這並非一種巧合，而是包含了非常深刻的因果關(guān)係。很顯然，家養(yǎng)動(dòng)植物較之自然生長下的動(dòng)植物變異大的主要原因是“人”的作用，家養(yǎng)動(dòng)植物之所以變異大，是因爲(wèi)人主動(dòng)選擇的結(jié)果，這更加強(qiáng)了變異是“因”，選擇是“果”的因果關(guān)係推理。家養(yǎng)動(dòng)植物留下來的品種多，顯然是因爲(wèi)人的選擇，而不是動(dòng)植物“主觀”努力的結(jié)果，這就大體上可以推斷，動(dòng)植物的變異是缺乏方向性，是盲目的。之所以看上去動(dòng)植物的特性和自然環(huán)境特別適應(yīng)，那是因爲(wèi)不適應(yīng)的被淘汰了，而不是它們有意這樣做的結(jié)果。從通常的因果關(guān)係上看，很容易想到的邏輯是動(dòng)植物有意適應(yīng)自然，才形成了適應(yīng)自然的結(jié)果，這就是達(dá)爾文之前的拉馬克進(jìn)化論的觀點(diǎn)。達(dá)爾文顛倒了通常思維產(chǎn)生的因果關(guān)係，這是達(dá)爾文自然選擇學(xué)說的偉大之處。如果說“貝格爾號(hào)”航行和動(dòng)植物化石提供了物種起源的脈絡(luò)，那麼對(duì)家養(yǎng)動(dòng)植物的觀察纔是偉大的自然選擇學(xué)說產(chǎn)生的原因，是家養(yǎng)動(dòng)植物讓達(dá)爾文猜測(cè)到了“適應(yīng)”的途徑。
人的主動(dòng)在他豢養(yǎng)的動(dòng)物或者栽培的植物“看”來，純粹是客體的自然，自然如果多方面地選擇，物種自然會(huì)向多方向進(jìn)化，非主觀因素在變異中起決定性的作用。
在達(dá)爾文思想的“兩個(gè)兒子”—共同祖先學(xué)說和自然選擇學(xué)說中，就他本人的鐘愛程度、在《物種起源》中所佔(zhàn)的篇幅比重，以及對(duì)其他學(xué)說包括社會(huì)和哲學(xué)的影響力而言，自然選擇學(xué)說遠(yuǎn)在共同祖先學(xué)說之上。
如果不是家養(yǎng)動(dòng)植物巨大的變異啓發(fā)了達(dá)爾文，從加拉帕戈斯羣島上觀察到的現(xiàn)象、從美洲大陸收集到的標(biāo)本和化石，頂多只能啓發(fā)共同祖先學(xué)說的由來。我們可以簡單的說，共同祖先學(xué)說主要來源於觀察，而自然選擇學(xué)說則主要依靠達(dá)爾文的懷疑精神和嚴(yán)密的推理。
學(xué)說起源的背景因素以及構(gòu)成《物種起源》嚴(yán)密的邏輯方法對(duì)本書將要探討的問題具有關(guān)鍵的啓發(fā)意義。
首先，它讓我們?cè)竭^了樣本多寡以及時(shí)間跨度上的障礙，少量的取樣能否得出普適的結(jié)論，今日之分析是否符合過往的歷史，是否能解釋未來的情況，所有類似的詰問都是非常自然的。
《物種起源》之所以有超越其時(shí)代的、不可思議的見解，一方面是因爲(wèi)達(dá)爾文卓越的天才想象力，更重要的則是堅(jiān)實(shí)的觀察和嚴(yán)密的邏輯推理。
全書的三十多萬字有許多是爲(wèi)了回答世間的質(zhì)疑，達(dá)爾文總結(jié)道：“因爲(wèi)全書是一篇綿長的爭(zhēng)論。”這是過謙了，不通讀全書，是不可能讓我們真正全面理解《物種起源》的科學(xué)魅力所在的，換句話說，《物種起源》是難以縮寫的。
“用進(jìn)廢退”的意義
儘管有家養(yǎng)動(dòng)植物比較明顯的啓示，“自然選擇”學(xué)說的創(chuàng)立還是十分困難的。因爲(wèi)同樣存在大量現(xiàn)象可以很容易讓人們推理認(rèn)定“獲得性遺傳”學(xué)說是成立的。
按照自然選擇學(xué)說，羚羊之所以跑得快，是獵豹的原因；反之，獵豹跑得快是因爲(wèi)羚羊的原因。總之，它們都不是因爲(wèi)自身努力的結(jié)果。
這種邏輯相當(dāng)令人費(fèi)解，羚羊跑得快是因爲(wèi)它只有努力地奔跑才能逃脫獵豹的捕殺，這種特性遺傳給了後代，於是，後代跑得更快。拉馬克的解釋方式，在邏輯上沒有漏洞，也符合人們的觀察直覺。獲得性遺傳有一個(gè)關(guān)鍵的優(yōu)點(diǎn)是在微觀節(jié)奏上更有說服力。
按照達(dá)爾文的自然選擇學(xué)說，長頸鹿的進(jìn)化是經(jīng)過若干代微小優(yōu)勢(shì)累積的結(jié)果，無論如何都是比較勉強(qiáng)的。
比如長頸鹿經(jīng)歷了一千代（這在進(jìn)化歷史上是相當(dāng)短暫的），脖子增長了2米，那麼平均到每一代只能增長2毫米。考慮到變異的雙向性，相對(duì)於另外極端變短來說，也不過只有4毫米的身高優(yōu)勢(shì)。4毫米對(duì)生死攸關(guān)的食物獲取有致命的影響，這無論如何是無法令人信服的。達(dá)爾文花了大量的篇幅解釋這是可能的，但他也只是說在極端的情況下，兩三英寸的優(yōu)勢(shì)是致命的。這種情況下，兩三英寸和4毫米是絕大的差別。
獲得性遺傳則比較容易解釋這種現(xiàn)象：有的鹿由於其生存環(huán)境的原因，比如說樹稍微高一點(diǎn)，鹿就比較努力地去吃高處的樹葉，自然的努力可能會(huì)獲得兩三英寸的優(yōu)勢(shì)。這符合人們的直覺，是可能的。
況且，如果不考慮遺傳的情況，“用進(jìn)廢退”（即“用就進(jìn)化，不用就退化”）在現(xiàn)實(shí)生活中，是很容易被觀察到的。體力勞動(dòng)者比非體力勞動(dòng)者明顯有力氣，經(jīng)過某種技能的訓(xùn)練，其水平顯著高於未經(jīng)訓(xùn)練者等等，這樣的現(xiàn)象實(shí)在太多了。
基於主觀努力的用進(jìn)廢退學(xué)說和基於客體選擇的優(yōu)勝劣汰學(xué)說，各自都有比較有利的證據(jù)和有利的切入點(diǎn)。難道達(dá)爾文只是在一場(chǎng)賭博中幸運(yùn)地選擇了正確的骰子嗎？
在這一點(diǎn)上達(dá)爾文基本上從來沒有受到質(zhì)疑，發(fā)現(xiàn)美洲新大陸的哥倫布則被認(rèn)爲(wèi)是幸運(yùn)兒。因爲(wèi)達(dá)爾文的學(xué)說是建立在幾乎嚴(yán)密的推理之上的，這就排除了幸運(yùn)的可能性。
從來不爲(wèi)表面現(xiàn)象所迷惑，不滿足於淺顯的答案，以及他一直努力尋找能夠解釋世界所有生物進(jìn)化的普適真理，而不是做出一種妥協(xié)—用多種學(xué)說解釋不同生物的進(jìn)化的原因。不妥協(xié)、對(duì)真理鍥而不捨的追求，成就了達(dá)爾文超越時(shí)代的思想見解。
“如果只有綠色的啄木鳥生存著，如果我們不知道還有許多黑色的和雜色的啄木鳥，我敢說我們一定會(huì)以爲(wèi)綠色是一種美妙的適應(yīng)，使這種頻繁往來於樹木之間的鳥得以在敵害面前隱蔽自己。結(jié)果就會(huì)認(rèn)爲(wèi)這是一種重要的性狀，並且是通過自然選擇而獲得的，其實(shí)這顏色大概主要是通過性選擇而獲得的。”可見，達(dá)爾文從不根據(jù)表面現(xiàn)象輕下結(jié)論。
“優(yōu)勝劣汰的緩慢演進(jìn)”學(xué)說比之“用進(jìn)廢退”學(xué)說一個(gè)關(guān)鍵優(yōu)勢(shì)是邏輯上的。用自然選擇學(xué)說去解釋，疑點(diǎn)在於量上的不可信，例如長頸鹿的脖子和完美器官的進(jìn)化，無論如何都很難獲得直覺上的認(rèn)同。但是“用進(jìn)廢退”的主觀努力學(xué)說在解釋一些現(xiàn)象時(shí)，卻具有致使的邏輯錯(cuò)誤，例如，它無法解釋枯葉蝶的顏色與形狀和樹葉出奇地相似。很顯然，主觀的努力對(duì)自身顏色的改變毫無幫助。另外，“用進(jìn)廢退”所主張的獲得性遺傳根本無法解釋植物界的進(jìn)化現(xiàn)象，沒有意識(shí)的植物怎麼可能有方向、有意識(shí)地適應(yīng)自然呢？
這從另外一個(gè)側(cè)面證明了，要想找到普適的、唯一的解釋，獲得性遺傳是沒有出路的，這是達(dá)爾文自然選擇學(xué)說最關(guān)鍵的思路。
但是，達(dá)爾文的時(shí)代遠(yuǎn)未發(fā)現(xiàn)遺傳機(jī)制和基因，自然選擇學(xué)說在解釋一些問題時(shí)必定有些牽強(qiáng)，達(dá)爾文本人儘管做了巨大的努力也無法彌補(bǔ)這些缺憾，所以他在無數(shù)次肯定自然選擇的進(jìn)化方式時(shí)，也沒有堅(jiān)決地否定“用進(jìn)廢退”，甚至某種程度上也承認(rèn)其有合理的成分。
達(dá)爾文在自傳中總結(jié)其成功的因素：“我作爲(wèi)一個(gè)科學(xué)人物之所以能夠成功，不管這種成功的程度會(huì)有多大，據(jù)我所能判斷的，是由複雜和多樣的心理能力和條件所決定的。其中最重要的是對(duì)科學(xué)的熱愛，長期思索任何問題的無限耐心，觀察和蒐集事實(shí)方面的勤勉，和除了常識(shí)之外，有相當(dāng)?shù)陌l(fā)明能力。”
也許達(dá)爾文的壽命再延長兩年，就可以彌補(bǔ)其學(xué)說上的這個(gè)缺憾。在達(dá)爾文去世後一年，1883年，德國動(dòng)物學(xué)家奧格斯·魏斯曼提出了“種質(zhì)”和“體質(zhì)”的假說，認(rèn)爲(wèi)種質(zhì)是可以遺傳的、不隨後天努力而改變的形狀，體質(zhì)則可以通過後天的鍛鍊獲得提高，但是不能遺傳。魏斯曼的學(xué)說在解釋一些現(xiàn)象時(shí)向令人信服的方向上推進(jìn)了一步。1944年發(fā)現(xiàn)的遺傳物質(zhì)DNA，證明了魏斯曼的先見之明。
種質(zhì)和體質(zhì)的假設(shè)，可以把獲得性的、可能有較大的優(yōu)勢(shì)的部分和先天的，但是步長非常小的優(yōu)勢(shì)結(jié)合起來解釋生物進(jìn)化現(xiàn)象。前者極有可能在少數(shù)幾輪競(jìng)賽中取勝，但是隻有後者取勝時(shí)，才能實(shí)現(xiàn)累積的效應(yīng)，這是一種辯證的哲學(xué)。
魏斯曼的學(xué)說不足以徹底平息爭(zhēng)論，一直到孟德爾發(fā)現(xiàn)遺傳定律，乃至後來DNA和基因的發(fā)現(xiàn)，達(dá)爾文的學(xué)說纔得到了全面的承認(rèn)，後面的發(fā)展則是對(duì)一些具體問題的完善。
進(jìn)化論的障礙
情感上的障礙是自然選擇學(xué)說巨大的障礙，任何科學(xué)在沒有被確鑿地得到證明之前，都會(huì)受到來源於情感方面的巨大困擾。
共同祖先學(xué)說顯而易見地受到情感方面的困擾，1860年6月30日，《物種起源》發(fā)表後不久在牛津大學(xué)舉行的那場(chǎng)著名的論戰(zhàn)，就很典型地表明瞭這一點(diǎn)。牛津主教塞繆爾·威爾伯福斯（SamuelWilberforce）問自稱“達(dá)爾文的鬥犬”的托馬斯·赫胥黎，究竟是他的祖父一族還是他的祖母一族是從猴子傳承而來的？這個(gè)譏諷引來鬨堂大笑，顯然在聽衆(zhòng)看來，被視爲(wèi)猴子的後裔是一件可恥的事。赫胥黎對(duì)此的回答有很多個(gè)版本，據(jù)他後來在一封信中的回憶是：“如果問我，我是願(yuàn)意有一個(gè)可憐的猿猴當(dāng)祖父，還是願(yuàn)意有一個(gè)有著很高的天賦和巨大的影響力，卻利用這些才能和影響力純粹只是爲(wèi)了在莊嚴(yán)的科學(xué)討論中進(jìn)行譏諷的人當(dāng)祖父，那麼我會(huì)毫不猶豫地?cái)嘌裕覍幙蛇x擇猿猴。”
這個(gè)故事是小學(xué)生課本上的故事，被用作詮釋科學(xué)精神，但是寓意卻顯得有些淺顯。不久，源於情感上對(duì)共同祖先學(xué)說的質(zhì)疑就因爲(wèi)找不到合適的理由而煙消雲(yún)散。