(tǒng)帥，恭順王孔有德為先鋒，連同平南大將軍勒克德渾的部下，兵出南陽，經(jīng)襄陽武昌，攻打湖廣的明軍何騰蛟部。西路軍則以豪格為主帥，以平西王吳三桂為先鋒，經(jīng)西安下漢中，攻打四川的大西王張獻(xiàn)忠。

先說多鐸，他帶兵四月到達(dá)了揚州，會合了準(zhǔn)塔的水軍，可是在瓜洲渡江之際，船隊被崇明軍擊潰，在崇明軍火炮的轟擊下，數(shù)以百計的江船沉在了江底。多鐸只能無奈的撤兵揚州，面對浩蕩的長江空自嘆息。

滿清靖南大將軍豪格和平西王吳三桂率領(lǐng)滿漢大軍五萬，于五月進(jìn)入漢中。九月，大西王張獻(xiàn)忠率領(lǐng)部下大軍十余萬離開成都，向北阻擊抗清，原大西軍將領(lǐng)劉進(jìn)忠為張獻(xiàn)忠猜忌，率軍投降了清軍，在劉進(jìn)忠的帶路下，豪格帶領(lǐng)大軍于十一月進(jìn)入川北。

十一月二十六日，豪格派護(hù)軍統(tǒng)領(lǐng)鰲拜等將領(lǐng)，分率八旗護(hù)軍輕裝疾進(jìn)，出其不意，對大西軍發(fā)起突然襲擊。二十七日晨，清軍隔太陽溪與張獻(xiàn)忠的大西軍相遇。面對這意外的突然來襲，張獻(xiàn)忠臨急應(yīng)戰(zhàn)，指揮大西軍馬步兵分兩面抗擊清軍。這時，清軍統(tǒng)帥豪格率大軍繼至，遣參領(lǐng)格布庫等向大西軍右翼進(jìn)攻，吳三桂率軍攻擊大西軍左翼。戰(zhàn)斗打得非常激烈，清軍將領(lǐng)格布庫等被農(nóng)民軍擊斃，大西軍也遭到了慘重的損失。

戰(zhàn)斗到激烈之時，張獻(xiàn)忠突然被暗箭射中，不幸身亡，大西軍頓時崩潰。

張獻(xiàn)忠死后，他的部將孫可望、李定國、劉文秀、艾能奇、馮雙禮等率領(lǐng)大西軍殘部向南，往貴州方向轉(zhuǎn)移。

中路清軍到達(dá)武昌之后，阿濟格先是擊退了占據(jù)荊州的忠貞營，然后打敗了何騰蛟與忠貞營的聯(lián)軍，何騰蛟退回了長沙。阿濟格出兵的主要目的不是攻打湖南，而是配合多鐸兩路夾擊南京。五月，阿濟格帶領(lǐng)滿漢大軍六萬余人，以勒克德渾為先鋒，乘坐戰(zhàn)船千艘，從武昌順流而下。

任思齊親自帶領(lǐng)水陸大軍五萬，在蕪湖擋住了清軍的去路。阿濟格營中的孔有德對水軍極為熟悉，針對崇明軍的堅船利炮，派出了大量的火船進(jìn)攻好在崇明軍對火攻并沒陌生準(zhǔn)備充分，才使得清軍沒有得逞。雙方連番激戰(zhàn)，相持不下，崇明軍火炮火槍犀利，使得清軍的陸路進(jìn)攻也無功而返。此時多鐸在瓜洲被茅十八水師擊敗，阿濟格無奈之下只能放棄繼續(xù)進(jìn)攻。

任思齊剛占了大量的土地，急于消化成果，對撤退的清軍也不追擊。

阿濟格退兵之后并不甘心，便派遣多路軍隊攻打湖南江西，試圖從幾個方向包圍南京。五月，綠營兵總兵金聲桓帶兵攻占了吉安府，九月，綠營兵將領(lǐng)高進(jìn)庫打下了贛州。贛州乃是福建江西湖南廣東四省要害，贛州的失陷意味著福建的門戶被滿清打開。

聞聽贛州失陷，隆武帝揚言要御駕親征，帶兵奪回贛州，無奈所有的軍隊都掌握在鄭芝龍兄弟的手里，總領(lǐng)大軍的鄭芝龍只想著偏安一方，并不理睬隆武帝的舉動。

黃道周眼見鄭氏家族按兵不動，軍隊諸部怯懦觀望，已過花甲之年的黃道周對隆武帝表示：“與其坐而待亡，不如君臣共出一拼。我為大臣，當(dāng)先于皇帝而行，以為人臣表率。”要先于皇帝北上抗清。

黃道周出錢，加上朋友資助，僅帶萬余兩白銀，攜數(shù)名弟子慷慨出征。福建各地義民聞之而附，近萬人加入他的指揮之下。這支拼湊起來的軍隊，全無作戰(zhàn)經(jīng)驗，剛出福建便被清軍擊潰，黃道周也被清兵生擒。