針對兩伊戰爭的情況，敵我識別器發生錯誤和不工作的情況時有發生，所以，南華聯邦國防部作戰局只好規定：";只有同時以兩種以上手段確定對方是敵機，才能給予先發攻擊。即同一編隊里所有戰機均識別目標為敵機，或戰斗機和預警指揮機均通過敵我識別器識別目標為敵機，或戰斗機通過敵我識別和電子偵察機通過通信監聽均判別目標為敵機，或預警指揮機通過敵我識別和通信監聽兩種手段判別目標為敵機，才能先行開火。當然，如果本方戰機受到目標雷達照射或目標機正在攻擊其他友機，也可自主進入攻擊。";
因為南華聯邦的戰斗機敵我識別器工作有可能不可靠，造成繁瑣費時的敵我識別程序，不可避免造成了一部分空戰貽誤戰機，導致敵人的戰機逃走，這也需要不斷改進的地方。
按照南華聯邦參謀部的分析，針對擊落客機事件做了如下的結論。
雖然美國里根政府對擊落A300民航客機事件百般狡辯，但后來美國媒體披露了國防部此后進行的內部調查還是說明了問題所在。
當時正處于兩伊戰爭期間，海灣內兩伊雙方的襲擊油輪戰正在高峰，美國海軍向波斯灣內派入軍艦為西方油輪護航，美軍于1987年7月派軍艦進入海灣護航后，多次與伊朗發生軍事沖突，摩擦不斷升級。
先是1987年中，伊朗用反艦導彈擊中美國油輪和懸掛美國國旗的科威特油輪，美軍隨后進行報復，擊沉伊朗登陸艦一艘、采油平臺兩座。
1988年4月，美一艘護衛艦在海灣觸上水雷，造成19名官兵傷亡，美艦隨即摧毀伊朗兩座采油平臺、擊沉擊傷伊朗軍艦6艘，擊落A300客機事發之前，雙方已經處于高度緊張狀態。
文森斯號導彈巡洋艦參與了和伊朗海軍交火，并在追擊中進入伊朗領海邊沿，全艦上下處于高度戒備，恰逢此時，這架伊朗民航班機從阿巴斯起飛前往迪拜，文森斯號導彈巡洋艦艦長未經嚴格研判就以為是伊朗F-14前來襲擊，在草木皆兵、未按規定仔細核查的情況下就草率下令攻擊。
美國國防部的調查最后發現，文森斯號巡洋艦上的宙斯盾系統的電子記錄顯示：伊朗航空655航班在事件期間一直在穩定勻速爬升，而且一直按規定發送民航識別信號，而非什么F-14的識別信號，文森斯號巡洋艦上的敵我識別器并未確認A300客機是F-14。
然而，莽撞粗魯的文森斯號艦長卻被強烈緊張偏執的自我心理暗示所誤導，認為伊朗F-14馬上要攻擊自己了，不按交戰規則仔細核查數據，在半瘋狂的急躁狀態下倉促下令開火，結果釀成重大慘劇，雖然此種說法并未得到美國國防部公開正式承認。
如果軍用敵我識別器對民航飛機識別出現問題而擊落民航機，在平時可能造成政治影響惡劣、無辜生命逝去、兩國關系惡化，在戰時如果擊落第三國民航機，還有可能造成第三國參戰、戰爭局面不利化，所以必須予以重視。
由于戰機敵我識別器必須通用于識別世界民航機，而戰機又只能有一套敵我識別器，不可能單獨開發一套適用于民航機的民用識別器、一套適用于戰場軍用的軍用識別器，所以敵我識別器的工作頻率必須按照世界民航機通用的識別訊號頻率，即詢問頻率是1030兆赫，應答頻率是1090兆赫。
這樣一來，既然頻率大家都一樣，打仗時要想保密，就只能主要靠秘密編碼，具體說，就是不斷增加暗號的種類和復雜程度以及數量，詢問和應答信號都越來越長和復雜，在詢問和回答的暗號中，除了分辨敵我，還包含著以下信息：
一，對方的位置。
二.，對方的性質，除了敵我屬性之外，還有中立的或屬性不明的。
三.，對方如果是友機，正處在一個什么樣的隊形里，編隊狀態可以根據軍隊內部既定的類別來加以定義，這些信息都隱藏在敵我識別模式的暗號里，獲取這些信息是為了更好的進行本方航空交通管理。
四， 如果對方是友機，它的飛行高度信息，從敵我識別器C碼中得到，敵我識別器可以通過問答形式獲得本方的戰機高度，從而獲得準確信息，以便利于本方戰機航空交通管理。
五.，如果對方是民航飛機，應該從民航用的飛機代碼，即俗稱的A碼中獲得信息，避免誤擊。
六，對于民航機，還可以包含特殊的信息：如飛機被劫持或處于其它緊急狀態時的呼救信號，因而使處于危險境地的民航機飛行員不用語音通話、僅需按一下按鈕即可進行呼救。
而在戰時，如果事先對自己每架飛機的編隊都編了號，相當于為每一個編隊都起了一個名字，那么就可以通過預警機發射詢問信號，每個編隊回復應答信號，從而讓空中預警指揮機詳細的知道每一編隊的位置情況。
正因為敵我識別器的作用巨大，所以它在各個國家還被稱作二次雷達，由于敵我識別器識別暗碼的極端重要，所以對于作戰有著極其重要的影響，一旦敵方掌握或破譯識別應答碼，唯一的選擇就只能是把部隊中全部敵我識別器和暗碼全部更換，為確保安全，戰機上通常安裝有敵我識別器密碼的自動銷毀系統，在戰機即將墜毀在敵方境內時自毀。
正是由于敵我識別器被賦予了越來越多的使命，越來越復雜化，夾帶的信息越來越多，應答編碼越來越長，所以到了海灣戰爭期間，傳統模式敵我識別器工作越來越不可靠、錯誤率越來越多，連電子工業水平強大的美國也不能例外。
為什么在條件嚴格的靶場能良好通過測試的敵我識別器，在實際戰場上卻表現如此拙劣呢？究其問題根源，和以下幾個方面直接相關：
第一點，敵我識別器在使用時經常會碰到的旁瓣干擾， 當敵我識別詢問天線的旁瓣較高時，詢問信號就有可能通過旁瓣輻射出去，這種詢問本來應該由主瓣發出，如果通過副瓣發射出去，本方戰機收到后就會回答，可是主瓣依然在發出詢問信號，本方戰機依然要回答，由于頻率完全一樣，內容相互重疊，在重復中就造成了一部分亂碼。
理論上說，旁瓣干擾可以通過辨別主瓣對應的回答信號和與副瓣對應的回答信號強弱來比較，一般來說，來自主瓣的回答信號要比來自副瓣的信號強一些。但在實際戰場環境中，來自各種輻射源的信號很多，這就使抑制旁瓣的工作受到更多擾亂。
另一點，當同一戰場上多架戰機互相進行敵我識別的時候，一架戰機收到的應答信號中，也夾雜有其他戰機的應答信號，有時是同一架戰機對不同飛機之間的應答，這種干擾就是竄擾，類似于打電話時的串線，把另一條電話線上的通話串到當前的對話中，這也會造成亂碼。
第三點是當某架飛機的敵我識別天線同時照射到兩個或兩個以上的本方戰機時，就會同時收到這些戰機的回答信號。當多個回答信號同時涌來的時候，有些情況下會重疊和交錯在一起。
就像本來多個各自獨立的句子，此時卻打亂了順序混在一起，這個句子里夾雜著那個句子里的單詞，那個句子里夾雜著這個句子里的單詞，敵我識別器就無法讀懂這個句子，這就是術語上說的混擾，戰場上戰機越多，這種敵我識別上的混亂越明顯。
正是這種傳統機制敵我識別器難以克服的缺陷，南華聯邦從兩伊戰爭之后就開始研制發展新機制敵我識別器，運用了毫米波和S模式等技術解決原有技術缺陷，因此，其敵我識別問題應該已可能像兩伊戰爭時期那樣嚴重，而其他仍采用傳統機制敵我識別器的國家，尤其是多年沒有經過大規模戰爭檢驗的國家，在未來可能的戰爭中遭遇所有空軍曾經遇到過的問題。