眼見前方?jīng)]有戰(zhàn)報傳來，皇帝對張經(jīng)漸漸懷疑起來，他便派嚴嵩的門人趙文華前去浙江督戰(zhàn)，趙文華一來到浙江便跟張經(jīng)發(fā)生沖突，他催促張經(jīng)出戰(zhàn)，張經(jīng)不從。趙文華便上書劾張經(jīng)“耗費軍餉，聽任倭寇害民，畏懼倭寇不敢出擊”，本就對張經(jīng)懷疑的皇帝接到奏書后便下令逮捕張經(jīng)進京訊問。就在這個時候，湖廣的苗兵到了，張經(jīng)讓盧鏜、俞大猷以及湖廣永順、保靖兩地的宣慰使派兵合圍，一戰(zhàn)下來斬首二千級，溺死者更多，海盜在松江的大本營被摧毀，他們乘船逃到了海外。

張經(jīng)的勝利并沒有打消嘉靖對他的猜忌，反而使得皇帝認為他是在趙文華去了之后才主動出擊，皇帝對他越發(fā)厭惡。張經(jīng)被逮捕進京，判死。

張經(jīng)跟歷史上很多悲劇英雄一樣就在于過于考慮自己的思想，不能夠?qū)⒌弁醯男湃魏妥约旱南敕ㄓ袡C的結(jié)合起來，一味按照自己的思路來，只能是空留余恨。比較之，那些比較靈活的人則更能夠獲得成功。

張經(jīng)的死總體來說對于御倭大局并無太大影響，因為他頭腦過于機械，如果在這個位置上一味干下去，對于御倭大業(yè)倒不見的是什么好的事情，但張經(jīng)的死卻給兩廣的土司兵和湖廣苗兵帶來消極影響，很快這些士兵再無興趣與倭寇作戰(zhàn)，不久便返回了駐地。

張經(jīng)死后，趙文華接替了他的位置，趙文華的經(jīng)歷就表明他對于備倭此等事情并不在行，他跟浙江巡按胡宗憲走的較近，胡宗憲根據(jù)海盜飄忽不定的特點提出主撫的方略，這一方略深得趙文華的認同，他在嚴嵩面前保舉胡宗憲為浙直總督。

胡宗憲將汪直的老母、妻子、兒子從監(jiān)獄里放出來接到了杭州，然后私下里派人去海上跟汪直接觸，胡宗憲跟汪直都是安徽績溪人，胡想利用這層關(guān)系在御倭問題上有所作為。使者帶了一些金銀，轉(zhuǎn)達了胡宗憲的意思，讓汪直捕賊自救，并答應封官晉爵。汪直要求開放海禁，胡宗憲的使者也應承下來，答應就此事回去通融。

汪直的毛病就在于過于幼稚，胡宗憲本身就是個靠別人吃飯的人，他的話能有多大份量，即使胡想赦免他，皇帝能赦免他嗎？即使皇帝想赦免他，那些御史、言官能赦免他嗎？

此時汪直的日子也不好過，朝廷正處于御倭階段，走私貿(mào)易也停了下來，幾場戰(zhàn)斗下來，自己也傷亡慘重，部下多有怨恨。人生達到了這個階段，汪直對財富已經(jīng)沒興趣了，他希望自己也能夠封妻蔭子，在家鄉(xiāng)父老面前榮光一把。

胡宗憲得到了汪直的口信，便將此議上奏朝廷，廷議認為如果汪直能剿除倭患可以考慮對他的安排。

這個時候另外兩個海盜頭子徐海、陳東包圍了桐鄉(xiāng)，將浙江巡撫圍困在里面。胡宗憲讓人帶著自己跟汪直之間的來往書信去見徐海，徐海看到汪直的書信后思想有些動搖。這時候派去的使者又開始挑撥說，陳東跟汪直已經(jīng)聯(lián)合好了，打算對付你，這樣，徐海對陳東開始戒備起來。陳東見徐海的營中來了朝廷使者對陳東也猜忌起來。

徐海要求官府給予財物，胡宗憲都盡量滿足，當官府將白銀、綢緞、米面送到徐海軍中后，徐海便撤了桐鄉(xiāng)之圍，眼見徐海撤兵，陳東便也撤了兵。

盡管徐海開始幫助朝廷捕滅海盜，但由于徐海、陳東在浙江的劫掠，朝廷對徐海、陳東已經(jīng)由主撫轉(zhuǎn)向主剿，當趙文華帶著朝廷的新旨意再次來到浙江的時候，胡宗憲心里便有了底。

胡宗憲先讓徐海將陳東綁來，然后乘夜派大軍攻破了徐海軍隊駐扎在海邊的基地，戰(zhàn)斗連續(xù)進行了七天，最后徐海溺水而死，他的部下基本上都被殲滅，如此海盜頭目只剩汪直一人。

作為主和派的嚴嵩、趙文華、胡宗憲此刻都希望能夠跟汪直和談，允許他們開始一些適當?shù)馁Q(mào)易，然后讓他們?nèi)ユ?zhèn)壓其他的海盜，達到以寇治寇的目的，因為這些人對?？艿牟啬涞乇裙俑懈畹牧私?。但發(fā)生在嘉靖三十六年（1557年）的趙文華被罷黜事件使得東南形勢更加復雜化了，趙文華本身是工部侍郎兼以御史領(lǐng)浙江事，他作為工部侍郎負責皇宮被焚毀的幾處大殿修復工作，但這幾處工期都得到了延誤，本就對趙文華綏靖政策不滿的嘉靖將他削職為民，不久趙文華死去?；实蹖τ谮w文華的免職實際上就是釋放一個強烈的信號，那就是對海盜不能姑息遷就，處于殿堂之高的皇帝考慮問題自然沒有那么客觀、理性，他只想看到結(jié)果，對原因與過程不感興趣，這也是作為臣子的為難之處。

趙文華的死標志著剛剛打開局面的御倭大業(yè)再次變得撲朔迷離起來，皇帝因為趙文華的問題開始遷怒嚴嵩，嚴嵩再也不敢提主撫的策略，身在前方的胡宗憲竟也體會到時事的危艱。

此時的汪直完全不知道大明王朝政局的那種微妙的變化，還是愣頭愣腦的將船隊開到舟山群島外海，他派人去見胡宗憲，聲稱自己來投降。這倒令胡宗憲為難了，接受汪直的投降對朝廷不好交待，自己也會人頭落地，抓了汪直吧，對御倭大業(yè)有影響，不接受汪直的投降也不可能，消息都已經(jīng)傳出去了。最終胡宗憲還是在汪直來后將其抓捕投入獄中，胡宗憲給皇帝打了個報告，說此事由圣上來處置，接到奏書的嘉靖將皮球又踢了回去，說汪直應由胡宗憲來處置，胡宗憲只好將汪直關(guān)在獄中。

汪直的部下確定他們的首領(lǐng)被關(guān)押后，他們開始知道上當受騙了，于是他們繼續(xù)進攻浙江、福建沿海的村莊，嘉靖將胡宗憲的部下俞大猷、戚繼光免職，并命令戚繼光、俞大猷在一個月內(nèi)撲滅海盜活動，如果不能完成這個任務，就會跟胡宗憲一樣逮捕進京問罪。

趙文華死后的御倭形勢并不樂觀，海盜們已經(jīng)沒有一個成熟的首領(lǐng)，即使有一個成熟的首領(lǐng)也不可能再信任官府，朝廷跟?？苤g失去溝通的渠道，只好采取消滅的方式來應對。胡宗憲似乎對海盜仍然采取綏靖的政策，在一次戰(zhàn)斗結(jié)束后，俞大猷主張追擊，但胡宗憲卻放這些海盜離去，為了此事俞大猷被安上作戰(zhàn)不力的罪名被逮進獄中，不久，就有福建籍的御史控告胡宗憲有意將海盜往福建趕，為的是推卸責任。

1559年，在汪直的殘余力量被撲滅，汪直沒有利用價值的情況下，朝廷下令將汪直處死。汪直在獄中曾上書說愿意帶兵剿滅倭寇，以求通關(guān)納稅，但并無作用，當他得知自己的死訊后，他嘆道：“吾何罪，吾死一人，恐苦兩浙百姓。”

行刑那天，汪直要求跟兒子見最后一面，汪直將束發(fā)金簪拔下來交給兒子，父子相擁而泣，哭完汪直拭去眼淚，不發(fā)一言，引頸就戮。汪直死后，其老母、妻兒沒入成國公家。

1560年是帝國御倭的一個分界點。在此之前汪直的殘余力量已經(jīng)基本被撲滅，剩下的一些人逃到福建和廣東兩省的交界處，跟廣東的海盜會合在一起開始在閩粵沿海騷擾。而在南直隸和浙江的盜匪則已經(jīng)不是以前的海盜，而是那些征募來剿倭的軍隊，在浙江的倭患已經(jīng)解除的情況下，朝廷勒令其解散，他們又成了新的倭患。

1560年的御倭行動是由一名叫戚繼光的人負責。戚繼光是山東登州人，出身世襲官宦家庭，其祖上原為郭子興部下，后跟隨朱元璋，在明平定云南戰(zhàn)役中，其祖上戰(zhàn)死，從此戚家世襲登州衛(wèi)指揮僉事一職，一直到戚繼光世襲到今天。從元代起山東就是御倭的大本營，1556年朝廷將戚繼光調(diào)到浙江來負責御倭事宜，戚繼光負責寧波、紹興、臺州等一線重地。戚繼光來到浙江后發(fā)現(xiàn)本地駐軍不能戰(zhàn)，客家軍軍紀又差，戚繼光決心招募一支新型軍隊，實現(xiàn)以浙人守浙土的原則。

戚繼光來到民風驃悍的義烏，他選了三千名礦工組成了他的這支新型軍隊，黃仁宇在他的著作《萬歷十五年》中寫道，戚繼光挑選士兵的原則是只收農(nóng)民，不收城市居民，凡臉色白皙、眼神輕靈、動作輕快的人一概拒之門外，這些人都來自城市的無業(yè)游民，一旦交鋒，不僅自己會逃跑，還會唆使周圍的人一起逃跑，一旦受到審判的時候他們又會嫁禍于這些言辭笨拙的伙伴。按照戚繼光的這個標準招進來的都是純樸可靠的農(nóng)民，戚家軍的這種純樸作風一直保留到戚繼光死后多年。在30多年后的御倭援朝戰(zhàn)爭中，以戚家軍為班底的薊鎮(zhèn)兵并沒有像遼東軍那樣驕縱，他們不搶功，而且總是打頭陣。

戚繼光的軍紀嚴明，他實行連坐法，一人退一人被斬首，全隊退隊長被斬首，隊長殉職而全隊退全隊被斬首。

倭寇雖然沒有騎兵，但是他們的集體作戰(zhàn)能力強，日本人的那種在下級群體中的嚴密管理模式在這場戰(zhàn)爭中得到了明顯表現(xiàn)，不論是作戰(zhàn)還是宿營，倭寇的小頭目都能夠?qū)ο录墤?zhàn)士進行嚴格的管理。在戰(zhàn)斗中，他們的偵察、進攻、防守、撤退都有一套嚴密的組織程序，他們注重團體的聯(lián)絡性，這點無論是在戰(zhàn)爭還是宿營中都有體現(xiàn)。他們在劫掠村莊的時候，一般派遣二十人的小部隊進入，用當?shù)厝俗鱿驅(qū)?，有斥候偵察，尖兵開路，分層次的展開兵力，他們在撤退的時候也有人接應，在與官軍作戰(zhàn)中他們也講究實攻與佯攻。

這些倭寇通常頭戴鬼頭面具，以海螺為號角，通常能令攻擊他們的人感到膽寒，作戰(zhàn)的時候他們有兩把刀，雙手握著一把長刀，增加砍殺的力量，另一支短刀插在腰間，用于攻其不備，每個人的后面還背有標槍，當標槍投擲過來的時候往往不知道這些標槍從何處而來。

作戰(zhàn)的時候，他們的指揮將一把折扇向上一揮，他們一排人將刀刃向上，刀背向下吶喊著沖來，這樣是為了麻痹對手。在對手的目光被那柄折扇吸引住的時候，那把折扇會突然調(diào)頭向下一揮，然后這些進攻者會“嘩啦”一聲將刀鋒全部轉(zhuǎn)向向下劈來。

針對倭寇的這種作戰(zhàn)方式，戚繼光采取了“師夷技長以治夷”的方法，他創(chuàng)立了戰(zhàn)法與倭寇相似的鴛鴦陣，這種鴛鴦陣也是小集體作戰(zhàn)，強調(diào)集體的協(xié)調(diào)性，每人配一把長槍和一把腰刀，它的特點是攻守兼?zhèn)洹＿@種鴛鴦陣竟然成了倭寇的克星，跟倭寇的戰(zhàn)法相比，它的優(yōu)勢就在于強調(diào)進攻與防守相結(jié)合的協(xié)調(diào)性，它不強調(diào)個人意識，完全強調(diào)的是集體意識，在這點上竟然比倭寇做的還要好。

1560年以后這些因為被遣散而成為頭匪的軍隊很快被撲滅，因為他們沒有海外的基地和支援。在1562年臺州大捷后，浙江的倭寇基本上被肅清，戚繼光帶著他的軍隊又來到福建。

1562年嚴嵩倒臺，胡宗憲受牽連也被捕入獄，但嘉靖依然支持胡宗憲所任用的這些將領(lǐng)，在戚繼光、福建總兵俞大猷、廣東總兵劉顯的齊心努力下，從1562年到1567年經(jīng)過五年時間的浴血奮戰(zhàn)基本上肅清了帝國的倭患，此時，從1547年到1567年歷經(jīng)二十年的備倭行動終于取得了勝利。

在整場御倭戰(zhàn)爭中高層一直存在著兩種路線的爭論，一是朱紈、王忬、張經(jīng)的主剿派，二是嚴嵩、趙文華、胡宗憲的主撫派。可以說主剿派實際上是夏言對外政策的延續(xù)，這種政策不僅體現(xiàn)在東南沿海問題上，也體現(xiàn)在北部防御問題上，而這兩種問題都是由經(jīng)濟問題引起的，我們也可以認為以嚴嵩為首的主撫派都贊同對蒙古和倭寇開市貿(mào)易，但嚴嵩顯然不會在皇帝面前提這種事情。

我們不能否認的是在御倭問題上最終還是嚴嵩一黨解決了倭患問題，因為正是他們的主撫政策誘捕了汪直，而汪直的被捕可以認為是整場御倭戰(zhàn)爭的轉(zhuǎn)折點，此后雖然倭寇兇猛，但已是強弩之末。還有個問題我們要搞清楚地就是皇帝在這個問題上的態(tài)度，皇帝究竟是主剿還是主撫，通過整場戰(zhàn)爭來看，雖然前期兩種觀點斗爭激烈，為此還連死兩位大員，但皇帝的心思還是主剿，雖然他也同意對汪直進行招撫，但那只是一種誘捕，高高在上的皇帝不可能跟這些海盜討價還價，他看的更是結(jié)果，他也不會對底情有更深入的了解，高層跟底層的思維方式根本不一樣。

為患二十年的倭患問題實際上暴露了我們這個帝國農(nóng)耕經(jīng)濟與商業(yè)經(jīng)濟的那種尖銳沖突，我們的海禁自然有它的道理，一方面避免了外部文明的干擾，另一方面，如果一味開海會導致越來越多的人從事海外貿(mào)易，越來越多的土地開始種植經(jīng)濟作物，這些都會帶來糧食的減產(chǎn)威脅到帝國的根本，恰巧在明末那個海外貿(mào)易活躍的年代就真實的發(fā)生了這種事情，它在一定程度上導致了帝國的滅亡；如果不開海禁，那么帝國與外部世界的沖突將會加劇，在我們的技術(shù)條件還達不到的情況下，也只有在保持農(nóng)業(yè)根本和維持與外界碰撞情況下求生存。