國民黨議員谷鐘秀會上發言，憤怒譴責袁政.府違法行徑，并提出動議："政.府違法簽約借款，咨謂查照備案，本院決不承認。"
這一動議獲得眾議院通過。
但事后共和黨議員又企圖翻案，以致在五月七日的眾議院會議上發生國民黨和共和黨議員的激烈爭執，會場大亂，幾乎釀成武斗。
八日，袁世凱政.府又向參、眾兩院發出咨文，以列強逼債相威脅，要求兩院承認大借款。正在商談合并的共和、民主、統一三黨聯合起來與國民黨作對，致使善后借款案在國會被擱淺。
在社會上，革命黨人和輿論界也紛紛口誅筆伐，譴責袁政.府違法借款。
黃興和南方國民黨掌握的安徽、江西、湖南、廣東四省都督柏文蔚、李烈鈞、譚延堃、胡漢民以及省議會也紛紛聯電抗爭。指斥袁**"私借巨款"，"弁髦議會"，"以前清專暴所未敢出者，竟見諸民國之政.府"，"凡有血氣，孰不發指毗裂"。
孫中山在借款成立以后，再次與匯豐銀行交涉，要求停止向袁政.府交款，同時向歐洲各國政.府、議會發出呼吁："（袁政.府）一旦巨款到手，勢必促成悲慘之戰爭，……奉懇各國政.府人民設法禁阻銀行團，俾不得以巨款借給北京政.府"，要求其取消對袁政.府的借款合同。
六月，國民黨黨部發表反對借款的宣言，駁斥了袁世凱所謂大借款已于去年十二月獲參議院通過的讕言，表示"但使共和制度一日尚存，則一日不能承認此違法簽約之借款"。
初建的民國，本就是多事之秋，現政局又被善后借款案攪動得越發風云激蕩。
袁世凱的態度極為強硬，一方面親自出馬發表通電進行彈壓，指斥國民黨反對借款是"包藏禍心，思借端煽惑，傾陷我四萬萬人民共有之民國"。并對反對借款的皖、贛、湘、粵四省都督下令嚴加申斥，指斥他們反對善后借款是"上無道揆，下無法守"，是"惟恐國之不亡，亡之不速"。
威脅四省都督說：“都督是現役軍官，有絕對服從之必要。今四省都督，似此張皇宣告，熒惑人心，國事更將何賴。"
另一方面又指使其死黨跳出來發聲，大罵國會反對借款是"不顧大體，無理取鬧"，攻擊國民黨是唯恐世界不亂的"奸人"。
共和、民主、統一合并而成的進步黨，于五月底成立后，立即充當袁世凱的馬前卒，指責國民黨反對借款純系一種"別有用心"的"手段"。
參眾兩院中國民黨和進步黨，也為善后大借款爭吵不休。
眾議院里，議長湯化龍則替袁世凱站臺，聯合四十八位前臨時參議院議員發表通電，證明一九一二年臨時參議院通過了大借款說明文件。國民黨議員反駁說，說明文件不是合同，善后大借款數額、條件等內容未經國會批準，就是違法。
國民黨和進步黨系都不肯絲毫退讓，對抗激烈。湯化龍夾在國民黨和袁世凱之間，左右不是。恰好其祖母病逝，干脆借口奔喪回了湖北老家，離職而走。
接替湯化龍主持眾議院的副議長、共和黨員陳國祥可就倒了霉。五月七日，眾議院又針對大借款案吵個沒完。
會間休息時，一批進步黨系議員紛紛趁機離開，重新開會時議員已不足法定人數。
陳國祥正準備借此宣布會議延期，國民黨議員谷鐘秀勃然大怒，跳上演講臺，破口大罵陳國祥是“袁氏走狗”、“亡國議長”。
正罵得熱鬧，臺下一名議員拿起一塊大銅墨盒向議長席擲去。銅墨盒從陳國祥頭上飛過，誤擊在五色旗上。
另一位議員一邊大聲呼喊“打死此狗議長”，一邊揮拳而出，結果沒打到陳國祥，一拳打在坐席上，自己的手都打傷了。
陳國祥本是翰林出身，哪見過這等陣勢，在警衛保護下落荒而逃。
國會的政治辯論從動口變成了動手。到了六月初，兩黨圍繞大借款案的辯論已有一個多月，期間暴力沖突三次。
有人認為：議員們演說洋洋灑灑，其實各方觀點早已表明，后面不過是沒有意義的重復而已，只是為了反對而反對。
本來，第一屆國會的主要任務是制定憲法、選舉總統。可如今兩個多月過去，除了選舉議長，便是圍著大借款案扯皮。制定憲法、選舉總統的重要工作完全被撇在一旁。
就連進步黨系的精神領袖梁啟超都說：“八百員顱，攢動如蟻，洶洶擾擾，莫知所事……國家大計，百不一及，而唯歲費六千是聞。”
作為辯論焦點的善后大借款案，最后也沒拿出一項兩院都認可的決議。
袁世凱的合同簽了，錢借到了手。
關于善后大借款，有幾點是應當指出的：
其一、由于晚清政.府的腐朽和無能，致使還賠款和欠款，長時間來成為壓在中國人身上的重負，國人真的被賠款和欠款搞怕了。也就是說，在那時的中國，向列強借款已經成了非常敏感的事情，是需要慎重對待的。但是，袁世凱政.府對此，并沒有引起應有地重視。
其二、我們說過，袁世凱接受的是一個財政已頻臨破產的政.府，到處都需要錢，卻二手空空，一時間又沒有來錢的道。也就是說，款是必須要借的，不借錢這日子沒法過。
其三、在借貸關系中，借方能有多少話語權？條件是很苛刻，但嫌條件苛刻可以不借嗎？好像沒有人逼誰非借不可。一般來說，越窮的人借錢，給出的條件會越苛刻，不是怕還不上嗎？
其四、這筆借款確實有一大部分用于了鎮壓二次革命，但這決不是借款的初衷。
其五、借款的事無論多敏感，事情也不至于搞這么大，里邊摻雜了許多因素，比如“宋案”，從根本上說是相關方面已經對袁世凱政.府失去了信任。
其六、唐紹儀任國.務.總.理時，是很照顧南京臨時政.府的，曾撥給黃興很大一筆錢。黃興請領這筆錢的由頭是遣散南方軍隊，但實際并未專款而專用，甚至可能部分用于購買軍火。對此，北洋系內部與唐紹儀不和之人，一直拿這件事大做文章，追查這筆款的下落。有人甚至懷疑，這筆錢被唐紹儀或別的人私吞。但這至少說明一件事，袁政.府確實用先期四國銀行或比國的墊款，處理過善后。
其七、中山先生北上“孫袁會”時，袁世凱曾經和中山先生詳細談了這筆借款及其用處，當時，中山先生是完全支持的。后來為什么堅決反對，為此一時彼一時也。而且，不要忘了，中山先生當南方臨時政.府臨時大總統時，為維持政.府正常運轉，特別是為“六路北伐”，曾試圖同日本等國貸款。而主動提出的貸款條件，比善后大借款的條件要惡劣得多，只是沒人肯借。
五月三十日，除國民黨四督之外的十七省都督和熱河都統（當時共22行省），由黎元洪領銜致電國會，要求其放棄對袁世凱的斗爭，批準善后大借款。就這樣，一場反對袁世凱政.府違法借款的政治風潮平息了。
款也借到手了，事態也平息了，但袁世凱不肯善罷甘休。他很生氣，也很窩囊。有錢誰愿意借錢呀？借錢那么容易嗎？不當家不知柴米貴，不管事不知道沒錢的難處。
好不容易借到了錢，卻遭到這么多的刁難和攻擊。
袁世凱對孫.中.山、黃興很不滿，但他還勉強能忍，對下面的幾個都督是無法忍受了。
六月九日，袁世凱以應“人民”的要求為辭，突然罷免國民黨人、江西都督李烈鈞，由駐守武昌的副總統黎元洪暫代。
隨著這位反袁急先鋒的離職，十四日又下令調胡漢民為西藏宣慰使，免去其廣東都督，提升陳炯明繼任。
三十日又調柏文蔚為陜甘籌邊使，免去其安徽都督，由民政長孫多森兼任。袁世凱用這種分化手段搞突然襲擊，使反袁派措手不及，李烈鈞、胡漢民和柏文蔚都不得不遵命離職。
撤掉了三個跳得最高，喊得最兇的幾個都督，袁世凱覺得還不能算完，他還要給國民黨點顏色看看。考慮到孫中山的威望，他決定先選個“軟柿子”捏，拿黃興開刀。
袁世凱已經看明白了，他是不能和國民黨共存的，可以說是先天就注定了。
但他對他的大敵國民黨的處理，非常矛盾。他口中不離“亂黨 ”兩字，時刻想著要鏟除國民黨在南方的軍事力量。可是他這時還是一個臨時大總統，由臨時大總統過渡到正式大總統，必須經由國會選舉。如果解散國民黨 或者宣布國民黨為非法黨.團 ，那么國會便不足法定人數，正式總統也無法產生。
北洋軍系的人主張由軍人共推袁為總統，以顯示軍人力量，袁沒有考慮走這一條路。因為時代不同了，現在是中華民國，不是中華軍國。