他要讓所有士兵，都看到這桿大旗，都看到他。在這種最后關頭，什么都沒有用了，唯一可以依靠的，就是主將的決心與信念。
另一邊，高迎祥也做出了相同的事，他命令將自己的闖字大旗，高高舉起，吹響了所有的號角，擂破了所有的戰鼓，砸鍋賣鐵，破釜沉舟，一定要沖破官軍的最后防線。
這個時候，郝搖旗已經不知道沖到哪里去了，因為遠處還有很多地方傳來喊殺聲，黃龍替代了郝搖旗的角色，他殺紅了眼睛，十月的天氣已經很冷了，他卻脫了上衣，赤膊上陣，提著鐵斧，沖向官軍隊中。
官軍已經將所有的器械全部集中到這里，當農民軍沖上來時，官軍不再吝惜子彈，亂槍齊發，射出了最后一排槍彈，黃龍被擊中了臉頰，險些當場喪命，被人抬了回來。
幾員最能打的大將，紛紛倒下，或是失蹤，農民軍的陣線開始浮動了，人心開始崩潰，高迎祥十分清楚，這樣的后果，是全軍潰散，最后必然是全軍覆滅，于是他咬著牙，開始親自帶隊沖鋒。
在前一天的戰斗中，高迎祥傷到了小腹，受傷是很重的，但是他嚴令親兵手下，不得傳揚出去，只是讓人包扎了傷口，用布厚厚的包起，不讓血滲出來。
農民軍一見高闖王如此英勇，士氣大振，立時跟著他瘋狂猛撲，孫傳庭的人馬開始有點頂不住了，此時官軍人數上的劣勢，開始顯現出來。
孫傳庭知道，如此硬頂，最終他的人馬會損失慘重，敵不住對方的猛撲，到那時候，全軍潰散的，說不定就是自己了。
于是他下令，軍中撤開一條口子，讓高迎祥率人沖出去。
這條令一下，沈周先急了，他跑到孫傳庭面前，大呼小叫：“大人，眼看高賊就要被擒，這個時候，為什么下令放跑他？”
孫傳庭冷然看了他一眼：“軍令如山，有違者斬，退下。”
沈周看著孫傳庭那如同磐石一般堅毅的臉龐，不敢再說，只得退下去，命令自己的人馬，撤開一條口子，讓農民軍沖出去。
而農民軍這邊，一瞧官軍的陣營被沖破，興奮異常，馬上向這里涌過來，親兵們護著高迎祥，也沖了出去。
等到農民軍的隊伍沖過去大半了，孫傳庭這才下令，將口子閉攏。于是官軍一個沖殺，又將這個缺口牢牢扎住了。
此時困在谷中的，還有兩三千名農民軍，這些人一看官軍上萬人馬，又將谷道封死，而且高迎祥已經沖出去了，立時再無戰心，沿著谷道，向后面潰散而去，逃得滿谷都是。
沈周想要追殺，孫傳庭命令不要管這些人，在后面死追高迎祥。沈周這才明白，孫傳庭不是要放高迎祥，而是改變策略，變堵截為追擊。
要知道，堵截敵軍，必遭敵軍的死戰，而追擊則不然，敵人為了快速逃走，肯定不會回頭死戰，因此追殺起來，要容易得多。況且還有一條最重要的，黑水峪的山路，并不好走，高迎祥逃也逃不快。
孫傳庭想得不錯，農民軍自從沖出官軍包圍之后，一個個撒腳如飛，拼命狂奔，而高迎祥身負重傷，沒辦法跑起來，他的親兵抬著他，黃龍劉哲在兩邊保著，沿谷道而走。
沒走出十里路，后面的官軍便追了上來。
這個時候，高迎祥傳令后軍停步，拼死也要擋住官軍。
但是此時，他的命令卻意外的得不到執行了。
幾天以來，農民軍一次次拼命沖殺，而面對孫傳庭的官軍時，多數人已經沒有了斗志，此時沖了出來，更沒有人想再回去拼命了，現在大家的心里，都只有一個念頭，逃。
只要官軍沒追到自己身后，刀砍不到自己，絕不停步，一個勁的就是逃，逃，逃……
滿谷之內，都是潰散的農民軍，后面不時傳來慘叫聲，那是落后的農民軍被官軍追及，刀砍槍刺，殺死在當場。慘叫聲傳來之后，前面的人跑得更快了。
此時高迎祥的情況，卻越來越危急。
他已經幾乎陷入昏迷，失血過多，嘴唇焦裂，神智不清了。
劉哲一瞧，這樣跑下去，不是辦法，劇烈顛簸之下，高迎祥最后一點血，都會被流干的，幸好這個時候，天快黑了，谷中還起了一點寒霧，他向前面望了望，只見前面的谷道寬敞了很多，在谷道兩側的山上，有許多天然巖洞。
于是他與黃龍一商量，只好先進山洞去躲一躲，等讓過了孫傳庭的人馬，然后再潛出谷去。
黃龍也知道，這個時候再跑下去，高迎祥性命不保，只能先藏起來。于是他們趁著薄霧，帶著十幾名親兵，護著高迎祥爬進一個巖洞。
孫傳庭還在率軍猛追，沈周見天色已晚，請求歇兵，被孫傳庭斷然拒絕：“這個時候，只能一鼓作氣，不可半途而廢，傳令軍中，不生擒高迎祥，絕不休兵。”
官軍因為是追殺，個個也殺得性起，他們一邊殺著農民軍，一邊搶著這些人身上的財物，興頭很高，本來也沒打算停下，一聽軍令，說高迎祥就在前面，豈肯不捉，大家呼喊著，繼續追殺。
黑水峪的三十里山路，成了農民軍的斷頭路。
一路上盡是死人死馬，刀槍旗幟扔得滿谷都是，農民軍除了一小部分，約莫四千多人最終沖出了子午谷之外，其余的大半被殺，還有幾個高迎祥的部將一看不妙，就地投降了孫傳庭。
這一仗，孫傳庭完全擊潰了高迎祥的五萬大軍，但是最重要的一個問題，亂軍中沒有捉到高迎祥，也沒發現他的尸體。
孫傳庭一直追到黑水峪的盡頭，看著一小部分農民軍踏上平地，遠遠地逃了，他斷定高迎祥不在其中，于是便審問俘虜，這些俘虜很多人都說，看到親兵們抬著高闖王在他們的后面，沒有跟上來。孫傳庭明白，高迎祥已經負了傷，看來沒有逃出谷去，就藏在谷中。
于是他傳令，沿著谷中尋找，挖地三尺，也要將高迎祥生擒活捉。
經過一天的搜尋，官軍們終于發現了高迎祥藏身的山洞，十幾個親兵拼死抵擋，全部被殺，劉哲黃龍都受了傷，與高迎祥一起被擒。
當官軍們抬著被俘的高迎祥走出山洞，來到孫傳庭面前時，孫傳庭這才長長松了口氣，他看著擔架上幾乎要奄奄一息的高迎祥，輕輕地冷笑一聲，吩咐手下人：“好好治療他，不能讓他死了。”
沈周在一邊道：“大人，看來闖賊已經快不行了，這樣的人，還用得著費心嘛，以我看，當場斬了，傳首京師不就成了？”
孫傳庭搖頭：“絕不能當場斬首，無論如活，我也要將活人送到圣上面前。”
沈周皺了皺眉：“您要獻俘，讓圣上高興高興。”
孫傳庭道：“幾年以來，流賊氣焰沖天，十分囂張，以闖賊為首，橫行天下，殺人無數，甚至還毀了圣上的祖陵，如此深仇大恨，圣上豈會不報一報？傳首京師，未免太便宜闖賊了。我要讓圣上看到活人，這樣圣上定會傳旨，在京城之中處死闖賊。這對于官軍的士氣，是一個極大的振奮。而對于流賊，則是巨大的震懾。”
沈周這才不說什么了。
孫傳庭剿滅了高迎祥的大軍，立時傳令，全軍沿來路，退出谷去，以防秦軍前來攻打。
他十分清楚，這個時候的官軍，已經是強弩之末了，經不起任何人馬的沖擊，更何況是兇悍異常的秦軍，他所在的地方，離西安已經不太遠了，秦軍一旦得到消息，肯定會派重兵，前來解救高迎祥的，自己能吃掉高迎祥的人馬，已經是萬幸，見好就收吧。至于秦軍，只要等著農民軍被壓下去之后，秦軍也便支持不了多久。
于是大隊官軍，押送高迎祥，向南出谷而去，半路上正遇到范雎，此時他已經接應到了蘇單，一見孫傳庭生擒高迎祥，全殲農民軍，不住地向他道賀。
孫傳庭倒沒有沾沾自喜，他讓蘇單前去回復子義，說自己已經滅了高迎祥，多謝他的這條好計，日后定當重報。
蘇單得了些賞，帶著自己那些隨叢，打馬向華陰去了。
這條消息，震驚了天下，孫傳庭以前威名不著，官軍和農民軍中沒有多少人知道他，但經此一役，孫傳庭名揚天下。
崇禎皇帝接到了孫傳庭的奏報，一時還不敢相信，他萬萬沒想到，孫傳庭以所部兩三萬人，居然全殲了高迎祥的五萬人馬，還將高迎祥生擒活捉，要來獻俘。他甚至派了太監到孫傳庭那里，查看是不是事實。等到有急報回來之后，說確實生擒了高迎祥，崇禎這才相信。
他大喜之下，重賞孫傳庭。崇禎封孫傳庭為陜西巡撫，握有兵權。因為這個時候，陜西的大部分，都被秦軍占據，因此孫傳庭這個巡撫有點有名無實，但是也可以看得出來，崇禎對于陜西的重視，而且下一步的計劃，就是讓孫傳庭奪回西安，剿滅秦軍。