根據《企業年度檢驗辦法》和國家工商行政管理局《關于貫徹實施（個人獨資企業登記管理辦法）有關問題的通知》，個人獨資企業的年度檢驗時間為每年1月1日至4月30日。個人獨資企業和個人獨資企業分支機構應當在3月15日前向登記機關報送年檢材料。但是，鑒于各企業具體情況不盡一致，有些企業在3月15日前提交年檢材料確有困難的，經年檢機關同意，可適當延長報送年檢材料的期限，年檢機關可免予對其處罰。
另外，當年設立登記的個人獨資企業，自下一年起參加年檢。
（三）年檢應提交的文件
根據國家工商行政管理局《關于貫徹實施（個人獨資企業登記管理辦法）有關問題的通知》，個人獨資企業申報年檢應當提交下列文件：
1.年檢報告書
年檢報告書是個人獨資企業和個人獨資企業分支機構向登記機關提交年度檢驗材料中的重要文件，其格式和年檢標識樣式由國家工商行政管理局統一制定，主要內容包括：
（1）企業登記事項的基本情況。它是反映個人獨資企業營業執照上載明的情況和個人獨資企業到年檢時的實際情況，通過對照兩者情況，可以反映個人獨資企業在本年度內其登記事項內容是否發生了變化，企業是否按規定進行了變更登記。
（2）投資人情況。它反映個人獨資企業的投資人是否發生了變化，如投資人的姓名、居所是否發生變化等。
（3）投資人出資情況。它反映在本年度中個人獨資企業投資人的出資額及出資方式的情況。
（4）分支機構情況。它反映個人獨資企業是否增減了分支機構，增減了多少分支機構，在哪里增減了分支機構等情況。
（5）經營活動情況。它反映經過一個年度的經營活動，個人獨資企業所取得的經營成果和資產變動情況，譬如說，個人獨資企業的產值、營業額及資產總額、負債總額、凈資產總額、稅后利潤或虧損額、納稅總額等。
年檢報告書應當由投資人簽署，才具有效力。
2.營業執照副本
是指個人獨資企業在登記機關領取的全部營業執照副本。
（四）年檢的內容
1.登記事項執行和變動情況
企業在生產經營活動中登記事項發生變化是正常的，但應及時申請變更登記。工商行政管理機關對年檢中發現的個人獨資企業不及時申請變更登記的行為，應區別不同的情形予以處理，對不懂或不知者，應向其宣傳有關規定，督促其辦理變更登記；對擅自改變登記事項的行為，一經發現，應依法予以處罰。
2.設立分支機構情況
個人獨資企業設立分廠、分店等分支機構，應依法辦理登記。
年檢時應審查分支機構的名稱、經營場所、負責人姓名和居所、經營范圍及方式等情況。
3.審查個人獨資企業是否有非法經營國家禁止或限制生產
經營的商品，制售假冒偽劣商品和涂改、出租、轉讓、偽造營業執照等違法違章行為。
（五）年檢的基本程序
根據有關規定，個人獨資企業年檢的基本程序是：
（1）參加年檢的企業應于每年3月15日以前攜帶營業執照副本，向工商行政管理機關領取《年檢報告書）。
（2）參加年檢的企業應于每年的3月15日以前向工商行政管理機關報送《年檢報告書》和其他有關材料。
（3）工商行政管理機關根據個人獨資企業提交的文件，作出受理決定并依法對個人獨資企業進行審查。
（4）通過年檢的企業按規定交納年檢費。
（5）工商行政管理機關應當在收到規定的全部文件之日起15日內，作出予以通過或者不予通過年度檢驗的決定。對通過的企業，工商行政管理機關在營業執照正、副本上粘貼年檢標識，并將營業執照發還企業。
（六）年檢時登記機關審查的內容
登記機關在接到個人獨資企業提交的年度檢驗文件后，依照法定的程序對文件進行審查。審查的主要內容包括：
（1）企業使用的名稱是否與核準登記的企業名稱一致；（2）企業的住所與登記機關核準登記的住所是否一致；（3）企業是否按照核準登記的經營范圍及方式從事經營活動；（4）投資人的姓名和居所是否發生了變化；（5）投資人申報的出資額和出資方式是否發生了變化；（6）企業是否增減了分支機構；（7）企業的登記事項是否發生變更，變更后是否進行了變更登記：（8）企業有無偽造、涂改、出租或者以其他方式轉讓營業執照的行為；（9）其他審查的事項。
通過審查，登記機關未發現個人獨資企業和個人獨資企業分支機構有違反法律、行政法規的行為，則在年檢報告書上簽署通過年檢的意見，并在營業執照正本和所有副本上粘貼年檢標識，以確認其繼續經營的資格。登記機關在審查中，如果發現個人獨資企業有違法、違規行為，則依照國家有關法律、行政法規的規定予以處罰。
（七）A、B級企業、不予通過年檢的企業、免檢企業
工商行政管理機關通過年檢審查，對遵守工商行政管理法規良好的企業，定為A級。對有違反工商行政管理法規行為的企業，定為B級。A、B級企業均具有繼續從事生產經營的資格，但B級企業不得辦理增設分支機構和增加經營范圍的變更登記，不得投資設立有限責任公司或股份有限公司。對有嚴重違法、違規行為的個人獨資企業，作出不予通過年檢的決定，并依法吊銷營業執照。
為了集中精力做好重點企業的年檢工作，國家工商行政管理局1998年12月發出《關于加強企業監督管理工作若干問題的通知》中規定，對部分企業試行免檢制度。凡具備下列條件之一的企業，向工商行政管理機關提出申請，經批準后，可免予年檢：
（1）長期遵紀守法，連續三年以上無違法違規行為，未受到工商行政管理機關處罰，且經營情況良好，商事信譽較高；（2）每年7月1日以后新設立的企業；（3）符合省、自治區、直轄市工商行政管理局規定的其他條件。
企業申請免檢，應于每年10月向工商行政管理機關提出書面報告。
企業免檢，一是免除提交《企業年度檢驗辦法》規定的除年檢報告書以外的其他年檢材料；二是免除審查程序。
免檢企業的參檢程序是：
（l）于每年年檢截止日期前向年檢機關送交填寫好的年檢報告書和營業執照正、副本；（2）年檢機關根據預先確定的名單，直接在其營業執照正、副本上加貼年檢標識；（3）企業交納年檢費后，年檢機關將營業執照退還企業。
在實踐中試行企業免檢制度時應注意以下幾點：一是免檢企業應適當控制，比例不宜過大；二是批準免檢期每次不超過兩年；三是一旦發現免檢企業有違法違規行為，立即取消其免檢資格，三年內不得免檢。
（八）違反年檢規定的法律責任
根據《個人獨資企業登記管理辦法》第40條的規定，個人獨資企業不依照本辦法的規定接受年度檢驗的，由登記機關責令限期接受年度檢驗，處以3000元以下的罰款。個人獨資企業在年度檢驗中，隱瞞真實情況，弄虛作假的，由登記機關責令改正，處以3000元以下的罰款。
八、重點檢查和突擊抽查
重點檢查和突擊抽查，是指工商行政管理機關根據管理工作的需要，針對某些行業、某些地區個人獨資企業中存在的突出問題，而進行的一種不定期的、局部的監督檢查方法。在現實經濟生活中，由于個人獨資企業涉及的經營行業、商品類別、經營方式、從業人員相當復雜，經營活動又極為分散，加之管理部門的人員緊張、力量不足，這就決定了很難經常對個人獨資企業進行全面的、逐個的檢查，而必須從具體情況出發，有針對性地對個人獨資企業生產經營中出現的季節性、行業性、傾向性的問題進行專項監督檢查或突擊檢查，以改進管理工作的實際效果。
重點檢查或突擊抽查的關鍵是要抓住重點，針對不同時期存在的比較突出的問題進行檢查或抽查。例如，可以針對某些重點地區，如違法經營活動比較猖獗的地區、制假售假的源頭地區、走私販私的重點地區等；可以針對某些重點行業，如重要生產資料的生產經營、藥品行業、飲食行業等；可以針對某些重要經營者，如新開辦的個人獨資企業、從事批發活動的經營者；也可以針對某些重點登記事項，如企業名稱、經營范圍等。只要抓住了這些問題比較集中、矛盾比較突出的重點區域、重點行業、重點經營者和重點登記事項，并依法進行專項整治，就能以點帶面，推動全局的工作，從而較好地實現對個人獨資企業的監督管理，達到事半功倍之成效。
當前，加強重點地區的監督管理，主要是指加強對繁華商業街、旅游景區、學校周邊、車站碼頭以及城鄉結合部等地區的監督管理，重點查處侵犯、損害消費者權益以及各種擾亂社會經濟秩序的違法行為；加強對專業村中個人獨資企業的監督管理，重點查處制售假冒偽劣商品的違法行為。強化重點行業的監督管理，主要是指對與人們生活和社會經濟密切相關的餐飲、食品加工、印刷、旅館、娛樂服務、居民服務業以及資源開采、廢舊物品回收等行業進行重點監督管理，打擊和查處以次充好、劣質服務、價格欺詐、非法印制以及浪費資源、破壞生態環境等違法行為。
九、聯合監督檢查
對個人獨資企業的監督管理不僅是工商行政管理機關的任務，也是物價、稅務、公安、交通、衛生、技術監督等部門義不容辭的職責。為了集中力量，相互協作，發揮管理系統的整體功能，可以由若干個管理部門聯合起來，對個人獨資企業的生產經營活動及其遵紀守法情況聯合開展監督檢查。對于在檢查中發現的問題，由各個管理部門根據各自的職責分工及時予以解決，以彌補單個部門管理人員或執法手段不足的困難，進一步搞好對個人獨資企業的監督管理。同時，各管理部門在各自的管理活動中，也要加強相互間的溝通和協商，經常交換情況，互通信息，互相支持，以便全面掌握和妥善處理個人獨資企業發展中存在的問題，更好地引導和規范個人獨資企業的經營行為。
十、違法案件查處制度
（一）違法案件查處制度的概念
是指工商行政管理機關依照法定的職責，對個人獨資企業的違法違章行為，依法進行調查、取證和作出處罰決定的監督管理制度。
為了認真執行違法案件查處制度，必須對行政處罰有正確的理解。工商行政處罰，是工商行政管理機關依法懲戒違反工商行政管理法規的個人、組織的一種行政行為，屬行政制裁的范疇。它具有如下特征：
（1）行政處罰的主體是工商行政管理機關，它們必須在法律規定的范圍內，依法行使職權。
（2）行政處罰是行政執法行為，是一種具體行政行為，執法主體與被處罰的相對人地位不平等。
（3）行政處罰是對違反工商管理法規的企業、公民的處罰，它不同于對執法人員的行政處分。