李世民沒有立即回答父皇，而是扭臉向身邊的尉遲敬德使了個眼色。尉遲敬德馬上會意，上前一步，向李淵一拱手，聲若洪鐘地回稟道：
“回稟皇上，太子、齊王于玄武門作亂，秦王起兵討之。”
“什么？”李淵大吃一驚，厲聲問道，“太子、齊王現在何處？”
“俱以授首！”尉遲敬德回答句，說著把用戰袍包好的兩顆首級遞給李淵，“請皇上過目！”
這突如其來的變故像晴天一霹靂，震得李淵目瞪口呆，一時間竟說出話。他伸手扶著畫舫的廊柱渾身發抖，兩眼死死地盯著李世民，半天才咬牙怒道：
“你……你心真狠，竟敢對自己的兄弟下手！你殺了建成和元吉，不就是為了太子之位，為了坐上朕的皇位嗎？既如此，你何不早對朕說，啊！”
“父皇，請恕兒臣之罪！”李世民慌忙伏地叩首，辯解道，“兒臣并非為了太子之位，更不敢覬覦皇位，而是為社稷著想呀。太子不治常檢，荒色嗜酒，為天下人所詬，而齊王兇惡乖張，有謀反之心……”
“好了，你不要再當著朕的面詆毀中傷自己的大哥和四弟了！”李淵忿然打斷道，“你想入主東宮之心路人皆知，朕又豈能不知，何必在此信口雌黃！”
此時，李淵對面前這個活著的兒子充滿了敵意和仇恨。這種情緒使他根本不想聽對方的任何解釋，因為這場政變是由這個野心家發動，它不僅讓自己的所有計劃落空，而且還失去了兩個自己疼愛的兒子。這種打擊使他失去了應有的冷靜和理智，他沖著李世民怒斥不已，真想一刀劈下他的狗頭。
好在裴寂并沒有像李淵那樣被憤怒沖暈了頭腦，他清醒地認識到這場政變秦王取得了全面的勝利，整個皇宮已被他牢牢控制住，倘若激怒了他，后果將不堪設想。不錯，他既然敢殺自己的親兄弟，那么再前往走一步殺掉了自己的父親又有什么不可能。此時此刻的秦王已經把君臣之義、骨肉之情完全拋在了腦后，他的思想里只有順我者昌逆我者亡的強盜邏輯。這……這實在是太可怕了！面對這種情形，裴寂以為只有識時務地退讓，才能保住皇上及自己的性命，否則很有可能會死在秦王那把沾滿血跡的刀下，跟隨太子和齊王共赴黃泉路。這么一想，他便上前一步，拱手勸諫李淵道：
“皇上，秦王之言甚是有理。太子、齊王自晉陽起兵以來，沒有什么功勞，反而妒忌秦王，肇禍蕭墻。秦王功蓋宇宙，內外歸心，今大義滅親，皇上宜趁此立秦王為太子，委以國事。如此，皇上便可高枕無憂，頤養天年了。此事緊急，請皇上三思呀！”
“你……裴寂，你怎么能說這種話？”李淵見自己的寵臣也轉向替秦王說話，不由得又驚又怒，“裴寂，你難道也如此不明是非曲直嗎？你何故如此！”
“皇上，臣非不知其中曲直，實為皇上安危著想啊！”裴寂瞟了眼面前一臉殺氣的秦王府兵馬，含蓄地答道，“皇上，你看秦王身邊的將士多威猛啊！”
李淵聽裴寂如此一說，慌忙掃了圈圍著自己的秦王府兵，看到他們手執刀劍殺氣騰騰地樣子，心頭不由一陣惶恐。到這時候，他才感覺到自己已身處險境。他清醒地意識到，如果自己再繼續得罪跟前這個透著殺氣的兒子，就恐怕要步建成、元吉他們的后塵了。他終于明白了裴寂的良苦用心，老眼里閃著感激的光，對剛才指責他感到幾分愧疚。是呀，事已至此，他再不情愿也只能接受這筆以權換命的交易。他努力壓制住自己胸中的憤恨，使自己漸漸冷靜下來。沉吟良久，他最終接受了裴寂的主張，提起筆，用微微發抖的手寫下了手諭，同意立秦王為太子，并將國事委以他。
李世民看著父皇一筆一畫地寫著詔書，心里樂開了花，想自己終于如愿以償了。不過，當裴寂將詔書恭恭敬敬地遞到秦王手上時，他卻撲通一聲跪在地上向父皇磕頭謝罪，再三請求父皇收回成命。李淵知道這個詭計多端的兒子是在跟自己演戲，目的是為自己掩飾所有的罪行。他用憤怒而輕蔑地眼光瞥了秦王一下，嘴角邊浮出冷笑。默然會兒，他方開口勸兒子接受自己的委任。李淵三請之后，李世民才假惺惺地謝過父皇，接受了他的圣旨。
緊跟著，李世民又向父皇請求手敕，命令所有軍隊一律聽從自己的處置。李淵見兒子如此步步緊逼，加上喪子之痛，未免心灰意冷，萬念俱灰。他無奈地長嘆一聲，然后又提筆寫了道手敕，并親自交到兒子手上。等李世民不再吭聲后，他便有氣無力地朝裴寂及侍衛們揮了揮手，示意他們護送自己回宮。
李世民拿到父皇的敕書，心頭一喜，當即就命尉遲敬德拿著皇上的手敕從東上閤門向全體將士宣讀，以安定人心。與此同時，黃門侍郎裴矩趕往東宮曉諭諸將士。如此一來，很快京城的局勢就穩定了下來。
為了斬草除根，隨后李世民又領著尉遲敬德、侯君集、段志玄等人來到東宮和齊王府，將李建成和李元吉的兒子全部搜出來斬了。殺了這么多人，李世民還覺得不過癮，又打算把李建成和李元吉的親信百余人抓來統統殺掉，沒收他們的家財以犒勞將士。眾將聽了，一個個摩拳擦掌，躍躍欲試。
尉遲敬德認為這樣做十分不妥，很有可能會再次激起他們的反抗，引起朝廷動蕩。于是，他便挺身而出，力諫秦王，說罪魁只有二人，今已誅殺建成、元吉，不宜株連他人。若秦王還要牽連他們的黨羽，恐激生禍亂，這不是謀求安定了做法。李世民聽尉遲敬德這么一說，認為很有道理，也就取消了決定。
隨后，李世民又聽取了房玄齡、杜如晦等人的意見，請求父皇頒旨赦免參與玄武門兵變的所有將士，叛逆的罪名只給李建成和李元吉兄弟二人，對其余黨羽一概不加以追究。李淵打心里就不認為建成和元吉有謀逆之罪，然出于無奈之舉，他只好按李世民的意思頒旨下詔了。于是，原東宮和齊王府的人就紛紛轉投到秦王帳下。其中，魏征、王珪、薛萬徹、韋挺等幾位謀士大將還得到了李世民的重用，不久就成為他的左膀右臂。
兩天后，李淵下詔立李世民為太子，并規定今后軍國庶事，不分大小，一律皆由太子處分。為此，李世民在與李建成和李元吉的權力斗爭中大獲全勝，最終得到他夢寐以求的太子之位。入主東宮之后，他立即著手建立自己的勢力，任命宇文士及為太子詹事，長孫無忌、杜如晦為左庶子，高士廉、房玄齡為右庶子，尉遲敬德為左衛率，秦叔寶為右衛率，虞世南為中舍人，褚亮為舍人，姚思廉為洗馬，魏征為詹事主簿，其余心腹愛將，皆委以重任。
李世民因功高德重而深受朝中大臣的愛戴，今身為太子，且手握大權，自然唯他馬首是瞻，人人聽從他的領導。這樣一來，李淵就完全被太子架空，成為一位有名無實的皇帝。這令李淵心里很不舒服，卻又無可奈何，他知道朝廷已被太子集團全面掌控，群臣也已把太子當成了他們的皇上。他現在只是一個令人討厭的陪襯，一個不折不扣的老傀儡。
想到這些，李淵心里就來氣了，欲傾力挽回自己作為一國之君的顏面，還有至高無上的權力。然而，他已是力不從心了，臣子們都快不拿正眼瞧他，更別說聽他的話。他們非但不幫這個叫了九年的皇上，反倒是一個個前來勸他退位。先是蕭瑀、陳叔達等一直支持李世民的大臣，最后連裴寂也勸他退位。這令他大為光火，同時也深感自己大勢已去，無力重新得到自己所需要的東西。一番深思熟慮之后，他便接受了裴寂等人的勸諫，決定將皇位傳給太子。
于是，八月癸亥，李淵頒布制書，將皇位傳給太子李世民。李世民聽罷，欣喜萬分，想自己終于等到這一天了。然而，出于對父皇表面上的敬畏，他還是假惺惺地上表推辭，自貶無才無德不敢繼承社稷江山。李淵心里知道這個迷戀權力的兒子早就想取代自己，登上九五之尊，號令天下，因而對他的推辭報以輕蔑的冷笑。他明白太子這樣推讓，完全是為了做給天下人看，以表白自己殺兄戮弟并非為了皇位，而是為了大唐江山千秋萬代。
什么東西！李淵在心里狠狠罵了句這個假仁假義的兒子，將他的表書表撕了個粉碎，揚手撒了一地。好，那朕就成全你好了，誰叫朕有你這么個屠兄殺弟逼父退位的畜生呢！緊接著，他又賭氣似的提筆疾書，好好地贊美了番太子，然后命裴矩呈送給太子。經過三讓三請之后，李世民終于答應了李淵的請求，同授命承繼大統。也許是心急，他決定明日就登基。
李淵得知這個消息后，坐在太極殿苦笑了陣，兩行老淚忍不住從眼眶里涌了出來。裴寂見了，鼻子直發酸，淚水在眼窩里打著轉兒，慢慢地溢出眼眶，順著蒼老的面龐灑落在衣襟上。兩位老友相顧無言，默默地流著傷心的眼淚。好一會兒后，裴寂才緩緩地直起腰，扶著老朋友慢慢地朝寢宮走去。
次日，天公作美，碧空如洗，陽光普照大地。一大早，顯德殿就熱鬧起來，但見禮儀官們如魚般穿梭于殿中，手忙腳亂地準備著登基儀式。不多久，房玄齡、杜如晦、長孫無忌等文武百官們就穿著嶄新的官袍，喜氣洋洋地跨進了金碧輝煌的大殿。他們看見正襟危坐于龍椅上的李世民，齊刷刷地跪倒在地上，叩頭高呼萬歲萬歲萬萬歲。李世民一身龍袍，氣宇軒昂，威風八面。他用威嚴的目光掃了圈肅立于階下的群臣，道聲眾愛卿平身，然后便頒旨下詔，大赦天下，關內地區及蒲州、芮州、虞州、泰州、陜州、鼎州六地免除租調兩年，其余各地免除徭役一年。于是，普天同慶，大贊皇上圣明。
接下來，李世民又頒旨任命朝中官員。裴寂、蕭瑀、陳叔達、封德彝、宇文士及等老臣原地不動，而原秦王府舊將紛紛得以擢拔，房玄齡出任中書令，高士廉出任侍中，杜如晦出任兵部尚書，長孫無忌出任吏部尚書，杜淹出任御史大夫。原東宮謀士魏征、王珪深得李世民器重，被任命為諫議大夫。大將中秦叔寶為左衛大將軍、程知節為右武衛大將軍，尉遲敬德為右武侯大將軍，侯君集為左衛將軍，段志玄為驍衛將軍，薛萬徹為右領軍將軍，張公謹為右武侯將軍。新后宮中，長孫王妃被冊立為皇后，而李元吉之妃楊氏則因美麗而賢淑，很快就成了李世民的寵妃。