由于生活條件的間接作用和直接作用以及由于使用和不使用所引起的變異：生殖率如此之高以致引起“生存斗爭”，因而導(dǎo)致“自然選擇”、并引起“性狀分歧”和較少改進(jìn)的類型的“絕滅”。這樣，從自然界的戰(zhàn)爭里，從饑餓和死亡里，我們便能體會到最可贊美的目的，即高級動物的產(chǎn)生，直接隨之而至。
《物種起源》的核心思想
凝視樹木交錯的河岸，許多種類的無數(shù)植物覆蓋其上，群鳥鳴于灌木叢中，各種昆蟲飛來飛去，蚯蚓在濕土里爬過，并且默想一下，這些構(gòu)造精巧的類型，彼此這樣相異，并以這樣復(fù)雜的方式相互依存，而它們都是由于在我們周圍發(fā)生作用的法則產(chǎn)生出來的，這豈非有趣之事。這些法則就其最廣泛的意義來說，就是伴隨著“生殖”的“生長”；幾乎包含在生殖以內(nèi)的“遺傳”；由于生活條件的間接作用和直接作用以及由于使用和不使用所引起的變異：生殖率如此之高以致引起“生存斗爭”，因而導(dǎo)致“自然選擇”、并引起“性狀分歧”和較少改進(jìn)的類型的“絕滅”。這樣，從自然界的戰(zhàn)爭里，從饑餓和死亡里，我們便能體會到最可贊美的目的，即高級動物的產(chǎn)生，直接隨之而至。認(rèn)為生命及其若干能力原來是由“造物主”注入到少數(shù)類型或一個類型中去的，而且認(rèn)為在這個行星按照引力的既定法則繼續(xù)運(yùn)行的時候，最美麗的和最奇異的類型從如此簡單的始端、過去、曾經(jīng)而且現(xiàn)今還在進(jìn)化著；這種觀點(diǎn)是極其壯麗的。
這段優(yōu)美、富有人文情懷和科學(xué)精神的文字是《物種起源》結(jié)尾的一段，它高度概括了達(dá)爾文學(xué)說的全部內(nèi)涵。
“這些法則就其最廣泛的意義來說，就是伴隨著‘生殖’的‘生長’；幾乎包含在生殖以內(nèi)的‘遺傳’；由于生活條件的間接作用和直接作用以及由于使用和不使用所引起的變異：生殖率如此之高以致引起‘生存斗爭’，因而導(dǎo)致‘自然選擇’，并引起‘性狀分歧’和較少改進(jìn)的類型的‘絕滅’。”
這一段文字講述了生物進(jìn)化和多樣性的基本原因，即自然選擇，而非生物主動努力的結(jié)果。
“認(rèn)為生命及其若干能力原來是由‘造物主’注入到少數(shù)類型或一個類型中去的，而且認(rèn)為在這個行星按照引力的既定法則繼續(xù)運(yùn)行的時候，最美麗的和最奇異的類型從如此簡單的始端、過去、曾經(jīng)而且現(xiàn)今還在進(jìn)化著。”
這是達(dá)爾文的另外一個思想—共同祖先學(xué)說。
1859年，《物種起源》發(fā)表之后不久，大約在15年之內(nèi)，共同祖先學(xué)說已經(jīng)完全被嚴(yán)肅的學(xué)術(shù)界接受。至于在學(xué)術(shù)界之外，爭論永遠(yuǎn)會存在，就像直到今天，也會有人認(rèn)為地球不是圍繞太陽轉(zhuǎn)一樣。
但是，他的另外一個更重要思想，即關(guān)于進(jìn)化的原因和基本進(jìn)程的觀點(diǎn)卻遭到了嚴(yán)峻的挑戰(zhàn)。《物種起源》認(rèn)為生物進(jìn)化過程是通過“客體”選擇的，和主體的努力沒有關(guān)系。
這里面用“客體”這個詞，是因?yàn)樗咏_(dá)爾文的本意，也更符合實(shí)際的進(jìn)化規(guī)律。達(dá)爾文在用“自然選擇”這個詞時是頗費(fèi)心思的，并在《物種起源》對此專門進(jìn)行了解釋，他說，“選擇”一詞容易讓人誤解為有意識的行為，而“自然”這個詞常常會把生物之間的關(guān)系忽略掉。達(dá)爾文還多次強(qiáng)調(diào)，生物彼此之間的關(guān)系在進(jìn)化中是一種更重要的因素。
需要說明的是，我們在這本書中出現(xiàn)的“自然”和“選擇”這樣的詞匯，如不另行說明，和《物種起源》中的語意是相同的，都指的是“非有意識”的挑選，也不是指大自然。
事實(shí)上，達(dá)爾文發(fā)現(xiàn)了自然選擇的兩種基本動因，一種就是自然環(huán)境的選擇，另外一種就是性選擇。很多鳥類美麗的羽毛或者婉轉(zhuǎn)的鳴叫，花朵漂亮的顏色等都是物種神創(chuàng)說的主要證據(jù)。似乎沒有什么辦法來解釋一些對生物本身的生存而言沒有什么價值的特征，神創(chuàng)說把這種現(xiàn)象解釋為花朵的美麗和鳥的鳴叫都是上帝為其所創(chuàng)造的最高等的動物—人而創(chuàng)造的。現(xiàn)在我們知道造成這種現(xiàn)象的原因是性選擇的結(jié)果。廣義的自然選擇有“兩個兒子”，一個叫“性選擇”，另外一個也叫“自然選擇”，即性以外的自然界的選擇。在本書中，為了區(qū)別和明確起見，我們有時把性選擇之外的自然選擇叫做“生存選擇”。
在進(jìn)化的進(jìn)程上，達(dá)爾文認(rèn)為是逐漸變化，而不是躍變的。在《物種起源》里，漸變論并沒有完整的邏輯推導(dǎo)，在達(dá)爾文看來，它一方面符合直覺，另一方面，漸變的方法似乎是自然選擇學(xué)說的必然推論。因?yàn)槲锓N的變化首先是盲目的和多樣化的，毫無方向性可言。“自然在創(chuàng)造時是慷慨的，在選擇時是吝嗇的。”
由于變異是隨機(jī)的，所以變異中“有利”的比例非常之小，在有利之上再疊加有利，這種可能性就更小。比如耳朵和眼睛都在發(fā)生變異，只有這兩者都發(fā)生有利的變異時，才算是對這個生物有利的變異，比如耳朵和眼睛有利變異的可能性都是萬分之一（后來證明實(shí)際上的可能性比這個還小），那么兩者都變得更好的可能性就是億分之一。只有這種情況才算是較大的變化，當(dāng)然這種組合越多，發(fā)生的概率就越小，先變好耳朵，以后伺機(jī)再變好眼睛，這種可能性則要大得多，這種變化每次對于生物而言都是比較小的，這是一個不太精確的比方，但可以說明，這就是“漸變”的數(shù)學(xué)理由。
漸變說一直遭遇到嚴(yán)重挑戰(zhàn)，一方面像眼睛這樣完美的器官，通過不成熟的器官逐漸形成是難以理解的；另外一方面，像牛尾巴這種用來驅(qū)趕蒼蠅，無關(guān)緊要的器官似乎不可能決定一個動物的生死存亡，自然便不可能存在選擇這種器官的傾向。
類似的疑點(diǎn)非常多，盡管達(dá)爾文進(jìn)行了勉強(qiáng)的解釋，從邏輯上看盡管沒有根本性的漏洞，卻顯得比較牽強(qiáng)，難以令人信服。
達(dá)爾文的邏輯
人們在探討一種學(xué)說時，總是把這種學(xué)說產(chǎn)生的過程和原因作為一種副產(chǎn)品加以關(guān)注。一個典型的事例是，多年以后，人們還在爭論的蘋果落地和牛頓萬有引力定律的關(guān)系。
關(guān)于達(dá)爾文學(xué)說創(chuàng)立的原因，不管是目前主流的學(xué)者，還是對進(jìn)化論略知一二的坊間百姓，都把《物種起源》的靈感和達(dá)爾文那次周游世界聯(lián)系起來。他們認(rèn)為正是因?yàn)檫_(dá)爾文乘坐“貝格爾號”為期5年的航行，途中所見和收集的各種標(biāo)本及化石給了他關(guān)鍵性的啟發(fā)。
這種說法之所以非常具有生命力，其原因在于它看起來合情合理，無懈可擊。但是，按照達(dá)爾文自己的說法，他是受到馬爾薩斯《人口論》的啟發(fā)，才萌發(fā)了進(jìn)化論的思想。
在我已開始從事有系統(tǒng)的探討15個月后，我碰巧為了消遣閱讀了馬爾薩斯的《人口論》，而通過長期持續(xù)地觀察動植物習(xí)性，我已為揭示無處不在的生存斗爭做好了準(zhǔn)備，此刻不由恍然大悟，在這些條件下，優(yōu)勢的變異將傾向于被保留，而劣勢的變異將會被消滅。其結(jié)果將會是形成新的物種。這樣，我由此終于有了一個可用于研究的理論了。
達(dá)爾文說過，啟發(fā)他的并非《人口論》全書，而僅僅是書中的一句話，即“可以很安全地宣布，人口在不受控制時，將每25年翻一番，或者說以幾何級數(shù)增長。”這就是所謂的“馬爾薩斯原理”。
很多人有理由懷疑這種說法的真實(shí)性，從常識推斷，這么簡單的一句話不足以讓達(dá)爾文產(chǎn)生如此重要的思想。
我通讀《物種起源》，認(rèn)為達(dá)爾文的說法既非謙虛，也不是由于某種原因故意隱藏乘坐“貝格爾號”環(huán)球旅行的意義，達(dá)爾文說進(jìn)化論是受到這一句話的啟發(fā)是歷史真實(shí)情況。呈幾何級數(shù)增長的傾向性和世界上各種物種數(shù)量的有限性，表明自然界的淘汰率非常高。這是“生物是首先變異的，并且是盲目的、無方向性的，最后由自然進(jìn)行選擇”的數(shù)學(xué)基礎(chǔ)。在達(dá)爾文心目中，他可能認(rèn)為如果變異是有目的、有方向性的，就無法解釋自然界高淘汰率和物種變異速度的關(guān)系。換句話說，就是如果是為了適應(yīng)自然環(huán)境有方向性的變異學(xué)說成立，在如此高的淘汰率的情況下，生物理應(yīng)進(jìn)化得更快。
達(dá)爾文的所有研究都是從家養(yǎng)動植物開始的，《物種起源》也是從研究家養(yǎng)動物和植物的變異開始的。
“就較古的栽培植物和家養(yǎng)動物來看，把它們的同一變種或亞變種的各個體進(jìn)行比較，最引起我們注意的要點(diǎn)之一，便是它們相互間的差異，一般比自然狀況下的任何物種或變種的個體間的差異為大。”這是《物種起源》開頭的一句話。這么偉大的著作卻只有一個平凡的開頭，而且用了十分之一的篇幅講述家養(yǎng)的動植物。同時在書中，達(dá)爾文有幾處提到了他的研究總是從家養(yǎng)動植物開始。