登記機關依法對設立個人獨資企業的申請是否符合法定條件，有關文件是否真實、合法、完整等進行審查，并決定是否準予登記c此外登記機關還要對企業的登記事項、經營情況進行年檢和其他監督管理。因此，登記機關是否公正執法，對個人獨資企業的設立和生產經營活動有重大影響。但在登記實踐中，少數個人獨資企業登記機關的工作人員循私舞弊或者嚴重失職，對不符合條件的個人獨資企業予以登記，這不僅破壞了國家行政管理秩序，而且還會造成一系列的消極影響；或者對符合本法規定條件的企業不予登記，這是一種典型的濫用職權的行為，直接侵犯了申請人的合法權益。登記機關若具有以上行為之一的，就應承擔相應的法律責任。
依本條規定，個人獨資企業登記機關違法登記或者應予登記而拒不登記的，應承擔的法律責任包括：一是對直接責任人員依法給予行政處分。行政處分有廣義和狹義之分，從廣義上講，是指國家機關、企業事業單位和社會團體依據行政管理法規、規章、章程、紀律等，對其所屬人員或者職工所作的處罰或者稱懲戒；從狹義上講，是指國家行政機關對于行政工作人員的一種處罰或者稱懲戒。
本條所講的行政處分屬于后一種情況。根據《國家公務員暫行條例》第三十三條的規定，行政處分包括六種形式：
（1）警告。指對違反紀律并經批評教育仍不改正的人員，在其檔案中記載的批評。這是行政處分中最輕的一種，可以是口頭的，也可以是書面的。（2）記過。指對國家機關工作人員和企業事業單位的職工的過錯在其檔案材料上進行登記，以表明受過處分。（3）記大過。指對國家機關工作人員和企業事業單位的職工所犯的比較嚴重的錯誤，在其檔案材料上進行登記，以表明受過處分。（4）降級。指降低國家機關工作人員和企業事業單位職工的工資級別。（5）撤職。指對犯有嚴重錯誤或者存在違法亂紀行為不再適合擔任現任職務或者工作的人員，解除其現任職務或者工作。（6）開除。指對嚴重違法失職或者嚴重違反紀律、屢教不改的人員解除公職。開除是行政處分中最重、最為嚴厲的處分形式。二是構成犯罪的，依法追究刑事責任。具體追究何種刑事責任，視不同情況而定。例如登記機關的工作人員非法收受他人財物，將不符合法定條件的個人獨資企業予以登記，若符合《刑法》第三百八十五條的規定，就應按受賄罪定罪量刑。
第四十五條登記機關的上級部門的有關主管人員強令登記機關對不符合本法規定條件的企業予以登記，或者對符合本法規定條件的企業不予登記的，或者對登記機關的違法登記行為進行包庇的，對直接責任人員依法給予行政處分；構成犯罪的，依法追究刑事責任。
【釋義】本條是關于登記機關的上級部門的有關主管人員法律責任的規定。
在我國，個人獨資企業的登記機關為工商行政管理機關。具體來說，由個人獨資企業所在地的市、縣工商行政管理機關負責本轄區內的個人獨資企業登記工作。個人獨資企業登記機關應嚴格審查企業設立是否符合本法規定的條件，把好市場準入關。與此同時，個人獨資企業登記機關在審查批準個人獨資企業設立登記時，不受任何單位和個人的干涉。作為個人獨資企業登記機關的上級部門的有關主管人員，可在法定職權范圍內按照法定程序對登記機關的行為實施有效監督和指導，以保證法律、行政法規的貫徹實施。但在實踐中，登記機關的上級部門的有關主管人員往往濫用行政權力，如強令登記機關對不符合本法規定條件的企業予以登記，或者對符合本法規定條件的企業不予登記。這是一種越權干預登記機關依法辦理登記工作的違法行為。此外，對登記機關的違法行為不僅不予以制止，反而基于部門利益而千方百計地予以包庇、袒護，.其實質上構成了對違法行為的縱容。
針對上述違法行為，本條規定了登記機關的上級部門的有關主管人員的法律責任。具體包括：一是對直接責任人員依法給予行政處分；二是構成犯罪的，依法追究直接責任人員的刑事責任。
至于給予何種行政處分或追究何種刑事責任，應視具體情況而加以判定。
第四十六條登記機關對符合法定條件的申請不予登記或者超過法定時限不予答復的，當事人可依法申請行政復議或提起行政訴訟。
【釋義】本條是關于當事人在登記機關對符合條件的申請不予登記或者超過法定期限不予答復時可申請行政復議或提起行政訴訟的規定。
根據本法第十二條的規定，個人獨資企業登記機關收到投資人或者其代理人設立個人獨資企業的申請后，應當在法定期限內作出予以登記或不予登記的決定，如果不予登記的，應當給予書面答復，并說明理由。法律規定給予書面答復的一個重要原因，是當事人可以該書面答復為依據，向上級機關申請行政復議，或向人民法院直接提起行政訴訟，以此來保護當事人的合法權益。是否予以登記的決定是由個人獨資企業登記機關依其管理職權作出，性質上屬于具體行政行為。所謂具體行政行為，是指行政機關對特定的行政相對人（包括個人或者組織）作出的影響其權益的具體決定和措施的單方行為。行政機關在行使行政管理權的過程中，其具體行政行為只可能會出現三種情況，一是合法行為，一是違法行為，再一種是不當行為。行政機關在其具體行政行為中，如果出現違法或處置不當的情況，就會侵犯公民、法人或者其他組織的合法權益，在客觀上也會破壞行政管理程序。我國憲法規定，公民“對于任何國家機關和國家工作人員的違法失職行為，有向有關國家機關提出申訴、控告或者檢舉的權利。”因此，通過立法設立行政復議和行政訴訟制度，就是具體落實憲法的這條規定，通過法律制度有效地防止和糾正行政機關所作的違法或者不當的具體行政行為，給予行政管理相對人以法律上的救濟手段。
依本條規定，依法履行登記職責的機關，對符合法定條件的申請不予登記或者超過法定時限不予答復時，當事人尋求法律救濟的手段包括申請行政復議與提起行政訴訟。這兩者屬選擇關系，即當事人可以申請行政復議，也可以直接向人民法院提起行政訴訟。
（一）申請行政復議。行政復議，是指公民、法人或者其他組織認為行政機關的具體行政行為侵犯其合法權益，有權向作出該具體行政行為的行政機關的本級人民政府或者上一級主管部門申請復議，要求撤銷或者變更具體行政行為，維護自己合法權益的活動。
根據《行政復議法》的規定，當事人申請行政復議，應當自個人獨資企業登記機關作出不予登記的決定或者自法定期限屆滿之日起六個月內提出行政復議申請。行政復議機關收到行政復議申請后，在五日內進行審查。行政復議機關經審查后，依法做出下列行政復議決定：
（1）對符合法定條件的申請不予登記的，經審查屬實，行政復議機關責令登記機關改變不予登記的決定；經審查不屬實的，維持登記機關不予登記的決定。
（2）對超過法定時限不予答復的，經審查屬實，行政復議機關應作出要求登記機關在一定期限內履行其法定職責的復議決定，亦即要求登記機關對符合法定條件的，予以登記，發給營業執照；對不符合法定條件的，不予登記，并應當給予書面答復，說明理由。
行政復議機關作出復議決定后，當事人對行政復議決定不服的，可以依照行政訴訟法的規定向人民法院提起行政訴訟。這是對于行政管理相對人的合法權益予以保護的司法救濟途徑。
（二）提起行政訴訟。行政訴訟俗稱“民告官”的訴訟，簡單地講，通過訴訟的途徑解決行政爭議的制度，就是行政訴訟。我國《行政訴訟法》第二條規定：“公民、法人或者其他組織認為行政機關和行政機關工作人員的具體行政行為侵犯其合法權益，有權依照本法向人民法院提起訴訟。”因此，具體地講，所謂行政訴訟，是指公民、法人或者其他組織認為行政機關的具體行政行為（包括行政處罰）侵犯其合法權益，依照行政訴訟法或者有關法律、法規的規定，向人民法院提起訴訟，由人民法院進行審理并作出裁決的訴訟制度。行政訴訟與行政復議雖然都是當事人的法律救濟手段，但兩者又有很大區別：第一，受理的機構不同，行政復議由行政機關受理，行政訴訟由法院受理。第二，審查的范圍不同，法院對具體行政行為是否合法進行審查，行政復議不僅審查行政行為的合法性，也審查行政行為是否妥當。第三，適用的程序不同，行政訴訟適用司法程序，行政復議的程序比行政訴訟的程序簡單。第四，處理的方式不同，法院審理行政案件，原則上不直接判決變更，只作出維持、撤銷等判決，而行政復議在認為原具體行政行為違法或者不當時，可以直接改變。
根據《行政訴訟法》的規定，個人獨資企業登記機關對符合法定條件的申請不予登記或者超過法定時限不予答復的，當事人可以在登記機關作出不予登記的決定或者法定時限屆滿之日起向登記機關所在地人民法院起訴。對登記機關依法應予登記而不予登記的，經審查屬實，判決撤銷登記機關不予登記的決定；對登記機關超過法定時限不予答復的，經審查屬實，判決登記機關在一定期限內履行法定職責。
第四十七條外商獨資企業不適用本法。
【釋義】本條是關于外商獨資企業法律適用的規定，也是對本法調整范圍所作的限制性規定。
本法第二條規定：“本法所稱個人獨資企業，是指依照本法在中國境內設立，由一個自然人投資，財產為投資人個人所有，投資人以其個人財產對企業債務承擔無限責任的經營實體。”這是對本法調整范圍的規定。從該規定來看，本法所規范的獨資企業僅為自然人獨資企業，法人和其他組織單獨投資設立的企業不適用本法。但該規定并沒有明確排除外商獨資企業，因而有必要就外商獨資企業是否適用本法作出明確規定。
外商獨資企業，又稱外資企業，是指外國的企業、其他經濟組織或者個人依照中國有關法律，在中國境內設立的全部資本由外國投資者投資的企業，不包括外國的企業和其他經濟組織在中國境內的分支機構。外商獨資企業雖屬于獨資企業的范疇，但又具有特殊性。就兩者的共性而言，只有一個投資者，且企業財產歸投資人所有。但是，外商獨資企業符合中國法律關于法人條件規定的，依法取得法人資格。這就意味著，外商獨資企業可以具有自己獨立的法律人格，獨立承擔民事責任，并且投資人只負有限責任。
而傳統之獨資企業則不具有獨立的法律人格，不能獨立承擔民事責任，并且投資人對獨資企業債務承擔無限責任。與此同時，外商獨資企業的投資人不限于外國自然人，而且包括外國企業及其他經濟組織；而傳統獨資企業的投資人一般為自然人。此外，我國于1986年4月12日已就外商投資企業專門立法，即頒行了《中華人民共和國外資企業法》。該法是我國在改革、開放的情況下，為吸引外資而制定的涉外企業法律。在該法中，專門就外商獨資企業設立的條件及程序、法律地位、出資方式、注冊資本、外匯管理、財務管理、勞動管理等作了不同于內資企業的規定。正因外商獨資企業與傳統之獨資企業存有明顯區別，因此將兩者放在一起加以規定顯然不太適合，反而會使問題復雜化。故本條規定，外商獨資企業不適用本法。這也是對個人獨資企業法的調整范圍所作的一項限制性規定。
第四十八條本法自2000年1月1日起施行。
【釋義】本條是關于本法生效日期的規定。
任何一部法律都有其生效的日期。所謂法律生效日期，是指法律從何時起開始生效。只要有法律的存在，就有法律施行日期的規定。否則，一部法律就不完整，社會公眾就不知所從，法律也難以執行。生效日期是法律的重要組成部分，是其產生社會規范功能的起點，對法律適用有著重要的影響。
我國法律關于施行日期的規定，主要有三種做法：一是規定自公布之日起施行，如《中華人民共和國外資企業法》第二十四條規定，本法自公布之日起施行；二是以另一部法律的生效日期為前提，這是比較特殊的規定，如《中華人民共和國企業破產法（試行）》第四十三條規定，本法自全民所有制工業企業法實施三個月之日起施行；三是規定生效日期在法律公布一段時間以后，如《中華人民共和國合伙企業法》公布于1997年2月23日，而該法第七十八條規定，本法自1997年8月1日起施行。本法生效日期的規定就屬于第三種做法。
為什么個人獨資企業法不自頒布之日起施行而是經過一段時間再施行？這主要考慮到這樣幾個方面，一是個人獨資企業法的制定和實施，是完善我國市場主體立法所必不可少的，它將對我國個人獨資企業發展產生深遠的影響，對發展經濟、擴大就業等具有重要作用，實施前有一些準備工作要做，以確保本法的貫徹實施；二是個人獨資企業法是我國首部規范個人獨資企業的法律，無論是企業登記機關還是社會公眾，都有一個學習、宣傳和熟悉的過程，對個人獨資企業法的各項規定有所了解和掌握，這將對規范個人獨資企業的行為，保護個人獨資企業和債權人的合法權益，維護社會經濟秩序，促進社會主義市場經濟的發展，具有十分重要的意義。
另外，本法生效后，依據《私營企業暫行條例》登記成立的私營獨資企業應當重新規范。《個人獨資企業登記管理辦法》第四十八條規定：“本辦法施行前依據《中華人民共和國私營企業暫行條例》登記成立的私營獨資企業，符合《個人獨資企業法》規定的條件的，依據《個人獨資企業法》和本辦法登記為個人獨資企業。”具體實施工作由國家工商行政管理局負責組織。