對于一個獨裁性質的政權，伴隨著權力的強化，往往是文化和意識形態的收緊。在一段時間里，蔡元培與蔣介石集團，除了民主與獨裁之爭，他的“教育獨立”的主張與蔣介石集團的“黨化教育”政策也越來越格格不入。
“黨化教育”，也被國民黨人稱之為“訓政”， 是指國民黨政權按照蔣介石“以黨治國”的主張提出的教育方針。
蔣介石集團的黨化教育，重點是中小學和中等師范學校，在全國范圍內，其時間上主要是1923至1954年，共31年。由于蔡元培等自由知識分子的頑強抵抗，抗戰爆發前國民黨的“黨化教育”在大學里則要寬松得多。
甲午戰爭后，嚴復提出了“公民教育”的概念。民國初，蔡元培擔任教育總長期間，政府編寫了中小學公民教材，此后，全國各地開展了轟轟烈烈的公民教育運動。
伴隨著封建的傳統道德理念和封建專制制度一起進入歷史，在新的歷史條件下重新規范人的行為，告訴人們，什么事能做，什么事不能做，什么事應該做，什么事不應做，也就是對民眾進行公民的權力和義務教育，這無疑是進入新的時代必須要做的事。
公民教育是獨立的，它并不需要對政府唯命是從、俯首帖耳，它所從事的是民智開啟和理性教化的事業，因此能夠幫助受教育者對宣傳保持較強的獨立思考和認知識別。
這種必須的公民教育和蔣介石集團的黨化教育是風馬牛不同的兩回事。
北洋軍閥時期，教育界具有一定的自主權。北洋政府對于學校管理基本上采取了“放任態度”，希望學生好好讀書，不要過多關心國家大事，以免造成社會動亂。可以說，這是蔡元培在北大提出“學術自由，兼容并包”的一個大的時代背景。
這一時期，稱得上是近代中國歷史上政治較為寬松的時期，從而也是社會思潮和學術思想最活躍、最開放的時期。
蔡元培曾感慨的回顧那一時期：“那時候，思想和言論的自由，真是達到近乎極點。”
1924年，國民黨在廣東建立了自己的政權，便著手對整個社會進行控制，其中一項措施就是推行黨化教育。主要是通過組織手段，將學校變為黨的政治工具，通過調換校長將非國民黨人管理的學校改為國民黨可控制的學校，在所有國民黨控制地區的學校開設“三民主義”之類的課程，灌輸國民黨的政治主張。
1927年7月,國民政府在廣州舉行的中央教育行政大會通過決議，要求所有大、中、小學的教職員和學生全部加入國民黨；另一項決議規定縣視學或督學兼任縣黨部組織部官員，到各校建立區分部和宣傳黨的綱領。
1927年8月，國民政府教育行政委員會制訂了《學校實行黨化教育草案》，為全國推行黨化教育的開端。草案規定，先在浙江、江蘇推行。規定以國民黨訓練黨員的方法訓練學生,以國民黨的紀律為學校規約;對學生灌輸“一個黨,一個主義,一個領袖”的法西斯主義,推行“忠孝仁愛信義和平”所謂“新道德”等。實質是要使學校教育國民黨化。
一些地方也聞風而動，如上海市成立“黨化教育委員會”；浙江省制訂《實施黨化教育大綱》，要求中學以訓練黨員的方法訓練學生，用黨的紀律規范學生的行為。
此種對文化教育的法西斯統治，一開始便遭到蔡元培等進步人士的抨擊。
1927年10月，光華大學校長胡適發起批判和抵制黨化教育。1928年3月，胡適、梁實秋、聞一多等人在上海創辦《新月》雜志，其《人權論集》直指國民黨的“訓政”。他們較早意識到了黨化教育的危害，要求恢復公民教育。
1928 年 5 月，在國民政府大學院召開的第一次全國教育會議上，在蔡元培的主導下，通過廢止“黨化教育”，實施“三民主義教育”的議案。從而部分恢復了公民教育，也在一定程度上實現了精英治校、教育家管理教育，但國民黨政府對學校的控制的狀況并沒有從根本上得到改變。
1928年9月15日，國民黨中央黨部指令全國學校增加黨義課。此后，北伐戰爭打到哪里，課程就開到哪里。
國民政府教育部的課程計劃規定，黨義是高等及初、中等學校全體學生的必修課。開始收斂北洋政府的“放任態度”，實行“嚴格主義”政策。
1930年12月，蔣介石以行政院長兼教育部長身份發布命令，針對此前青年學生積極參與自由民主運動，禁止學生罷課和舉行游行集會，要求學生埋頭功課，不問政治。
1932年，在各方的壓力下，國民黨政府雖然將黨義課改名為公民課，而黨義課的教學內容未變，是換湯不換藥。
1934年，國民黨頒布《大學組織法》，徹底取消教授治校制度。
抗日戰爭時期，國民政府相繼新建立了10多個國立師范學校，以培養人才所需要的師資，以開展國民精神總動員。在中等師范學校里，始終堅持黨化教育的同時，也插入公民教育的內容。
1940年國民政府教育部發布訓令，責令包括國立師范學校在內的國內中小學教師一律入黨，加強了黨對中小學教育的全面控制。幸運的是，沒有要求大學教授入黨，這是基于大學教授多元化、自由化和教授們的頑強抵抗。同年7月，國民政府教育部又發布了關于在學校內懸掛“忠孝仁愛信義和平”八字匾額的訓令。
1945年5月，國民黨第六屆全國代表大會通過了《促進憲政實施之各種必要措施案》，其中就有今后“各級學校以內不設黨部”一條，被認為是國民黨決心終止黨化教育的開始。但是，由于國民黨在內戰中的失利，轉守臺灣后，又曾企圖靠黨化教育鞏固“復興基地”。
2016年臺灣“大選”中的落敗，使國民黨的歷史一遍一遍被回溯，人們想找些線索、淵源。當眼光遠至國民黨初到臺灣時，那道“戒嚴令”無法回避。《臺灣省戒嚴令》由當時的臺灣省政府主席陳誠頒布，于1949年5月20日生效；同年12月，國民黨政府撤退至臺灣臺北。
戒嚴期間，人民自由與基本人權（尤其是言論自由）被極大限制，稱為“白色恐怖時期”；直到38年又56天后，蔣經國于1987年宣布“解嚴”。
在臺灣這38年是國民黨的威權統治。在教育上，政府強力推行黨化教育，“從娃娃抓起”，改造國民的意識形態。學校教育向學生灌輸忠黨愛國、效忠領袖等觀念，培養未來的忠黨精英和服從政府的順從國民，并設立青年組織“救國團”。
這是一種威權的、社會工程式的教育。由于威權的權力在倡導道德，它的道德合理性變得不容置疑，無論它再怎么專制、腐敗、殘暴，它也會儼然變成一個道德的化身。這種道德形象是不實的、有欺騙性的，它是一個精心包裝的神話，為的是達到對專制權力統治的維護目的。
在臺灣，對這種教育起到重要作用的是青年組織“救國團”，它的成立直接來自蔣介石于1952年3月提出的組織青年學習的號召，同年10月正式成立，隸屬于“國防部總政治部”，由蔣經國擔任主任。救國團成立時，蔣介石訓詞的第一條就是強調它的“教育”作用：“中國青年反.共救國團是一個教育性的組織……本團的教育和訓練方針，必須與國家的教育和文化政策密切配合，而每一個團員，必須在三民主義的最高指導原則及政府決策之下，加強革命信念，增進革命知識，學習工作方法，鍛煉堅強體魄，使自己成為文武合一德術兼備的人才，以擔負反.共抗俄救國救民的責任。”
救國團實際推行的工作包括：實施愛國教育、推行文教活動與建教合作計劃、青年就業輔導、學生康樂活動、社團輔導及海外華僑聯系工作；另一項重要任務是負責高中以上學校的軍訓教育，1953年7月“行政院”頒布“臺灣省高級中等學校學生軍訓實施辦法”及“專科以上學校學生軍訓實施辦法”，責成救國團具體負責校園的軍訓教育。
救國團不斷向青年學生進行思想教育，教導他們必須以領袖和國家至上，在其推行團務的會議中一再重申，“我們認為三民主義是我們立國的大計，是我們青年反.共救國的指標；總統是中華民族的救星，是今日反.共抗俄革命領導的中心；國家利益高于一切，我們必須信守國家至上、民族至上的大原則，以達成中興復國的大業”。
由于國民黨政權認為在大陸的失敗是因為青年的思想不穩以致受到國際共產主義的誘惑，因此救國團的第一要務便是實施愛國教育，統一救國思想，對青年實施軍事訓練，以完成所謂反攻大陸的中興大業，入團青年更必須宣誓將自己的自由和生命獻給領袖和國家。由救國團的成立宗旨和團章都不難看出國民黨政權對臺灣青年學生進行洗腦、控制和動員的意圖，“為達此目的，救國團常發給學生必讀的小冊子，舉辦各種與黨義相關的活動和比賽，寒暑假舉辦青年戰斗訓練營，推行青年守則運動，不時高唱‘主義、領袖、國家、責任、榮譽’口號，黨化教育鋪天蓋地席卷整個校園內外”。
除了成立救國團，國民黨還在大學設立國民黨知識青年黨部（為了避免批評，往往并不公開），中小學則設置“安全維護秘書”及校內書刊審查小組，用以監控校園師生的思想言論，防止出現言行不軌。國民黨還在學校課程中加入三民主義、國父思想或軍訓等科目；在國語文科、社會學科等學科更是灌輸忠黨愛國、效忠領袖等觀念，以培養未來的忠黨精英和服從政府的順從國民。
蔣氏集團的黨化教育，其實是一種愚民教育，也是對他個人搞個人崇拜的專制教育。已經成為臺灣的國民黨人的一個負面遺產。當然，這為后話。